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Methoden - Kapitel 3.4.
3.4.6. Amplifikation Y-chromosomaler STR-Systeme
Für die Analyse der Y-Haplotypen wurde in einem ersten Schritt zusammen mit Verena
Seidenberg eine Dekaplex nach den genannten Kriterien für Primerdesign entwickelt
(vgl. Kap. 3.4.3.), wobei das Hauptaugenmerk auf der Anwendung auf stark
degradierter DNA lag. Die Produktlängen sind daher so kurz wie möglich gewählt,
alle Systeme (außer DYS389II) sind kleiner als 200bp. Als Referenzsequenz wurde
die Sequenz „Homo sapiens chromosome Y, GCRh37.p10“ (Accession:
NC_000024.9) verwendet. Die Auswahl der Systeme orientiert sich an den Systemen
des minimal haplotypes (minHT, vgl. Kap. 1.3.) ergänzt durch drei weitere Systeme,
die sich in dem Kit Y-PowerPlex (Fa. Promega) befinden. Zwei Systeme weisen dabei
Besonderheiten auf: 1. Bei dem System DYS389 fand im 3‘-Bereich des repeats
eine Sequenzverdopplung statt, so dass der lower-Primer an zwei nahe beieinander
liegenden Stellen binden kann. Die Sequenzverdopplung umfasst dabei ein weiteres
STR-System, in der Auswertung erscheinen aufgrund des gleichen upper-Primers ein
kurzes und ein langes Produkt. Das Primerpaar für DYS389 amplifiziert somit zwei
Systeme (DYS389I und II), welche unabhängig voneinander ausgewertet werden. 2.
Das System DYS385 liegt komplett verdoppelt auf dem Y-Chromosom vor. Auch
hier werden mit einem Primerpaar zwei Systeme amplifiziert, die in der Auswertung
nicht zu unterscheiden sind. Für dieses System werden beide Allele zusammen aufgenommen
(z.B. DYS385: 11,14). Abbildung 3.8 stellt die Allelleiter der Y-
Dekaplex dar. Tabelle 3.6 zeigt die Sequenzen der Primer, ihre Farbmarkierung, die
jeweilige Konzentration je Primer pro 25µl-PCR-Ansatz und die erwartete Produktlänge.
Der jeweilige upper-Primer ist mit dem entsprechenden Fluoreszenzfarbstoff
markiert.
Abbildung 3.8: Allelleiter der Multiplex-PCR Y-chromosomaler STR-Systeme x-Achse = Länge der
Produkte in Basenpaaren.
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