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Ergebnisse – Kapitel 4.6. Der geringste Unterschied besteht zu den Populationen aus Walloon und Strasbourg. Alle französischen Populationen weisen keinen signifikanten Unterschied auf. Im NJ-Baum findet sich Kassel in einem Cluster mit den Benelux-Populationen (Abb. 4.30). Massengrab KS Abbildung 4.30: Phylogenetischer Baum berechnet nach NJ-Methode. Kassel clustert mit den Populationen aus den Benelux-Ländern. Zusammenfassend zeigen sowohl die Haplogruppen- als auch die Haplotypenvergleiche in eine Richtung: die Haplogruppen deuten Frankreich bzw. das Elsass als Herkunftsgebiet an, genauso wie die Haplotypen die Benelux-Länder bzw. französische Populationen aufzeigen. Italienische und spanische Populationen sind in den Haplogruppenanalysen signifikant verschieden, in der Haplotypenvergleich prinzipiell möglich. Signifikante Unterschiede stehen zu allen Populationen östlich des Rheins. Interpretation Mit den Analysen kann gezeigt werden, dass die Individuen des Kollektivs, als Gruppe betrachtet, keinen lokalen Ursprung hat, sondern vermutlich aus einer Region westlich des Rheins, höchstwahrscheinlich dem Elsass und / oder den südlichen Benelux-Ländern stammen. 102
Ergebnisse – Kapitel 4.7. 4.7. Nachweis humanpathogener Bakterien-DNA Das in Zusammenarbeit mit Johanna Schröder entwickelte Nachweissystem bakterieller DNA zeigte nach einigen Test- und Optimierungs-PCRs die aus den Datenbanken ermittelten Ergebnisse. Die Kontrollproben mit menschlicher DNA und DNA- Extrakten aus Bodenproben zeigten wie erwartet keine Produkte im entsprechenden Längenbereich. Abbildung 4.31 zeigt die Produkte der Duplex mit B. quintana- und R. prowazekii-spezifischen Primern (vgl. Tabelle 3.9). Abbildung 4.32 zeigt eine PCR mit verschiedenen menschlichen Kontrollproben, Bodenextrakten und Negativsowie Positivkontrollen der Triplex-PCR mit Salmonella enterica- und Borrelia recurrentis-spezifischen Primern (vgl. Tabelle 3.10). Informationen zu Einzelamplifikationen und jeweiligem Bearbeiter sind in der Tabelle Einzelamplifikationen.xlsx auf der CD zu finden. 50bp 1 2 3 4 5 50bp Abbildung 4.31: Länge der Produkte der Duplex bei Anwesenheit von B. quintana (l und 2) und R. prowazekii-DNA (3). Bei DNA-Extrakten von Bodenproben (4 und 5) zeigten sich keine Produkte. (PCR-Ansatz Schröder) Abbildung 4.32: Amplifikation mit den Primern der Triplex. Bei den menschlichen Kontrollproben (Dreibuchstabenkürzel) und Bodenproben (Bod) treten längere, unspezifische Produkte auf, die aber deutlich von den spezifischen Produkten der Humanpathogenen (Sal.ty, SPA, B.rec) unterscheidbar sind. (PCR-Ansatz Schröder) 103
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Ergebnisse – Kapitel 4.7.<br />
4.7. Nachweis humanpathogener Bakterien-DNA<br />
Das in Zusammenarbeit mit Johanna Schröder entwickelte Nachweissystem bakterieller<br />
DNA zeigte nach einigen Test- und Optimierungs-PCRs die aus den Datenbanken<br />
ermittelten Ergebnisse. Die Kontrollproben mit menschlicher DNA und DNA-<br />
Extrakten aus Bodenproben zeigten wie erwartet keine Produkte im entsprechenden<br />
Längenbereich. Abbildung 4.31 zeigt die Produkte der Duplex mit B. quintana- und<br />
R. prowazekii-spezifischen Primern (vgl. Tabelle 3.9). Abbildung 4.32 zeigt eine<br />
PCR mit verschiedenen menschlichen Kontrollproben, Bodenextrakten und Negativsowie<br />
Positivkontrollen der Triplex-PCR mit Salmonella enterica- und Borrelia<br />
recurrentis-spezifischen Primern (vgl. Tabelle 3.10). Informationen zu Einzelamplifikationen<br />
und jeweiligem Bearbeiter sind in der Tabelle Einzelamplifikationen.xlsx<br />
auf der CD zu finden.<br />
50bp 1 2 3 4 5 50bp<br />
Abbildung 4.31: Länge der Produkte der Duplex bei Anwesenheit von<br />
B. quintana (l und 2) und R. prowazekii-DNA (3). Bei DNA-Extrakten<br />
von Bodenproben (4 und 5) zeigten sich keine Produkte. (PCR-Ansatz<br />
Schröder)<br />
Abbildung 4.32: Amplifikation mit den Primern der Triplex. Bei den menschlichen Kontrollproben<br />
(Dreibuchstabenkürzel) und Bodenproben (Bod) treten längere, unspezifische Produkte auf, die aber<br />
deutlich von den spezifischen Produkten der Humanpathogenen (Sal.ty, SPA, B.rec) unterscheidbar<br />
sind. (PCR-Ansatz Schröder)<br />
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