Der GMOfinder - DLR Online: Deutsche Lebensmittel Rundschau

» Thema des Monats 617
nischen Erzeugung nach dem Baukastenprinzip
in verschiedene Kulturpflanzenarten
integriert, was diese Elemente zu
einem geeigneten Ziel für ein GVP-Screening
macht. Nach einem positiven Screening-Ergebnis
wird in einer zweiten Analyserunde
versucht, die vorliegende(n)
GVP näher zu charakterisieren und – sofern
möglich – zu identifizieren (eindeutige
Zuordnung zu einem sogenannten
GVP-Event). Ist die eindeutige Zuordnung
der vorliegenden GVP-Linie(n) gelungen,
muss im letzten Schritt noch der relative
Anteil (in Gewichtsprozent) des GVP pro
Zutat quantifiziert werden.
Mit einem erfolgreichen Screening
steht und fällt folglich die Analytik, d. h.,
GVP-Events, die hier nicht entdeckt werden,
werden in der Regel später auch
nicht gezielt identifiziert (und dementsprechend
auch nicht quantifiziert). Das
Screening muss zwei gegensätzlichen Ansprüchen
genügen: erstens möglichst viele
potenziell vorhandene GVP-Linien zumindest
an einem genetischen Element entdecken
(Effektivität) und dabei zweitens
mit so wenigen einzelnen Nachweisreaktionen
wie möglich auskommen (Effizienz).
Um die Auswertung und Planung
von Screenings auf GVP in unserem Labor
zu unterstützen, haben wir am LGL im
Rahmen eines vom Bayerischen Staatsministerium
für Umwelt und Gesundheit geförderten
Forschungsprojektes die Datenbank
GMOfinder entwickelt [1]. In einem
separaten Forschungsprojekt des LGL wurden
systematisch alle weltweit kommerziell
angebauten GVP ermittelt [2].
GMOfinder: Entwicklung der
Datenbank
Planung und Auswertung von Screenings
erfordern eine Übersicht, in welchen GVP
welche genetischen Elemente vorkommen.
So eine Übersicht wird üblicherweise
DLR | Dezember 2012 «
tabellarisch angelegt und Elemente-Matrix
genannt (Abb. 1). Wird eine solche
Tabelle in einer Software wie z. B. MS Excel
angelegt, so können über Filterungen
gewisse Auswertungen vorgenommen
werden. Da die Filtermöglichkeiten (jedenfalls
in den älteren Excel-Versionen)
eingeschränkt oder zumindest unkomfortabel
sind, haben wir entschieden,
den GMOfinder im Datenbankprogramm
MS Access zu erstellen und somit auf die
leistungsfähigen Abfragefunktionen dieser
Software zurückgreifen zu können.
In der zugrunde liegenden Elemente-
Matrix des GMOfinder wurden bislang
insgesamt 334 GVP-Events aus 29 Pflanzenarten
erfasst (Abb. 2). Für diese GVP-
Events wurden in der Elemente-Matrix
Informationen zu 14 ausgewählten genetischen
Elementen hinterlegt (Tab. 1).
Einer der Vorzüge des GMOfinder liegt
in der erstellten Elemente-Matrix selbst.
Andere Elemente-Matrizes beschränken
sich auf reine Ja/Nein-Aussagen, wie sie in
Abbildung 1 angedeutet sind: Über Plusoder
Minuszeichen wird angegeben, dass
ein genetisches Element in einem GVP-
Event vorhanden oder nicht vorhanden
ist. Im GMOfinder wurden zusätzliche
Abb. 1
Erstellung einer Elemente-Matrix.
Informationen
zu in den GVP vorhandenen
gene tischen
Elementen werden aus
offiziellen Datenbanken
und der Fachliteratur in
einem Raster zusammengestellt
und mit experimentellen
Daten abgeglichen.
» Der GMOfinder
enthält 334 GVP-
Events aus 29 Pflanzenarten.
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