Programmreport 2012 - DORIS - Bundesamt für Strahlenschutz
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2.3 BIOINFORMATISCHE AUSWERTUNG<br />
Nach Qualitätskontrollen wird die bioinformatische Analyse durchgeführt und abschließend erfolgt die Integration<br />
der Ergebnisse unterschiedlicher Ebenen. Die Ergebnisse werden im Abschlussbericht im Kontext zum<br />
aktuellen Wissen zur Leukämogenese dargestellt.<br />
3. METHODIK<br />
3.1 SEQUENZIERUNG DER PROBEN<br />
Die Sequenzierung beinhaltet folgende Schritte:<br />
- Aufarbeitung der Spezimen zur Gewinnung der Nukleinsäuren inklusive Qualitätskontrollen.<br />
- Durchführung von Genomsequenzierung, Exomsequenzierung, Methylomsequenzierung, Transkriptomsequenzierung,<br />
miRNom-Sequenzierung und<br />
- Validierung in unabhängigen Kohorten mittels Low-density-Assays (z. B. Sanger-Sequenzierung,<br />
RQ-PCR (real time quantitative polymerase chain reaction), Bisulfit-Sequenzierung).<br />
TB 03<br />
3.2 BIOINFORMATISCHE AUSWERTUNG<br />
Die Auswertung umfasst:<br />
- Separates Read Alignment und Mutations-Detektion bei Exom- und Genomdaten, CNV (Copy Number<br />
Variation)-Detektion in Genomdaten,Analyse von RRBS-Methylomdaten und spezifische Transkriptomanalyse;<br />
- Finale Integration der unterschiedlichen Datenqualitätsebenen.<br />
4. DURCHFÜHRUNG<br />
4.1 SEQUENZIERUNG DER PROBEN<br />
Eine umfassende Genomanalyse wird an fünf B-Vorläufer-Zell ALL mit einer chromosomalen Translokation<br />
t(17;19), die zu einer Genfusion des Hepatic leukemia factor-Gens mit dem E2A-Gen führt, sowie an fünf<br />
B-Vorläufer-Zell ALL mit einer chromosomalen Translokation t(1;19), die zu einer Genfusion des Pre-B cell<br />
leukemic homeobox1-Gens mit dem E2A-Gen führt, vorgenommen. Weiterhin werden rekurrente somatische<br />
Veränderungen (n 2), die in den initialen Sequenzieranalysen detektiert wurden, in einem repräsentativen<br />
ALL-Kollektiv von weiteren 200 ALL-Proben bei Erstdiagnose und 50 Proben bei Rezidivdiagnose auf ihre Inzidenz<br />
in der ALL-Population (Basis: ALL-BFM- und ALL-REZ BFM-Studiengruppen) untersucht.<br />
4.2 BIOINFORMATISCHE AUSWERTUNG<br />
Zunächst wird ein „Read Alignment“ <strong>für</strong> Genome und Exome gegen das humane Referenzgenom, Annotation<br />
und Klassifizierung der Varianten vorgenommen. Strukturelle Variationen werden mittels Sequenzpaaranalyse,<br />
Sequenztiefenanalyse, Sequenzaufspaltungsanalyse und Sequenzassemblierung untersucht. Methylomdaten<br />
werden mittels spezieller Algorithmen, unter Berücksichtigung der Bisulfitkonvertierung, auf die Zielregion<br />
im Referenzgenom („restriction specific target enrichment“) abgebildet und anschließend der Grad der<br />
DNA-Methylierung an Cytosin-Basen bestimmt. Transkriptomsequenzen werden nach Kartierung auf das Referenzgenom<br />
kartiert, es werden Expressionsprofile und Pathwayanalysen <strong>für</strong> jede Probe hergestellt sowie<br />
eine umfassende Analyse der Spleißvarianten durchgeführt.<br />
5. ERGEBNISSE<br />
5.1 SEQUENZIERUNG DER PROBEN<br />
Die Sequenzierarbeiten sind zum Großteil abgeschlossen.<br />
5.2 BIOINFORMATISCHE AUSWERTUNG<br />
Die Sequenzierdaten befinden sich in bioinformatischer Auswertung.<br />
156 Statusberichte TB 03: Strahlenbiologie - Wirkung von ionisierender Strahlung, Strahlenempfindlichkeit