Identifizierung und Charakterisierung von neuen Genen für die ...
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2. Virtueller Northern <strong>für</strong> eine Übersicht über mögliche Expressionsorte <strong>von</strong> TRIM46.<br />
Im Vergleich zu Punkt 1, wo es nur um <strong>die</strong> Überlappung der ESTs zur Vervollständigung der cDNA <strong>von</strong><br />
TRIM46 ging, sollen hier <strong>die</strong> ESTs nach ihrem Expressionsort in der NCBI-Datenbank sortiert werden,<br />
um einen Eindruck <strong>von</strong> den Organen <strong>und</strong> Geweben zu erhalten, in denen mRNA <strong>von</strong> TRIM46 zu erwarten<br />
ist.<br />
Maus-EST-Datenbank:<br />
Gehirn: 9<br />
Brustdrüse: 2<br />
Lungentumor: 2<br />
Hypophyse: 2<br />
Rathke’s Pouch: 2<br />
Embryo E7.5: 2<br />
Diencephalon: 1<br />
Cerebellum: 1<br />
Thymus: 1<br />
Zellkultur B6-derived CD11 +ve<br />
dendritic cells: 1<br />
Zellkultur NOD-derived CD11c<br />
+ve dendritic cells: 1<br />
Bei den beiden Zelltypen handelt es sich um<br />
Leukozyten.<br />
Human-EST-Datenbank:<br />
Gehirn: 35<br />
Amygdala: 4<br />
Cerebellum: 3<br />
Thalamus:2<br />
Lungenfibroblasten: 2<br />
Hippocampus<br />
Normale mesangiale Zellen (Niere)<br />
Teratocarcinoma <strong>von</strong> NT2 neuronalen<br />
Präkursor-Zellen nach Induktion durch<br />
Retinsäure: 2<br />
1 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500<br />
Abbildung 70: Contig-Assembly der Maus-ESTs, welche<br />
mit der mRNA-Sequenz <strong>von</strong> TRIM46 (cDNA12, roter<br />
Pfeil) gegen <strong>die</strong> NCBI-Datenbank (Maus-ESTs) geblasted<br />
wurden. Es wurden <strong>die</strong>jenigen ESTs herausgefiltert, welche<br />
in <strong>die</strong>selbe Richtung abgelesen wurden. Man kann sehen,<br />
wie <strong>die</strong> ESTs überlappen <strong>und</strong> zur Sequenz <strong>von</strong> TRIM46<br />
konvergieren. Vom ersten zum letzten EST ergibt sich eine<br />
gesamte Konsensus-Sequenz <strong>von</strong> 3,54 kbp, was mit dem<br />
realen Northern <strong>von</strong> 3,6 kbp gut übereinstimmt <strong>und</strong> noch<br />
etwas Spielraum auf Vervollständigung insbesondere am 5’-<br />
Ende (links) lässt. Verwendete Software: Vector NTI9.<br />
1 500 1000 1500 2000 2500 3000<br />
Abbildung 71: Contig-Assembly der Human-ESTs analog wie<br />
oben.
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