Identifizierung und Charakterisierung von neuen Genen für die ...

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Expressionsanalyse des TRIM46-Gens
TRIM46 in EST-Datenbanken (virtueller Northern)
Expressed Sequence Tags (EST) sind sequenzierte Sequenzstücke von cDNA-Banken, die aus mRNAs
verschiedener Gewebe gewonnen wurden. Sie sind unter anderem eine bioinformatische Ressource bei der
Generkennung in Genomen, dem Vergleich von Splicevarianten oder der Kontrolle, ob die eigene
Sequenz eines Gens vollständig ist. Auch geben sie erste Hinweise, ob das Gen überhaupt exprimiert ist
und wo in welchen Geweben.
Hinsichtlich TRIM46 konnten folgende Informationen aus der Maus-EST-Datenbank von NCBI
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ ) gewonnen werden:
1. Überprüfung des Experiments zur Bestimmung des 5’-Endes der mRNA von TRIM46 (siehe Seite
58).
Die zusätzlichen 5’-Sequenzen sollten in ESTs der Datenbank zu finden sein. Tatsächlich wurden
entsprechende ESTs gefunden:
BP428309 mRNA Fragment aus cerebellum E18-P56 Mus musculus
CA320885 mRNA Fragment aus whole brain embryo 13.5,14.5,16.5,17.5dpc
Ein Contig-Assembly für die gefundenen
ESTs zusammen mit der mRNA-Sequenz
für TRIM46 (einmal mit altem ATG, neuem
upstream gelegenen ATG und weiter
upstream ab TATAA-Motiv) mit dem
Programm Vector NTI9 (Parameter: paarweises
Alignment) ergab Überlappungen,
die bestätigten, dass die mRNA tatsächlich
nach upstream hin länger sein muss. Das
Contig-Assembly wurde mit einigen
Dutzend ESTs durchgeführt. Zur Übersicht
wurden nur ein paar Repräsentative hier
dargestellt. Ausschlaggebend sind die gleichen Lese-Richtungen der Sequenzen, da mRNA als
Einzelstrang entweder sense oder antisense sein könnte und entsprechende ESTs mit umgekehrter
Richtung in dem Bereich nicht vorkommen dürften bzw. dann zu einem anderen Gen gehören müssten.
Außerdem sind Überlappungen ein sicherer Hinweis. Die ESTs überlappen hier zwar mit den für
TRIM46 angenommenen mRNA-Sequenzen, jedoch fand sich kein weiteres EST zur Überlappung der
beiden dargestellten ESTs. Daher könnte das EST TRIM46-Cerebellum auch von einem anderen Gen
stammen. Allerdings ist in diesem Bereich kein weiteres Gen upstream von TRIM46 bekannt, außer
einem, das aber in die andere Richtung abgelesen wird (Keratinozyten assoziiertes Protein Krtcap2,
NM_025327, siehe auch Abbildung 50), so dass die korrekte Richtung der ESTs für TRIM46 spricht.