Identifizierung und Charakterisierung von neuen Genen für die ...

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Die ProDom-Protein-Datenbank annotiert die Domänen hinsichtlich ihrer Homologie:
Daher ergeben sich etwas andere Grenzen als bei der direkten Annotierung der Konsensusmotive für
RING, B-Box 1, B-Box 2, Coiled-Coil und anderer. Stattdessen eine Relation zu den Exons, was die
Shuffling-Hypothese stützt.
TRIM-Proteinisoform 1 (cDNA4 mit 5’- wie 3’- terminalen Ergänzungen):
Exon7b
ATG Exon0 Exon1 Exon2 Exon3 Exon4 Exon5 Exon6 Exon7a truncated TAG
RING BBox1 BBox2
NLS weak
Dom0-Dom1-Dom2----Dom3-----Dom4-Dom5----Dom6---Dom7b
TRIM-Proteinisoform 2 (cDNA12 mit 5’- wie 3’- terminalen Ergänzungen):
Exon4 Exon5
Exon0 Exon1 Exon2 Exon3
Exon6
ATG
Exon7a
RING BBox1 BBox2
NLS weak NLS strong
mRNA nur CDS
Protein-Domänen
Domänen-
Homologie nach
ProDom
Dom0-Dom1-Dom2----Dom3-----Dom4-Dom5----Dom6----------Dom7a-----------Dom8--------Dom9
Die beiden Proteinisoformen von TRIM46 gleichen sich bis Dom6. Danach haben sie unterschiedliche C-
Termini, wobei Isoform 2 (cDNA12) mit FN3 und SPRY Domänen hat, die annotierbar sind und
möglicherweise Protein-Protein-Interaktionen vermitteln (siehe Yeast-Two-Hybrid-Screen Seite 75). Der
C-Terminus von Isoform 1 (cDNA4) hingegen ist völlig unbekannt. Genauso verhält es sich bei beiden
Isoformen mit dem N-Terminus und der Dom0.
CC
CC
FN3
FN
FN3
Exon8 Exon9-TAG
SPRY SPRY