Identifizierung und Charakterisierung von neuen Genen für die ...

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- 66 - Annotation der Protein-Domänen von TRIM46 TRIM46 Proteinisoform 1 (cDNA4 mit 5’- wie 3’- terminalen Ergänzungen): MQASNRRNGSYLKYPPCYPPPRPPLENHVGRTISHPLPRRTQFEASPWSMRSDISPSPPLPSPHPAPALSP GFAAAARIGHPGAGGHSRAMAEGEDMQTFTSIMDALVRISTSMKNMEKELLCPVCQEMYKQPLVLPCTHNV CQACAREVLGQQGYIGHGGDPSSEPTSPASTPSTRSPRLSRRTLPKPDRLDRLLKSGFGTYPGRKRGALHP QTILFPCPACQGDVELGERGLSGLFRNLTLERVVERYRQSVSVGGAILCQLCKPPPLEATKGCTECRATFC NECFKLFHPWGTQKAQHEPTLPTLSFRPKGLMCPDHKEEVTHYCKTCQRLVCQLCRVRRTHSGHKITPVLS AYQALKDKLTKSLAYILGNQDTVQTQICELEETIRHTEVSGQQAKEEVSQLVRGLGAVLEEKRASLLQAIE ECQQERLSRLSAQIHEHQSLLDGSGLVGYAQEVLKETDQPCFVQAAKQLHNRIARATEALQTFRPAASSSF RHCQLDVGREMKLLTELSFLRGCGHRGLCSGAPQCPRRPS* 537 AS-Reste. TRIM46 Proteinisoform 2 (cDNA12 mit 5’- wie 3’- terminalen Ergänzungen): MQASNRRNGSYLKYPPCYPPPRPPLENHVGRTISHPLPRRTQFEASPWSMRSDISPSPPLPSPHPAPALSP GFAAAARIGHPGAGGHSRAMAEGEDMQTFTSIMDALVRISTSMKNMEKELLCPVCQEMYKQPLVLPCTHNV CQACAREVLGQQGYIGHGGDPSSEPTSPASTPSTRSPRLSRRTLPKPDRLDRLLKSGFGTYPGRKRGALHP QTILFPCPACQGDVELGERGLSGLFRNLTLERVVERYRQSVSVGGAILCQLCKPPPLEATKGCTECRATFC NECFKLFHPWGTQKAQHEPTLPTLSFRPKGLMCPDHKEEVTHYCKTCQRLVCQLCRVRRTHSGHKITPVLS AYQALKDKLTKSLAYILGNQDTVQTQICELEETIRHTEVSGQQAKEEVSQLVRGLGAVLEEKRASLLQAIE ECQQERLSRLSAQIHEHQSLLDGSGLVGYAQEVLKETDQPCFVQAAKQLHNRIARATEALQTFRPAASSSF RHCQLDVGREMKLLTELSFLRVPEAPVIDTQRTFAYDQIFLCWRLPPHSPPAWHYTVEFRRTDVPAQPGPT RWQRREEVRGTSALLENPDTGSVYVLRVRGCNKAGYGEYSEDVHLHTPPAPVLHFFLDGRWGASRERLAIS KDQRAVRSIPGLPLLLAAERLLTGCHLSVDVVLGDVAVTQGRSYWACAVDPASYLVKVGVGLESKLQESFQ GAPDVISPRYDPDSGHDSGAEDAAVEALPPFAFLTIGMGKILLGSGASSNAGLTGRDGPTASCTVPLPPRL GICLDYERGRVSFLDAVSFRGLLECPLDCSGPVCPAFCFIGGGAVQLQEPVGTKPERKVTIGGFAKLD* 849 AS-Reste. Annotation von Motiven in den Proteinsequenzen: CxxCx(11-16)CxHxxCxxCx(7-74)Cxx(C/D): RING-Domäne. Cxx(C/D)x(7-12)CxxCxxxxCxx(C/H)x(3-4)Hx(4-9)H: B-Box 1. CxxHx(7-9)Cxx(C/D/E/H)xxxxCxxCx(3-6)Hx(2-4)(H/C): B-Box 2. AVLEE…EMKLL: Coiled-Coil-Domäne. TELSF…: Fibronectin-Typ III – FN3 -Domäne. VRSIP… B30.2-like / Butyrophylin / SPRY –Domäne. PGRKRGA: Schwaches Kernlokalisations-Motiv (nach http://psort.nibb.ac.jp). RRTDVPAQPGPTRWQRR: Starkes bipartites Kernlokalisations-Motiv (nach http://psort.nibb.ac.jp).
- 67 - Die ProDom-Protein-Datenbank annotiert die Domänen hinsichtlich ihrer Homologie: Daher ergeben sich etwas andere Grenzen als bei der direkten Annotierung der Konsensusmotive für RING, B-Box 1, B-Box 2, Coiled-Coil und anderer. Stattdessen eine Relation zu den Exons, was die Shuffling-Hypothese stützt. TRIM-Proteinisoform 1 (cDNA4 mit 5’- wie 3’- terminalen Ergänzungen): Exon7b ATG Exon0 Exon1 Exon2 Exon3 Exon4 Exon5 Exon6 Exon7a truncated TAG RING BBox1 BBox2 NLS weak Dom0-Dom1-Dom2----Dom3-----Dom4-Dom5----Dom6---Dom7b TRIM-Proteinisoform 2 (cDNA12 mit 5’- wie 3’- terminalen Ergänzungen): Exon4 Exon5 Exon0 Exon1 Exon2 Exon3 Exon6 ATG Exon7a RING BBox1 BBox2 NLS weak NLS strong mRNA nur CDS Protein-Domänen Domänen- Homologie nach ProDom Dom0-Dom1-Dom2----Dom3-----Dom4-Dom5----Dom6----------Dom7a-----------Dom8--------Dom9 Die beiden Proteinisoformen von TRIM46 gleichen sich bis Dom6. Danach haben sie unterschiedliche C- Termini, wobei Isoform 2 (cDNA12) mit FN3 und SPRY Domänen hat, die annotierbar sind und möglicherweise Protein-Protein-Interaktionen vermitteln (siehe Yeast-Two-Hybrid-Screen Seite 75). Der C-Terminus von Isoform 1 (cDNA4) hingegen ist völlig unbekannt. Genauso verhält es sich bei beiden Isoformen mit dem N-Terminus und der Dom0. CC CC FN3 FN FN3 Exon8 Exon9-TAG SPRY SPRY
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Diese Arbeit wurde am Max-Planck-In
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- 9 - Einleitung Ziel dieser Arbeit
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Seite 23 und 24: - 23 - Arterien verkleinern sich im
Seite 25 und 26: - 25 - Abbildung 26: In frühen Sta
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Seite 51 und 52: - 51 - Die Sequenz des IMAGE-Klons
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Seite 61 und 62: - 61 - Haupt-Splicevariante 2 (enth
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Seite 65: - 65 - In Übereinstimmung mit der
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Seite 83 und 84: - 83 - Resultate der GST-Pulldown-E
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Seite 99 und 100: Abbildung 75: In der rechten Abbild
Seite 101 und 102: cv ia da Abbildung 78: In diesem ho
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Seite 107 und 108: le Il caa ia pe Il ila ao caa cav i
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Seite 111 und 112: tt Il ma de - 111 - Abbildung 94: I
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Cgl Cgl TN GCl HI AMY AMY Pir Abbil
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- 119 - Genaue Lokalisation der TRI
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- 121 - Zur weiteren Spezifizierung
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Auge Magen, Duodenum, Pankreas, Dar
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Niere - 125 - Abbildung 119: (A) Qu
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Harnblase TRIM46-lacZ gl Prox1 gl T
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pa Br Abbildung 127: lacZ-Färbung
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- 131 - lacZ-Färbung in Tumorgeweb
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Diskussion - 133 - Microarray-Analy
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- 135 - Publikationen sich damit be
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- 139 - Expressionsdaten der ISH re
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- 143 - regulatorische Pfad über d
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- 145 - nachgewiesen. Im Sinne der
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Zusammenfassung - 147 - In dieser A
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Materialien und Methoden Materialie
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SDS-Sammelgel (4%): - 151 - 1,3 ml
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- 157 - >Primer vorwärts zur Besti
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Methoden - 161 - Herstellung einer
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Affymetrix-Microarray-Screen - 165
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DNA-Techniken - 169 - Herstellung e
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Agarose-Gelelektrophorese Der aufzu
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tischen Retikulums, aber auch die s
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