Identifizierung und Charakterisierung von neuen Genen für die ...
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ATGTGGCTTTCCAAGTGGCTCGGTCCTGATGCCGACTTTGTTTTATGAGCCCTATTCTCC<br />
ATCAGATCTCTATATGAACCATCTAACAAGAATTATCACACACAAAAACTGATCTATCAG<br />
GGCTGGAGATGTGCCTCCATTGGGAGAGAGATTGCCTAGCATGTTCAAGGACCTGGGCTT<br />
AATCGCCAGCACCTCATAAACTACATGAGGTAGTGCTAATCTCAGGACCTGGGAAGTGGA<br />
GGCAGGAAGATCAGCAAGTCAAGGGTTTAGTCATTCACAGCCACACAGGAAGTTCAAGGC<br />
CAGTGTGGGCTACAGAAGGGAGGAGAAGAAAGGAAGAGAGAAACAAGCGGATGCAGAGAA<br />
AGAGAGTGAGCTCTAGCGGTTATTCTCTATTCTCCTTCTGTCAGGGGTCCTGCTATTGGT<br />
AACATCCCAGTGAACACAGACTTCACAATCTCCTCCAGCAGCAGTCAATAGTGCGGGCTC<br />
AGTTCCACATCAGAATCCCTCAGTGGGCTTGGTTTTGCTTTCTTCTCTCACAGGGACAAA<br />
GAACACCTTCTCCTGGATGCCTATCAGACATCAGCCCAGGCTTGACTGTTCACTTGAAAC<br />
CTGTCCTGAGAGCGGACCAGGTTGGCCTTTTTCTTTCTTTTCCTCTCCCTCCCCTCCCCT<br />
CCCCTCCCCCCTTTTTGTGCTTCTCTTCCAGCTCCAATAAAATGCTTAATCTGAAAGCAT<br />
CTTCTGTCTTCAAGATTGTGTTAAGCAAATGTATTTCTCCTTTATCATCTAAGCACAGGG<br />
AAATTCGGCATCATGTTTGGGAGAGGTTTAAAAAAAAAAGAGTCCAGTTAACTATTGAGT<br />
TTCACTTACTCTCAGGGAAGATTTTTGCTTGGAAGCCTTTACCAAAGACCAGATTCTCCA<br />
GATTATTGAAGGCCTGGGTGATGTAATTAAGGAGAAACTCACGCAACAAGATAGGAAGTA<br />
GAGGGACTGCAAAGCCCTTGCCACCCACTCCCGCCCATGTTCTGTTCATACACCCCCGCC<br />
TCCCCTTCCAGCGCGAGGAAGATACAGTCAGGGAGAAGACGAAAAGGCCGGAGCCCAGCA<br />
GGCCCCCCTGAATGGTGAGCCACTCGGTGGAGGCCAGCTGGCGGCTGTAGATCTGCATGC<br />
CAGCGAAGAGCAGCAGGGACAGGAGGGAGGACAGCGCCAAGGAGGTCCCGGTACCGACTA<br />
CTATAAATGAGAAAAAGAGTCAGGCTAAGATTCAGGCAGATTCACTCCGGAGCTTGGCTC<br />
ACCAACCACTTCCAAGTGACCCAGCCCCCACCCCACAGCGACCTCCAGGAACCACCCGGC<br />
CCTGCACACCCAAGTTCCCGCCTGTCCGGAGGAAATGCTAGTTCCCAGGACACGTCAGCT<br />
TTACCGAGGCTACGGAGAAAAGAGGACCACCCCAACGCCCACTCCCGCTAGAGCAGCCCG<br />
GGCATCCCGCCGGTGCGGTTACCCATCACGCCCCGTCCGTGGTCCAATCCGTGTCCCTGG<br />
AGAAAGAGGGGAGCCAAAGCCGGCGCGGTTGTCTGTACGCAGGCGTCGGGGCCAACGTGG<br />
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AATAATGCTTCTAAGAGCATTCTAGGCCACCGCCCTGCTTGGTCTCCAGCCTTCTGTAGC<br />
CAAGGCATCTGCTGTCTCTCTGGACAAGCTGCACTCATCTTTCAGTCATGATCCCATGGC<br />
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CCAGGAATCGATGCAAGCTTCTAATAGGAGGAATGGTTCCTACCTCAAATACCCTCCATG<br />
TTACCCACCCCCTAGACCGCCTTTGGAGAACCACGTGGGAAGAACTATTTCCCACCCCCT<br />
ACCTCGACGGACGCAGTTCGAAGCTAGTCCCTGGAGCATGCGCAGTGACATCTCACCCTC<br />
CCCACCCCTCCCTTCACCCCACCCGGCTCCTGCATTAAGCCCCGGGTTCGCAGCAGCAGC<br />
CAGGATCGGGCACCCGGGGGCGGGCGGGCACAGTAGGGCCATGGCTGAGGGTGAGGATAT<br />
GCAGACCTTCACTTCCATCATGGATGCACTAGTCCGCATCAGTGTGAGTTAAGGTGGGGT<br />
CAAGGGGAAGGGAGGGGATGTAAAGGGTCGGGGCAAGCCAGACCCTTGAACAGGTGGGGG<br />
TCCAGGAAGAATATGGATTATAGAGAAGGGATTAGTTAAGACAGAAATGACTGGGAGGGC<br />
GGAGACGCAAGTGTGGAGGGATCCTGGGGACAGCCGAGTGGTGAGACTCCCGTTTGCTGG<br />
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GCTGGGGCGCCGGCCAGTGCCCAGCCGGTTCAGAGAGCTAGCGCACCCTGGCCGCGGGGA<br />
GCAGTCATGCGTCTAAGGGTTGCTAGAGAAAGGGGCGGGGGACAACACCCAGCTGTAGAA<br />
TGGGTGGTGCCCTTGAAATAAATGCTATTAATCCAGAGATGGAGGGATGGAGACAGGTGA<br />
GGCGGGAGGACTGCCTGCCAGCACTGCTGCAGCGGGAGTGATGGGGGTGGGGCGCGATGG<br />
TGGGGGAGGCCAGAGCTCCAACTGTACCTTCTTGGTGGACCTTAAGCTCCCCAAGAGGGG<br />
CGCCGAAGCAGGAGACAGAGAGCTGGGGAGGTGTGTGAACCAACGAAGGCGGGTACTGGG<br />
CCAAAGCAGTAGGTAGCTTGTGCTGCCCTTCCTGGCAGCCAAGGGACCGGGCTGAGATTT<br />
GCCCAAGTGTCCTAGCTCTCACACAACCTCCTGGTCCCTCCACAGACAAGCATGAAGAAC<br />
ATGGAGAAGGAACTGCTGTGCCCAGTGTGCCAAGAGATGTACAAGCAGCCACTAGTGCTG<br />
CCTTGTACCCACAACGTGTGCCAGGCCTGTGCCCGGGAGGTTTTGGGCCAGCAGGGGTAC<br />
ATAGGCCATGGTGGGGATCCGAGTTCGGAGCCCACTTCTCCTGCTTCCACCCCTTCTACC<br />
CGCAGCCCCCGCCTCTCTCGGAGAACTCTCCCCAAGCCAGATCGCTTGGACCGGCTCCTT<br />
AAGTCAGGTGGGGCTGGGGCCTGTGGGATGGGGTGGGGATGTAGAAAGATGGAAGAGGGT<br />
CAGGGGCATCTGTCTGTCATTCTGGGGTGGAGCTTCTTACTGCTTGTCTGAAATTCTAAT<br />
GAGAGCTGATCTCTGGCGCAATGAAATTCCACGTTTTAATTGACCAGATGTCACCCACCC<br />
CAGCCAGCTGTAATTCTCACCTGTGCCTCCTGGGTCCATCTACAGGCTTTGGGACATACC<br />
CTGGGCGGAAGCGTGGTGCCTTGCACCCCCAGACGATCCTATTCCCGTGCCCAGCCTGCC<br />
AAGGCGATGTGGAGCTGGGGGAGAGGGGCCTTTCCGGGCTTTTCCGAAACCTGACCCTAG<br />
AGCGAGTGGTGGAGAGGTACCGCCAGAGTGTGAGTGTGGGAGGAGCCATCCTGTGCCAGT<br />
TGTGCAAGCCCCCACCACTAGAGGCCACCAAGGGCTGCACAGAGTGTCGAGCTACCTTCT<br />
GTAACGAATGCTTCAAGCTCTTCCACCCCTGGGGCACTCAGAAGGCGCAGCATGAGCCCA<br />
CGCTACCCACTCTTTCATTCCGCCCCAAGGTGAGCCAGTTCTTGCGGGGGTCTGAAGTGG<br />
GAGGGGCTACAGTGGTGCTGAACCAGAGGTTGGAGATGACTGGCATGTGGGGTTCTAAAG<br />
AGGGCTAGGTAAGGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGTGCGCGTGCGCGT<br />
GCACGTGTGAGACAGGGTCTTAGAGCTGGAGAGAGGCAGCTCTCTGATTAAGAGCTCTTC<br />
CAGAGAATCACATTTGTTTCCCTGTAATTGCAGCTCCAGGGGTACATCACCTCTGGCCTC<br />
TTCTGTCTCCTGCACTTACATGCACATTTCTACACATAGACACATACACATAATTCAAAA<br />
TAAAATATTAAGAAAAAAAAACAGGACAGTGCTTTGCCATATAGCCCAGGCTAGCCTTGA<br />
ACTCATGGAAATCCCATTTTCTCGGTTTCCTGAGCACTAGAATTACGGACACGCACCGTC<br />
AGATCGGGCTGTCTATCAGTCCGTGTCTCTAACATCCACTAAACAGAAGATTCAACATCT<br />
Ausschnitt aus Chromosom 3 der Maus mit<br />
Genlokus <strong>von</strong> TRIM46<br />
CpG-Inseln unterstrichen, <strong>die</strong> häufiger in<br />
Promotor-Bereichen vorkommen <strong>und</strong> <strong>die</strong><br />
Genaktivität durch DNA-Methylierung regulieren<br />
können. Bioinformatische vorhersage<br />
mittels Webgene.<br />
http://l25.itba.mi.cnr.it/cgi-bin/wwwcpg.pl<br />
Mögliche TATA-Box-Konsensus-Sequenz<br />
erkannt (Programm: Accelrys DS-Gene).<br />
Exon 0: Umfasste den angenommenen<br />
Translationsstart mit dem ATG. Lag in 2<br />
Varianten vor, einmal der gelb markierte<br />
Bereich, der jedoch in einigen Splicevarianten<br />
um <strong>die</strong> blaue Sequenz GTGAGTTAAG<br />
verlängert war, wenn eine alternative Splice-<br />
Donor-Stelle GT verwendet wurde. Dann<br />
würde der offene Leserahmen ORF aber<br />
frühzeitig mit dem Stop-Codon TAA (ochre)<br />
beendet, so dass <strong>die</strong>se Proteine entweder so<br />
kurz wären oder ein alternatives ATG<br />
verwendeten, das im nächsten Exon käme<br />
<strong>und</strong> in demselben Leseraster wie das erste<br />
wäre. Für <strong>die</strong> Versuche zur Proteinexpression<br />
wurden daher cDNAs ab dem Exon 1 mit<br />
<strong>die</strong>sem zweiten ATG verwendet, um das<br />
maximale Proteinprodukt untersuchen zu<br />
können.<br />
Exon 1: War in allen sequenzierten cDNAs<br />
gleich <strong>und</strong> umfasste den gelb markierten<br />
Bereich, der über den vorhergesagten hinausging.<br />
Exon 2: War in allen sequenzierten cDNAs<br />
gleich <strong>und</strong> umfasste den gelb markierten<br />
Bereich, der über den vorhergesagten hinausging.<br />
CpG-Insel. Bioinformatische vorhersage<br />
mittels Webgene.<br />
http://l25.itba.mi.cnr.it/cgi-bin/wwwcpg.pl
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