Identifizierung und Charakterisierung von neuen Genen für die ...

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Das Gen TRIM46 als Kandidat für eine detaillierte Analyse
Der Klon 140 unseres Microarray-Screens
zeigte in der Verifikation der Microarray-
Vorhersagen durch in-situ-Hybridisierung
(ISH) ein interessantes Expressionsmuster
im Gehirn (siehe ab Seite 116) mit
Expression insbesondere im Hippocampus,
so wie auch von den Chip-Daten vorhergesagt.
Zudem annotierte er als ein bisher
unbekanntes und uncharakterisiertes Gen
der Benennung TRIM46 von der ansonsten
gut bekannten TRIM-Protein-Familie,
aus deren Reihen viele Gene an
Krankheitsbildern beteiligt sind und die
in vielen wichtigen Prozessen eine Rolle
spielen (siehe ab Seite 26). Daher bot sich
eine detailliertere Charakterisierung dieses
Gens bis hin zur Herstellung einer transgenen
Maus an.
Um eine erste Übersicht über das Gen und seinen
Lokus auf dem Genom zu gewinnen, wurde
die auf den Chips verwendete Oligonukleotid-Sequenz
bestimmt und der zugrunde liegende
cDNA-Klon ( IMAGE-Klon ) bei der
RZPD-Datenbank bestellt, der zugleich auch
als in-situ-Sonde verwendet werden konnte:
IMAGp998D071102 ( http://www.rzpd.de )
Des Weiteren konnten mit der in der RZPD-
Datenbank erhältlichen Sequenz weitere Annotationen
vorgenommen werden. Da das Gen
noch unbekannt war, wurde es nicht direkt
beispielsweise mit Blast gefunden, sondern
musste mit der Celera- oder ENSEMBL-
Datenbank auf das Maus-Genom projiziert
werden, welches sich zurzeit in der Genomsequenzierung
befand. Da Celera nicht mehr fortgeführt
wird, werden hier die Daten von der
ENSEMBL-Genomdatenbank dargestellt. Es
zeigte sich eine wahrscheinliche Lokalisierung
der Sequenz von Klon 140 auf dem Maus-
Chromosom 3.
Relative Expression
Fold
Change
Körper
53%
Microarray-Analyse für Klon 140
Hippocampus
100%
Moto
50%
Vis
50%
Som
50%
Cin
56%
1,9 1 2 2 2 1,8
Abbildung 49: Projektion der Sequenz von Klon 140 bzw.
dem späteren TRIM46 auf Maus-Chromosom 3 mittels
ENSEMBL.