Identifizierung und Charakterisierung von neuen Genen für die ...

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Die 3376 bp lange cDNA-Sequenz weist keine zu
bekannten Proteinen annotierbaren offenen Leseraster
auf. Möglicherweise könnte es sich um ein RNA-Gen
handeln. Die Sondensequenz innerhalb dieser mRNA
ist markiert (rechts oben).
Neben dieser Homologie alignt die Sondensequenz von
Klon 149 gleichermaßen mit einem bekannten Gen,
das auf Chromosom 1 lokalisiert ist und ein annotierbares
offenes Leseraster enthält, das für das Protein
Acbd6 (Acyl-CoA-Binding Diazepam Inhibitor) kodiert
(rechts unten).
ORF ORF
Acbd6_CDS
AK149418_Tumor Liver_mRNA
BamHI (880)
BC098217_Acbd6_mRNA
18 03 bp
IMAGE-Klon AA512664
ACCESSION BC098217:
Mus musculus acyl-Coenzyme A binding domain containing 6, mRNA
(cDNA clone IMAGE:3465595), complete cds.
/tissue_type="Mammary gland, lactating mouse"
/gene="Acbd6"
/product="Acbd6 protein"
/translation="MATPFLPSGATTGDSGGELSSGDDSGDMESFQTPEAEGTRSLAELFEKAAAHVQGLVQVASREQ
LLYLYARFKQVKVGNCNTPKPNFFDFEGKQKWEAWKALGDSSPSQAMQEYIAAVKKLDPGWNPQVPALLEFLS"
Das Bemerkenswerte hier ist, dass die Sondensequenz sowohl auf Chromosom 16 als auch auf
Chromosom 1 identisch ist, bis auf den Unterschied, dass sie jeweils komplementär orientiert ist. Da die
ISH mit einer gerichteten Probe für die antisense-Sonde durchgeführt worden ist, mit sense-Probe als
negativer Kontrolle, müssen die ISH-Bilder die Resultate für das unbekannte Gen AK149418 auf
Chromosom 16 widerspiegeln.
Wenn man des Weiteren
die Maus-Sequenzen
mit dem Menschen vergleicht,
so lässt sich
eine Homologie zu diesem
unbekannten Gen
wieder finden an konservierter
Position bei
Zbtb20 und Drd3 (Bild
rechts). Im Gegensatz
dazu enthält Acdb6 im
Menschen nicht mehr die oben verzeichnete Sondensequenz, welche in Acdb6 des Menschen also nicht
konserviert blieb. Die Konservierung des Lokus für das unbekannte Gen AK149418 spricht für die
Realität dieses Gens.
Accession: NM_032360
1089 bp mRNA Homo sapiens acyl-Coenzyme A binding domain containing 6 (ACBD6),
/translation="MASSFLPAGAITGDSGGELSSGDDSGEVEFPHSPEIEETSCLAELFEKAAAHLQGLIQVASREQ
LLYLYARYKQVKVGNCNTPKPSFFDFEGKQKWEAWKALGDSSPSQAMQEYIAVVKKLDPGWNPQIPEKKGKEANTGFG
GPVISSLYHEETIREEDKNIFDYCRENNIDHITKAIKSKNVDVNVKDEEGRALLHWACDRGHKELVTVLLQHRADINC
QDNEGQTALHYASACEFLDIVELLLQSGADPTLRDQDGCLPEEVTGCKTVSLVLQRHTTGKA"
3376 bp
IMAGE-Klon AA512664
BamHI (3143)
ORF