Identifizierung und Charakterisierung von neuen Genen für die ...

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In-situ-Hybridisierungen zur Überprüfung der Expressions-
Vorhersagen
Die Liste der in dem Microarray-Screen gefundenen Sequenzen wurde annotiert und die Vorhersagen mit
bisher publizierten Genexpressionen verglichen, wobei sich eine Übereinstimmung zu den Chip-
Vorhersagen von 70% ergab.
Anschließend wurden für als bisher unbekannt annotierte Gene und ESTs in-situ-Hybridisierungen zur
eigenen Verifizierung der Chip-Vorhersagen angefertigt.
Klon 137 – bisher uncharakterisiertes Gen Nse1
Klon 137 annotiert zu dem Gen Nse1, das
bisher hauptsächlich in Hefezellen charakterisiert
ist und eine Rolle bei der DNA-
Reparatur in dem Smc5-Smc6-Komplex hat
(McDonald WH 2003). Die Expression
dieses Gens in Vielzellern ist bisher nicht
publiziert, vielleicht auch weil von einer
ubiquitären Präsenz angesichts der annotierten
Genfunktion ausgegangen wurde. Umso
bemerkenswerter ist die hier festgestellte
Expression mit hoher regionaler Spezifität
im Gehirn, insbesondere dem Cortex und der
fast nicht messbaren Aktivität im restlichen
Körper.
Die für ISH von den Microarray-Chips abgeleitete
Sequenz von Klon 137 stammt aus
dem IMAGE-Klon IMAGp952I2061 von der
RZPD-Datenbank.
Abbildung 40: Vergleich der Chip-Vorhersage unseres Screens
mit schon publizierten Daten, hier im Beispiel für das Gen
Neuropilin. Dieses wurde im Hippocampus vorausgesagt mit
den relativen Expressionswerten (Fold Changes) zu den anderen
Geweben von 4; 3,1; 3,5; 2,2; 2,9 (Motorcortex, visueller
Cortex, somatosensorischer und cingularer Cortex sowie
Körper). Dies entspricht den veröffentlichten Daten von einer
besonderen Expression im Hippocampus (Kawakami, Kitsukawa
et al. 1996).
Relative Expression
Fold
Change
Microarray-Analyse für Klon 137
21,48 12,24 5,64 1 1,2 2,52
Klon 137 wurde für visuellen und somatosensorischen Cortex vorhergesagt. ISH zeigte die stärkste
Expression im parietalen Cortex, der zum somatosensorischen System gehört. Die Korrelation der ISH mit
der Microarray-Vorhersage zeigt sich ferner an der fehlenden Expression im Hippocampus sowie im
Körper. Es ergibt sich insgesamt ein lokalisiertes, aber auch komplexes Expressionsmuster mit weiterer
Expression im baso-lateralen Telencephalon, insularischen Cortex, LMS, ab E18 Expression in der
subventrikulären und ventrikulären Zone.
Körper
5%
Hippocampus
8%
Moto
18%
Vis
100%
Som
83%
Cin
40%