Identifizierung und Charakterisierung von neuen Genen für die ...

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Vorhersage neuer Marker-Gene mit regionalisierter Expression im
Cortex
Die Tabelle gibt eine Übersicht der Klone nach der Auswertung gemäß im Kapitel zuvor genannten
Kriterien. Die einzelnen Klone wurden anhand ihrer auf dem Microarray-Chip gesetzten Sequenz mittels
der von Affymetrix angegebenen ID ermittelt und beim RZPD-Konsortium als cDNA-(IMAGE)-Klone
bestellt, von denen dann Verifikation mittels ISH erfolgen konnte. Die cDNA-Klone wurden mit Hilfe der
Celera-Datenbank annotiert. Hierbei ist zu beachten, dass sich die Annotation von insbesondere ESTs mit
der Zeit ändern kann und man mit Hilfe der bleibenden Accession-IDs jederzeit eine neue Annotation
vornehmen könnte. Einige Gene sind unter verschiedenen Klon-Nummern in der Tabelle mehrfach
enthalten. Die Werte für Fold Change sind zu verstehen als relative Änderung in Bezug auf das
vorgenannte Gewebe. Ist das Expressionsmaximum beispielsweise für das Gewebe Hippocampus
angegeben, so bedeuten die Fold Changes die relative Expression im Hippocampus zu den übrigen
Geweben. Hierbei sind diese in der Reihenfolge H, M, V, K, S, C (Hippocampus, Motorcortex, visueller
Cortex, Körper, somatosensorischer Cortex, cingularer Cortex) von links nach rechts angeführt, wobei das
vorgenannte Gewebe fehlt, da hier der Fold Change des Expressionsmaximums zu sich selber relativ 1 ist.
Im Falle des Hippocampus bezeichnet die Liste der Fold Changes also M, V, K, S, C, da H fehlt. Im Falle
eines Gens mit Expressionsmaximum im visuellen Cortex wäre die Liste entsprechend H, M, K, S, C ohne
V. Wo die Signale nicht messbar über dem Hintergrundrauschen lagen, sind keine Messwerte eingetragen.
Werte mit einer Tilde (~) sind Schätzwerte gegenüber dem Hintergrundrauschen, wenn im Vergleich bei
einem Gewebe keine Expression über dem Hintergrundrauschen messbar war, bei den anderen hingegen
schon.
Tabelle 1
Klon- IMAGE-ID Lokalisation Fold- Fold- Fold- Fold- Fold- Annotation
Nr.
Change Change Change Change Change
1 1053872 Cing 2,3 2,2 2,4 2,2 1 SODIUM- AND CHLORIDE-DEPENDENT AMINO ACID TRANSPORTER
2 633764 zic2 of the cerebellum (Mus musculus)
3 520234 Hippocampus 3,6 2,9 2 3 1,4 Myc-related oncogen
4 330075 Hippocampus 2 1,6 2,5 1,4 36,3 AXONIN
5 585383 Hippocampus 1,7 2,8 2,2 -1,9 2 RING3
6 426351 Hippocampus 3,2 ~7.2 3,1 2 ~9.0 N-ACETYLGALACTOSAMINE-4-O-SULFOTRANSFERASE
7 553888 Hippocampus 2,1 2 ~3.6 1,5 ~6.3 no panther hit
8 616798 Som 1,2 1,7 2,3 3,9 2,2 mouse genes: hits