Identifizierung und Charakterisierung von neuen Genen für die ...

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Abbildung 29: Klassifizierung der Zing-Finger-Domänen des Maus-Transkriptoms (Ravasi, Huber et al. 2003).
Bestimmte Zink-Finger-Domänen sind spezifisch für Vertebraten. So wurden Domänen des Transkriptionsrepressors
KRAB oder des nuklearen Rezeptors ROR nicht in D. melanogaster, C. elegans oder
S. cerevisiae wieder gefunden. Mehr als 30% der Zink-Finger in Maus und Mensch sind vom KRAB-Typ.
KRAB ist die Abkürzung für Krüppel assoziierte Box und bindet an Silencer-Elemente der DNA und
veranlasst die Packung in Heterochromatin durch Wechselwirkung mit anderen Proteinen. Die Krüppel-
Domäne selber kommt überall in der Natur vor, die KRAB-Domäne hingegen ist spezifisch für
Tetrapoden, die vor 350 Mio. Jahren aufkamen. Insekten wiederum besitzen andere exklusive Domänen
wie C4DM oder ZAD.
Die vierthäufigste Proteinfamilie der Zink-Finger ist die TRIM-
Familie. TRIM steht für „tripartite motif“ und kommt daher, dass diese
Proteine in der Regel aus 3 verschiedenen Zink-Finger-Domänen aufgebaut
sind, wobei nur vereinzelt bestimmte davon fehlen. Die Hauptdomäne ist
der RING-Finger, welcher aus 40 bis 60 Aminosäureresten besteht, die 2
Zink-Atome binden mit der Koordination C4HC3 oder C3H2C3. Die
allgemeine Funktion besteht hier nicht oder seltener in DNA-Bindung,
sondern der Vermittlung von Protein-Protein-Interaktionen. Sie ist
besonders charakteristisch für einen Typ der E3-Ubiquitin-Ligasen, welche
Ubiquitin von einem E2-Enzym auf ein
Substratprotein übertragen und dieses dann für
den Abbau im Proteasom markieren (Regulation
des Protein-Umsatzes).
Neben der RING-Finger-Struktur enthalten die
TRIM-Proteine ein bis zwei Ausgaben des B-
Box-Motivs, welches aus gut konservierten 40
Aminosäureresten mit hohem Cystein-Anteil
besteht. Die B-Box ist ein Monomer mit 2 β-
Faltblattsträngen, 2 α-Helices und 3 irregulären
Schleifenregionen. Von 7 möglichen Zink-
Abbildung 31: B-Box-Motiv
( www.expasy.org ).
Abbildung 30: RING-Finger-
Motiv.