Untersuchungen zum Vorkommen und zur gesundheitlichen ...

3.1.2.1 Vergleich der Sequenzen und „phylogenetische“ Berechnungen
Die berechneten Stammbäume der jeweiligen Gattung zeigen die „phylogenetische“
Zuordnung der innerhalb dieser Gattung gewonnenen 16S rRNA-Gensequenzen der
Isolate (ca. 1000 -1400 bp) zu beschriebenen Spezies mit validierten Namen (Typ-
Stämme, http://www.bacterio.cict.fr/index.html). Die Bearbeitung und Sequenzierung der
Isolate erfolgte wie in Abschnitt 2.4 beschrieben. Die Vergleichssequenzen wurden der
primären Datenbank „Genbank“ entnommen. Als „Outgroup“ wurden Sequenzen von Typ-
Stämmen einer jeweils anderen Gattung innerhalb der Klasse der Actinobacteria gewählt.
Die Stammbaumberechnung erfolgte nach einem multiplen Alignment (Clustal W) über
eine Distanzberechnung (Kimura-2-model) und der Neigbourjoining- Clusteranalyse. Alle
dazugehörigen Schritte wurden mit dem Softwarepaket Mega Version 4.0 (Tamura et al.,
2007) durchgeführt. Die Bootstrap-Werte an den Knotenpunkten basieren auf 1000
wiederholten Berechnungen. Die Stammnummern und Datenbank- (Accession) Nummern
sind im Stammbaum angegeben (siehe Anhang).
Die Verteilung der Isolate in den Stammbäumen ist innerhalb der jeweiligen Gattungen
sehr heterogen.
Ein wiederholtes Auftreten bestimmter bzw. ähnlicher Spezies ist sowohl in derselben
Probe, als auch bei den verschiedenen Proben festzustellen. Dies ist z.B. sehr deutlich
durch die Gruppenbildung von Isolaten verschiedener Proben bei den „phylogenetischen“
Stammbäumen der Gattungen Amycolatopsis, Saccharopolyspora, Nocardia,
Nocardioides, Nocardiopsis und Pseudonocardia zu erkennen. Gleichzeitig werden sowohl
in den gleichen, als auch in den unterschiedlichen Proben unterschiedliche Spezies
detektiert, die relativ weit über den jeweiligen phylogenetischen Stammbaum verteilt sind.
Die Darstellungen der verschiedenen Bäume befinden sich im Anhang.
Nachfolgend werden die Daten für einen besseren Überblick zusammengefasst
dargestellt.
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