Untersuchungen zum Vorkommen und zur gesundheitlichen ...

Tab. 4: Zusammenstellung der Eigenschaften der verwendeten Primer für die PCR,
PH = Phosphatrest am 5´-Ende für SSCP
Primer Sequenz (5´→ 3´) Annealingtemperatur
47
Prod.-
Länge
(bp)
Literatur
PH- Ac 1186r CTTCCTCCGAGTTGACCC 58,2 °C diese Arbeit
Com 2xf AAACTCAAAGGAATTGACGG 53,2 °C
~ 250 Schwieger&
Tebbe, 1998,
modifiziert
SC-Act235aS-20SC-Act878aA-19
CGCGGCCTATCAGCTTGTTG
CCGTACTCCCCAGGCGGGG
61,4 °C
67,5 °C
~640
Stach et al.,
2003
EUB 9f GAGTTTGATCMTGGCTCAG 55,6 °C Lane, 1991
EUB 1492r ACGGYTACCTTGTTACGACTT 56,9 °C
1503 Weisburg et
al., 1991
M13 forward GTAAAACGACGGCCAG 51,7 °C
Invitrogen
M13 reverse CAGGAAACAGCTATGAC 50,4 °C
GmbH,
Karlsruhe
616 V AGAGTTTGATYMTGGCTCAG 55,3 °C >
118 r GGGTTYCCCCATTCGG 55,6 °C 2000
Tab. 5: Temperaturprogramm: Thermocycler Biometra, Biorad
Actinomyceten-Primer Com2xf/Ac1886r
Nr. Bezeichnung Temperatur Zeit
1. Initiale Denaturierung 95 °C 3 min
2. Denaturierung 94 °C 30 sek
3. Annealing 60 °C 30 sek
4. Elongation 72 °C 30 sek
Wiederholung der Schritte 2.–4., 25-30 mal
5. Extension 72 °C 15 min
6. Abkühlen 4 °C unbegrenzt
Actinomyceten-Primer SC-Act235-aS-20/ SC-Act878-aA-19
Nr. Bezeichnung Temperatur Zeit
1. Initiale Denaturierung 95 °C 4 min
2. Denaturierung 95 °C 30 sek
3. Annealing 70 °C 1 min
4. Elongation 70 °C 2 min
Wiederholung der Schritte 2.–4., 25-30 mal
5. Extension 70 °C 15 min
6. Abkühlen 4 °C unbegrenzt