Untersuchungen zum Vorkommen und zur gesundheitlichen ...
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durchgeführt. Auch wenn mit beiden Verfahren gleiche Gattungen detektiert worden<br />
sind, kann man nicht davon ausgehen, dass es sich dabei um gleiche Arten handelt.<br />
Zusätzlich zu den erfassten Daten <strong>und</strong> deren Vergleich sind die Fehlerquellen beider<br />
Methoden zu beachten.<br />
Der kultivierungsabhängige Ansatz ist besonders durch die Faktoren der<br />
Lebensfähigkeit <strong>und</strong> Kultivierbarkeit der Mikroorganismen (viable but not culturable)<br />
begrenzt. Weiterhin ist die Bearbeitung <strong>und</strong> Aufarbeitung der zu untersuchenden<br />
Proben sehr zeitaufwändig <strong>und</strong> es bedarf einer sorgfältigen Auswahl der Nährmedien<br />
<strong>zur</strong> Kultivierung <strong>und</strong> Subkultivierung, sowie einer gewissen Erfahrung hinsichtlich<br />
morphologischer, mikroskopischer <strong>und</strong> chemotaxonomischer Kenntnisse.<br />
So zeigten Parker <strong>und</strong> Taylor (1985), dass über die Kultivierung nur ca. 0,0001-10%<br />
der Gesamtpopulation der Mikroorganismen in einer Umweltprobe erfasst werden.<br />
Die in diesem Projekt erhaltenen Ergebnisse belegen, dass die Anzahl von isolierten<br />
Referenzisolaten mit steigender Anzahl der untersuchten Proben, der verwendeten<br />
Nährmedien, der verschiedenen Inkubationstemperaturen <strong>und</strong> der<br />
Verdünnungsstufen, sowie anderer Faktoren ansteigt. Jedoch ist zu beachten, dass<br />
der damit verb<strong>und</strong>ene Arbeits-, Zeit <strong>und</strong> Kostenaufwand in der Routine<br />
wahrscheinlich nicht umsetzbar ist. Dadurch kann der kultivierungsabhängige Ansatz<br />
zu einer Fehlinterpretation der Actinomycetenpopulation aufgr<strong>und</strong> der Auswahl der<br />
Nährmedien, der Kultivierbarkeit aber auch einer selektiven Isolierung führen.<br />
Beim direkten molekularbiologischen Ansatz (z.B. über eine Klonierung) liegt die<br />
Fehlerquelle vorwiegend in der DNA-Extraktionseffizienz. So zeigten Taylor et al.,<br />
2002, dass mit einem DNA – Extraktionskit nur etwa 1 % der tatsächlich in Böden<br />
vorhandenen DNA extrahiert werden kann <strong>und</strong> es weiterhin zu sequenzspezifisch<br />
selektiven PCR-Amplifikationen kommen kann. Dies kann zu einer Verschiebung der<br />
tatsächlichen Population der Actinomyceten in Baumaterialien führen. Auch in der<br />
hier vorliegenden Arbeit erfolgte die DNA-Extraktion aus Umweltproben mit einem<br />
Extraktionskit, wobei die Extraktionseffizienzen nicht bestimmt wurden. Daher kann<br />
hier keine Aussage über mögliche DNA-Extraktionsverluste <strong>und</strong> DNA-Qualitäten<br />
getroffen werden. Um jedoch die Fehlerquelle bei der Vorselektion der<br />
Klonsequenzen mit Actinomyceten-spezifischen Primern zu verringern, wurden in<br />
diesem Projekt zwei verschiedene Actinomyceten-spezifische Primer eingesetzt.<br />
Dies sollte die Detektion einerseits der myzelbildenden (Primersystem 1) <strong>und</strong><br />
andererseits der coryneformen (Primersystem 2) Actinomyceten erhöhen.<br />
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