Untersuchungen zum Vorkommen und zur gesundheitlichen ...

durchgeführt. Auch wenn mit beiden Verfahren gleiche Gattungen detektiert worden
sind, kann man nicht davon ausgehen, dass es sich dabei um gleiche Arten handelt.
Zusätzlich zu den erfassten Daten und deren Vergleich sind die Fehlerquellen beider
Methoden zu beachten.
Der kultivierungsabhängige Ansatz ist besonders durch die Faktoren der
Lebensfähigkeit und Kultivierbarkeit der Mikroorganismen (viable but not culturable)
begrenzt. Weiterhin ist die Bearbeitung und Aufarbeitung der zu untersuchenden
Proben sehr zeitaufwändig und es bedarf einer sorgfältigen Auswahl der Nährmedien
zur Kultivierung und Subkultivierung, sowie einer gewissen Erfahrung hinsichtlich
morphologischer, mikroskopischer und chemotaxonomischer Kenntnisse.
So zeigten Parker und Taylor (1985), dass über die Kultivierung nur ca. 0,0001-10%
der Gesamtpopulation der Mikroorganismen in einer Umweltprobe erfasst werden.
Die in diesem Projekt erhaltenen Ergebnisse belegen, dass die Anzahl von isolierten
Referenzisolaten mit steigender Anzahl der untersuchten Proben, der verwendeten
Nährmedien, der verschiedenen Inkubationstemperaturen und der
Verdünnungsstufen, sowie anderer Faktoren ansteigt. Jedoch ist zu beachten, dass
der damit verbundene Arbeits-, Zeit und Kostenaufwand in der Routine
wahrscheinlich nicht umsetzbar ist. Dadurch kann der kultivierungsabhängige Ansatz
zu einer Fehlinterpretation der Actinomycetenpopulation aufgrund der Auswahl der
Nährmedien, der Kultivierbarkeit aber auch einer selektiven Isolierung führen.
Beim direkten molekularbiologischen Ansatz (z.B. über eine Klonierung) liegt die
Fehlerquelle vorwiegend in der DNA-Extraktionseffizienz. So zeigten Taylor et al.,
2002, dass mit einem DNA – Extraktionskit nur etwa 1 % der tatsächlich in Böden
vorhandenen DNA extrahiert werden kann und es weiterhin zu sequenzspezifisch
selektiven PCR-Amplifikationen kommen kann. Dies kann zu einer Verschiebung der
tatsächlichen Population der Actinomyceten in Baumaterialien führen. Auch in der
hier vorliegenden Arbeit erfolgte die DNA-Extraktion aus Umweltproben mit einem
Extraktionskit, wobei die Extraktionseffizienzen nicht bestimmt wurden. Daher kann
hier keine Aussage über mögliche DNA-Extraktionsverluste und DNA-Qualitäten
getroffen werden. Um jedoch die Fehlerquelle bei der Vorselektion der
Klonsequenzen mit Actinomyceten-spezifischen Primern zu verringern, wurden in
diesem Projekt zwei verschiedene Actinomyceten-spezifische Primer eingesetzt.
Dies sollte die Detektion einerseits der myzelbildenden (Primersystem 1) und
andererseits der coryneformen (Primersystem 2) Actinomyceten erhöhen.
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