Untersuchungen zum Vorkommen und zur gesundheitlichen ...
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4.4 Diskussion Isolierung / Klonierung einschließlich deren Vergleich<br />
Die Actinomyceten in den Materialproben wurden sowohl mit Kultivierungsmethoden<br />
(2.3) isoliert, als auch mit molekularbiologischen Methoden (2.4.4) direkt bestimmt.<br />
Mit beiden Methoden, Isolierung <strong>und</strong> Klonierung wurden in 16 untersuchten<br />
Materialproben insgesamt 59 verschiedene Gattungen innerhalb der Klasse der<br />
Actinobacteria detektiert (Tab. 26). Davon wurden 10 Gattungen (17%) nur mittels<br />
Isolierung, 27 Gattungen (46%) nur mittels Klonierung <strong>und</strong> 22 Gattungen (37%) mit<br />
beiden Methoden erfasst. Insgesamt wurden jedoch nur 17 Gattungen (~30 %) mit<br />
beiden Analyseverfahren in derselben Probe detektiert.<br />
Tab. 26: Gegenüberstellung der mittels kultivierungsabhängiger <strong>und</strong><br />
kultivierungsunabhängiger Analyseverfahren detektierten Gattungen, sowie die<br />
ermittelten Übereinstimmungen bei den untersuchten Proben<br />
Nur Isolierung Nur Klonierung<br />
Isolierung <strong>und</strong><br />
Klonierung<br />
1 Citricoccus Actinomyces Agrococcus<br />
2 Corynebacterium Actinopolymorpha Amycolatopsis<br />
3 Isoptericola Aeromicrobium Arthrobacter<br />
4 Leucobacter Aeromonas Brachybacterium<br />
5 Micrococcus Agromyces Brevibacterium<br />
6 Oerskovia Blastococcus Jiangella<br />
7 Ornithinicoccus Conexibacter Kocuria<br />
8 Propionicicella Crocebacterium Kribella<br />
9 Saccharomonospora Crossiella Lentzea<br />
10 Tsukamurella Crustibacterium Microbacterium<br />
11 Cryocola Microlunatus<br />
12 Georgenia Micromonospora<br />
13 Goodfellowia Mycobacterium<br />
14 Leifsonia Nocardia<br />
15 Longispora Nocardioides<br />
16 Microcella Nocardiopsis<br />
17 Modestobacter Prauserella<br />
18 Parkia Promicromonospora<br />
19 Patulibacter Pseudonocardia<br />
20 Prauseria Rhodococcus<br />
21 Propionibacterium Saccharopolyspora<br />
22 Saccharothrix Streptomyces<br />
23 Sanguibacter<br />
24 Solirubrobacter<br />
25 Stackebrandtia<br />
26 Tetrasphaera<br />
27 Yania<br />
Da bei den untersuchten Klonsequenzen nur Teilsequenzen (ca. 400 bp) vorliegen,<br />
ist eine „phylogenetische“ Stammbaumberechnung aus diesen Daten nicht<br />
aussagekräftig genug. Daher wurde auch kein direkter Vergleich zwischen den<br />
vorliegenden 16S rRNA-Gen-Sequenzen der Isolate <strong>und</strong> der Klonsequenzen<br />
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