Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

Material und Methoden Seite 63
2.9.2.2 AutoDock Version 3.0
AutoDock ist ein Programm zum automatisierten andocken von flexiblen Liganden an
Rezeptoren. AutoDock ermöglicht somit die Voraussage von Interaktionen zwischen Li-
gand und Rezeptor. Dabei ist es möglich, unterschiedliche Andockstellen für einen Li-
ganden zu errechnen. Während die bisherige Technik auf die manuelle Unterstützung
durch den Anwender angewiesen war, ermöglicht es AutoDock, verschiedene Substrate
für eine Rezeptor automatisch zu testen und mögliche Bindungspartner zu finden. Zu-
dem verfügt das Programm über eine „Scoring“ – Funktion, die es ermöglicht, die gefun-
den Ligand – Rezeptor – Komplexe miteinander zu vergleichen. Um das Docken zu simu-
lieren, stehen drei verschiedene Algorithmen zu Verfügung: Monte Carlo Simulation, si-
muliertes Annealing und ein genetischer Algorithmus [115].
2.9.2.3 TINKER 3.7
Die TINKER –Suite ist als leicht zu benutzendes, flexibles System von Programmen und
Routinen für „Molecular Mechanics“ und„Molecular Dynamics“ entwickelt worden. Zu-
dem ermöglicht es weitere energiebasierte und strukturmanipulierende Berechnungen.
TINKER besteht aus einer Reihe von kleinen Programmen, die komplexe Berechnungen
durchführen können. Viele der verschiedenen Energieminimierungs- „Molecular Dyna-
mics“ – Berechnungen können mit der ganzen oder Teilen der Struktur durchgeführt
werden. Dabei kann im kartesischen, internen oder „rigid body“ Koordinaten gerechnet
werden. Zudem können unterschiedliche Bindungs- und Kristalltypen berücksichtigt
werden [116].
2.9.2.4 CCP4
Die CCP4 – Programmsuite ist eine Ansammlung von Programmen, die für die Auswer-
tung von kristallographischen Daten hilfreich ist. Zudem sind zahlreiche Routinen vor-
handen, um PDB – Dateien den benötigten Bedürfnissen anzupassen. So ist es z.B.
leicht möglich, die Atomnummerierung zu ändern [117].