Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung
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Material und Methoden Seite 63<br />
2.9.2.2 AutoDock Version 3.0<br />
AutoDock ist ein Programm zum automatisierten andocken von flexiblen Liganden an<br />
Rezeptoren. AutoDock ermöglicht somit die Voraussage von Interaktionen zwischen Li-<br />
gand und Rezeptor. Dabei ist es möglich, unterschiedliche Andockstellen für einen Li-<br />
ganden zu errechnen. Während die bisherige Technik auf die manuelle Unterstützung<br />
durch den Anwen<strong>der</strong> angewiesen war, ermöglicht es AutoDock, verschiedene Substrate<br />
für eine Rezeptor automatisch zu testen und mögliche Bindungspartner zu finden. Zu-<br />
dem verfügt das Programm über eine „Scoring“ – Funktion, die es ermöglicht, die gefun-<br />
den Ligand – Rezeptor – Komplexe miteinan<strong>der</strong> zu vergleichen. Um das Docken zu s<strong>im</strong>u-<br />
lieren, stehen drei verschiedene Algorithmen zu Verfügung: Monte Carlo S<strong>im</strong>ulation, si-<br />
muliertes Annealing und ein genetischer Algorithmus [115].<br />
2.9.2.3 TINKER 3.7<br />
Die TINKER –Suite ist als leicht zu benutzendes, flexibles System von Programmen und<br />
Routinen für „Molecular Mechanics“ und„Molecular Dynamics“ entwickelt worden. Zu-<br />
dem ermöglicht es weitere energiebasierte und strukturmanipulierende Berechnungen.<br />
TINKER besteht aus einer Reihe von kleinen Programmen, die komplexe Berechnungen<br />
durchführen können. Viele <strong>der</strong> verschiedenen Energiemin<strong>im</strong>ierungs- „Molecular Dyna-<br />
mics“ – Berechnungen können mit <strong>der</strong> ganzen o<strong>der</strong> Teilen <strong>der</strong> Struktur durchgeführt<br />
werden. Dabei kann <strong>im</strong> kartesischen, internen o<strong>der</strong> „rigid body“ Koordinaten gerechnet<br />
werden. Zudem können unterschiedliche Bindungs- und Kristalltypen berücksichtigt<br />
werden [116].<br />
2.9.2.4 CCP4<br />
Die CCP4 – Programmsuite ist eine Ansammlung von Programmen, die für die Auswer-<br />
tung von kristallographischen Daten hilfreich ist. Zudem sind zahlreiche Routinen vor-<br />
handen, um PDB – Dateien den benötigten Bedürfnissen anzupassen. So ist es z.B.<br />
leicht möglich, die Atomnummerierung zu än<strong>der</strong>n [117].