Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung
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Material und Methoden Seite 62<br />
schematische o<strong>der</strong> detaillierte Zeichnungen von Molekülen erstellen. Das Programm eig-<br />
net sich beson<strong>der</strong>s für die Darstellung von Sekundärstrukturen in <strong>Protein</strong>en und <strong>der</strong>en<br />
räumlicher Anordnung zueinan<strong>der</strong>. <strong>im</strong> Gegensatz zu den interaktiven Programmen wie<br />
RASMOL o<strong>der</strong> VMD wird MolScript mittels einer Skriptsprache gesteuert. In einem<br />
Skriptfile wird die Darstellungsweise einzelner Molekülbereiche explizit festgelegt. Mit<br />
Hilfe des Programms MolAuto lassen sich aus PDB – Dateien erste Skripte automatisch<br />
ableiten [112].<br />
2.9.1.5 ClustalX 1.8<br />
ClustalX ist ein leistungsfähiges Programm, um multiple Sequenzalignments durchzu-<br />
führen. Im Gegensatz zu seinen Vorgängern verfügt es über eine graphische Benutzer-<br />
oberfläche, welche die Bedienung erheblich vereinfacht. Zudem ist eine Ausgabe von<br />
Verwandtschaftsdaten möglich, die mit dem Programm Treeview graphisch dargestellt<br />
werden können [113].<br />
2.9.2 Molecular Modelling Programme<br />
2.9.2.1 Modeller 4<br />
Modeller 4 ist eine Implementierung eines automatischen, komparativen „Molecular Mo-<br />
delling“ Programms. Der Kernalgorithmus beruht auf <strong>der</strong> Erfüllung von räumlichen Be-<br />
schränkungen <strong>der</strong> zu modellierenden Struktur, die sich auf physikalische Gesetzmäßig-<br />
keiten zurückführen lassen. Hierbei werden vor allem sterische Hin<strong>der</strong>ungen berück-<br />
sichtigt. Die „Modelling“ – Prozedur beginnt mit einem Alignment <strong>der</strong> zu modellierenden<br />
Struktur (Target) mit verwandten, aufgelösten 3D – Strukturen (Templates). Dieses A-<br />
lignment ist die Eingabe des Programms, die Ausgabe ist die modellierte 3D – Struktur<br />
mit allen Hauptketten- und Seitenkettenatomen mit Ausnahme von Wasserstoffatomen.<br />
Das Programm lässt sich durch eine flexible Skriptsprache namens TOP steuern, dabei<br />
kann je<strong>der</strong> grundlegende Parameter einstellen. Nachteilig ist <strong>der</strong> hohe Hauptspeicherbe-<br />
darf des Programms (min. 90 MB) sowie die lange Programmlaufzeit, die je nach Opti-<br />
mierungsstufe oft mehrere Stunden beträgt. Zudem zeigt sich das Programm gegenüber<br />
dem Alignment äußerst empfindlich. So führen bereits Abweichungen von nur einer A-<br />
minosäure <strong>im</strong> Alignment zu falschen Ergebnissen[114].