Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung
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Material und Methoden Seite 61<br />
Die Programme werden hier nur kurz besprochen, die genauere Darstellung <strong>der</strong> Algo-<br />
rithmen erfolgt an geeigneter Stelle <strong>im</strong> Diskussionsteil.<br />
2.9.1 Visualisierungs- und Sequenzprogramme<br />
2.9.1.1 RASMOL<br />
RASMOL ist ein Molekül - Graphikprogramm für die Visualisierung von <strong>Protein</strong>en, Nuk-<br />
leinsäuren und kleinen Molekülen. Mit Hilfe des Programms können qualitativ hochwer-<br />
tige Bil<strong>der</strong> für Lehre und Publikationen erzeugt werden. Das Programm liest Molekül -<br />
Koordinatendateien ein und zeigt diese interaktiv auf dem Bildschirm an. Das geladene<br />
Molekül kann in unterschiedlichen Darstellungsformen angezeigt werden, u.a. Draht-<br />
modelle, „Ball and Stick“ sowie abstrakte Modelle. Unterschiedliche Bereiche des Mole-<br />
küls können sowohl in unterschiedlicher Darstellungsform als auch unterschiedlichen<br />
Farben präsentiert werden; ferner kann das erzeugte Molekül frei gedreht und vergrößert<br />
bzw. verkleinert werden [109].<br />
2.9.1.2 SeqVu<br />
SeqVu ist eine Computerapplikation, mit dessen Hilfe multiple Sequenzalignments<br />
schnell und einfach manipuliert werden können. Mit Hilfe dieses Programms können<br />
homologe Bereiche leicht gekennzeichnet werden, und <strong>der</strong> Einsatz von Farben erlaubt<br />
es, Eigenschaften von Aminosäuren hervorzuheben [110].<br />
2.9.1.3 VMD 1.3<br />
VMD ist ein Molekül – Graphik – und Visualisierungsprogramm, dass für die interaktive<br />
Anzeige von molekularen System, in speziellen von Biopolymeren wie <strong>Protein</strong>e, Nuklein-<br />
säuren etc. entwickelt wurde. VMD verfolgt mit seinem Ansatz folgende Ziele: generelle<br />
Moleküldarstellung, Visualisierung von dynamischen Moleküldaten sowie die Darstel-<br />
lung und Kontrolle von „Molecular Dynamics“ S<strong>im</strong>ulationen. Zudem ist das Programm in<br />
<strong>der</strong> objektorientierten Sprache C++ geschrieben worden, so dass es leicht um zusätzli-<br />
che Module erweitert werden kann [111].<br />
2.9.1.4 MolScript v2.1<br />
Mit Hilfe des Programms MolScript lassen sich ausgehend von 3D - Koordinatenfiles