Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

Material und Methoden Seite 61
Die Programme werden hier nur kurz besprochen, die genauere Darstellung der Algo-
rithmen erfolgt an geeigneter Stelle im Diskussionsteil.
2.9.1 Visualisierungs- und Sequenzprogramme
2.9.1.1 RASMOL
RASMOL ist ein Molekül - Graphikprogramm für die Visualisierung von Proteinen, Nuk-
leinsäuren und kleinen Molekülen. Mit Hilfe des Programms können qualitativ hochwer-
tige Bilder für Lehre und Publikationen erzeugt werden. Das Programm liest Molekül -
Koordinatendateien ein und zeigt diese interaktiv auf dem Bildschirm an. Das geladene
Molekül kann in unterschiedlichen Darstellungsformen angezeigt werden, u.a. Draht-
modelle, „Ball and Stick“ sowie abstrakte Modelle. Unterschiedliche Bereiche des Mole-
küls können sowohl in unterschiedlicher Darstellungsform als auch unterschiedlichen
Farben präsentiert werden; ferner kann das erzeugte Molekül frei gedreht und vergrößert
bzw. verkleinert werden [109].
2.9.1.2 SeqVu
SeqVu ist eine Computerapplikation, mit dessen Hilfe multiple Sequenzalignments
schnell und einfach manipuliert werden können. Mit Hilfe dieses Programms können
homologe Bereiche leicht gekennzeichnet werden, und der Einsatz von Farben erlaubt
es, Eigenschaften von Aminosäuren hervorzuheben [110].
2.9.1.3 VMD 1.3
VMD ist ein Molekül – Graphik – und Visualisierungsprogramm, dass für die interaktive
Anzeige von molekularen System, in speziellen von Biopolymeren wie Proteine, Nuklein-
säuren etc. entwickelt wurde. VMD verfolgt mit seinem Ansatz folgende Ziele: generelle
Moleküldarstellung, Visualisierung von dynamischen Moleküldaten sowie die Darstel-
lung und Kontrolle von „Molecular Dynamics“ Simulationen. Zudem ist das Programm in
der objektorientierten Sprache C++ geschrieben worden, so dass es leicht um zusätzli-
che Module erweitert werden kann [111].
2.9.1.4 MolScript v2.1
Mit Hilfe des Programms MolScript lassen sich ausgehend von 3D - Koordinatenfiles