Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung
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Diskussion Seite 158<br />
vermittelt werden [137]. Solche vermittelten Kontakte sind jedoch nur in dieser Struktur<br />
berücksichtigt. Dies kann mit <strong>der</strong> hohen Auflösung dieser Struktur zusammenhängen.<br />
4.4.3 Analyse des RT1-B l –OVA323-335 Komplexes und hypothetischer<br />
Wirkmechanismus von DM<br />
Das OVA323-335 – Peptid ist in mehreren Studien als RT1.B l High-Bin<strong>der</strong> beschrieben<br />
worden [152,153]. Bei den untersuchten Peptid – RT1.B l – Komplexen bildet das OVA –<br />
Peptid die meisten Wasserstoffbrücken – Bindungen aus. So werden vier Wasserstoff-<br />
brücken mehr ausgebildet als be<strong>im</strong> ebenfalls als High-Bin<strong>der</strong> beschriebenen CLIP – Pep-<br />
tid. Während CLIP jedoch in Gegenwart von DM gegen an<strong>der</strong>e Peptide ausgetauscht<br />
wird, ist die hohe Anzahl an Wasserstoffbrücken – Bindungen als Kriterium sowohl für<br />
hohe Bindungsaffinität als auch DM – Resistenz zu deuten. Als einziges untersuchtes<br />
Peptid bildet das OVA - Peptid mit je<strong>der</strong> Aminosäure Wasserstoffbrückenbindungen mit<br />
dem RT1.B l – Molekül aus. In einer neueren Studie wurde vor allem die Ausbildung ei-<br />
ner Wasserstoffbrücken - Bindung zwischen HIS β81 und gebundenem Peptid als kri-<br />
tisch für die Ausbildung von stabilen MHC Klasse II – Peptid Komplexen festgestellt<br />
[201]. Alle untersuchten Peptid – RT1.B l – Komplexe bilden diese Wasserstoffbrücken –<br />
Bindung aus. Die beson<strong>der</strong>e Stabilität von OVA - und CLIP – RT1.B l - Komplexen ist<br />
möglicherweise auf das Ausbilden von Wasserstoffbrücken zu fast allen Aminosäuren<br />
zurückzuführen.<br />
Die Studien an verschiedenen RT1.B l – Peptid Komplexen zeigen eine möglichen Mecha-<br />
nismus für das Peptid – Editing durch DM – Katalyse auf. Da einzig be<strong>im</strong> OVA323-335 –<br />
Peptid alle Aminosäuren Wasserstoffbrücken - Bindungen mit RT1.B l eingehen, ist ein<br />
DM – Wirkmechanismus anzunehmen, <strong>der</strong> diese Bindungen aufspaltet. Zudem deuten<br />
die Ergebnisse und weitere Studien [201] auf einen kooperativen Mechanismus <strong>der</strong> Pep-<br />
tid – Dissoziation hin. Ein ähnlicher kooperativer Mechanismus steuert die Sauerstoff-<br />
bindung be<strong>im</strong> Hämoglobin – Molekül [202]. Hier wirkt die Kooperativität jedoch auf <strong>der</strong><br />
Ebene <strong>der</strong> Wasserstoffbrücken – Bindungen. Sind von einer Aminosäure des Peptides<br />
die Wasserstoffbrücken zur Peptidbindungsgrube bereits gebrochen o<strong>der</strong> nicht vorhan-<br />
den, so können hierdurch an<strong>der</strong>e intermolekulare Interaktionen destabilisiert werden.<br />
Dies würde beson<strong>der</strong>s Peptide mit weniger guten Bindungsenergien beeinflussen. In<br />
früheren Studien wurde gezeigt, dass High-Bin<strong>der</strong> relativ resistent gegenüber DM sind<br />
[203]. Die DM – Funktion könnte darin liegen, eine o<strong>der</strong> mehrere Wasserstoffbrücken –