Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung
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Ergebnisse Seite 122<br />
Als Peptide für das Modelling wurde das in <strong>der</strong> Bindungsgrube von MHC Klasse II - Mo-<br />
lekülen bindende Peptid <strong>der</strong> invarianten Kette CLIP88-100 und eine Mutante, CLIPm aus-<br />
gewählt. Das CLIPm hat einen Austausch von MET98 gegen TYR98 und bindet etwa<br />
100fach schwächer an das RT1.B – Molekül als CLIP [152]. Der CLIP – MHC Klasse II<br />
Komplex stellt ein wichtiges Zwischenstadium in <strong>der</strong> Reifung <strong>der</strong> MHC Klasse II – Mole-<br />
küle dar. Das Ratten – CLIP zeigt deutliche strukturelle Unterschiede zum humanen<br />
CLIP, was zum Teil auf Sequenzunterschiede zurückzuführen ist(Abb. 37 A). Die Mini-<br />
mierung zeigt deutlich, dass es kaum Än<strong>der</strong>ungen an <strong>der</strong> Backbone – Konformation gibt.<br />
Die meisten strukturellen Unterschiede zeigen sich in <strong>der</strong> Anordnung <strong>der</strong> Seitenketten –<br />
Atome. Die CLIP – Mutante zeigt deutliche Konformationsunterschiede nach <strong>der</strong> Ener-<br />
giemin<strong>im</strong>ierung (Abb. 37 B). Dies ist beson<strong>der</strong>s <strong>im</strong> Bereich des TYR98 sichtbar, wo sich<br />
das Cα deutlich verschiebt.<br />
Als weiteres Peptid für das Modelling wurde das HEL50-62 – Peptid ausgewählt, um Ver-<br />
gleiche mit <strong>der</strong> Referenzstruktur I-A k – HEL50-62 aufstellen zu können. Das HEL50-62 –<br />
Peptid zeigt nach Energiemin<strong>im</strong>ierung <strong>im</strong> Bereich <strong>der</strong> Aminosäuren 50 – 54 deutliche<br />
Konformationsän<strong>der</strong>ungen gegenüber <strong>der</strong> Röntgenstruktur und dem nicht min<strong>im</strong>ierten<br />
Peptid (Abb. 37 C). Beson<strong>der</strong>s die aromatische Gruppe des Tyrosins zeigt eine deutliche<br />
Drehung um 90°. Im hinteren Bereich des Peptides sind nur geringe Konformationsän-<br />
<strong>der</strong>ungen zu beobachten.<br />
Das OVA323-335 – Peptid wurde ausgewählt, das es als hochaffiner RT1.B l –Bin<strong>der</strong>be-<br />
schrieben wurde [152]. Auch hier sind nach <strong>der</strong> Energiemin<strong>im</strong>ierung deutliche Konfor-<br />
mationsän<strong>der</strong>ungen <strong>im</strong> N- terminalen Bereich des Peptides zu beobachten. Gegenüber<br />
dem HEL – Peptid gehen diese Än<strong>der</strong>ungen jedoch bis in den mittleren Bereich. Hier<br />
zeigt die Seitengruppe des HIS328 und HIS331 die größten Konformationsän<strong>der</strong>ungen.<br />
Mit Ausnahme <strong>der</strong> CLIP - Mutante zeigen alle Peptide nach <strong>der</strong> Energiemin<strong>im</strong>ierung <strong>im</strong><br />
Carboxy - terminalen Bereich die geringsten Konformationsverschiebungen. Beson<strong>der</strong>s<br />
auffällig ist die Verschiebung des SER96 aus <strong>der</strong> Bindungsgrube hinaus in Richtung des<br />
T- Zell – Rezeptors. Dies ist möglicherweise eine <strong>der</strong> Ursachen für das schlechte Bin-<br />
dungsverhalten <strong>der</strong> CLIP- Mutante.