Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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wurde das beste Modell ausgewählt und weiter untersucht. Die Abb. 31 zeigt den Ra-
machandran - Plot des RT1.B l -Modell.
Etwa 90% aller Aminosäuren liegen in energetisch begünstigten Bereichen, 9,4 % der
Aminosäuren haben Drehwinkel, die in den sogenannten erweiterten Bereichen liegen.
Nur 0,6 % der AS liegen in einer ungünstigen Konformation vor. Nach [120] liegt ein Pro-
tein in einer guten stereochemischen Konfiguration vor, wenn mindesten 90% der Ami-
Abb. 31 Ramachandran-Plot des RT1B l - Molekülmodells
Der Plot zeigt die ϕ-ψ Winkel aller Aminosäuren des RT1.B-Modells. Die gekennzeichneten AS haben
energetisch ungünstige Winkel. Die roten Bereiche geben die energetisch günstigsten Bereiche an.
A,B,L: favourisierte Bereiche; a,b,l,p: erweiterte Bereiche, ~a,~b,~l,~p: großzügig erlaubte Bereiche.
nosäuren ϕ-ψ- Drehwinkel in den erlaubten Bereichen haben. Weitere Überprüfungen
mit PROCHECK zeigten, dass das Molekülmodell über gute stereochemische und energe-
tische Eigenschaften verfügt.