Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung
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Ergebnisse Seite 111<br />
wurde das beste Modell ausgewählt und weiter untersucht. Die Abb. 31 zeigt den Ra-<br />
machandran - Plot des RT1.B l -Modell.<br />
Etwa 90% aller Aminosäuren liegen in energetisch begünstigten Bereichen, 9,4 % <strong>der</strong><br />
Aminosäuren haben Drehwinkel, die in den sogenannten erweiterten Bereichen liegen.<br />
Nur 0,6 % <strong>der</strong> AS liegen in einer ungünstigen Konformation vor. Nach [120] liegt ein Pro-<br />
tein in einer guten stereochemischen Konfiguration vor, wenn mindesten 90% <strong>der</strong> Ami-<br />
Abb. 31 Ramachandran-Plot des RT1B l - Molekülmodells<br />
Der Plot zeigt die ϕ-ψ Winkel aller Aminosäuren des RT1.B-Modells. Die gekennzeichneten AS haben<br />
energetisch ungünstige Winkel. Die roten Bereiche geben die energetisch günstigsten Bereiche an.<br />
A,B,L: favourisierte Bereiche; a,b,l,p: erweiterte Bereiche, ~a,~b,~l,~p: großzügig erlaubte Bereiche.<br />
nosäuren ϕ-ψ- Drehwinkel in den erlaubten Bereichen haben. Weitere Überprüfungen<br />
mit PROCHECK zeigten, dass das Molekülmodell über gute stereochemische und energe-<br />
tische Eigenschaften verfügt.