Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung
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Auch bei <strong>der</strong> β - Kette ist die Immunglobulindomäne stark konserviert. Die Bindungs-<br />
grube zeigt starken Polymorphismus, beson<strong>der</strong>s bei den Faltblättern. Die erste Helix ist<br />
dagegen stark konserviert. Auffällig sind zwei Deletionen bei H2-I-A- und RT1B-<br />
Molekülen. Diese Deletionen liegen in helicalen Bereichen. Beson<strong>der</strong>s auffällig ist <strong>der</strong><br />
Austausch <strong>der</strong> AS 61 von Tryptophan zu Phenylalanin. Das Tryptophan 61 zeigt in den<br />
aufgelösten Strukturen stets in die Bindungsgrube und geht mit <strong>der</strong> Imidazol - Gruppe<br />
eine Wasserstoffbrückenbindung mit <strong>der</strong> Peptid - Backbone ein. Die an<strong>der</strong>en polymor-<br />
phen Positionen sind homologe Austausche. Das Alignment <strong>der</strong> β - Ketten zeigt zudem<br />
deutlich die Unterschiede zwischen beiden Allelen sowie die hohe Homologie von RT1.B l<br />
und H2-I-A k.<br />
Beide Alignments zeigen, dass als Templates für das komparative Modelling des RT1.B-<br />
Komplexes nur die murinen H2 -I-A Komplexe in Frage kommen, da es gegenüber den<br />
HLA – DR und H2 –I-E Haplotypen Insertionen in <strong>der</strong> α - und Deletionen in <strong>der</strong> β - Kette<br />
gibt, die in <strong>der</strong> Bindungsgrube lokalisiert sind.<br />
3.2.2 Komparatives Modelling des RT1.B – Komplexes<br />
Ausgehend vom Alignment <strong>der</strong> Sequenzen von den Strukturen mit den PDB – Codes<br />
1IAO, 2IAD, 1IAK und <strong>der</strong> RT1.B l - Sequenz wurde mit dem Programm Modeller 4 ein<br />
komparatives Molecular Modelling durchgeführt. In einer ersten Phase wurden Modelle<br />
ohne Opt<strong>im</strong>ierungen errechnet, um die Qualität des Alignments zu überprüfen. Die Mo-<br />
delle wurden sowohl durch optische Visualisierungen mit RASMOL als auch mit PRO-<br />
CHECK überprüft. Während dieser Phase wurde das Alignment von Hand angepasst, da<br />
das Programm Modeller 4 beide Ketten <strong>der</strong> Moleküle nur als eine Sequenz mit einem<br />
Trennzeichen akzeptiert. Als beson<strong>der</strong>s problematisch erwiesen sich die N- und C - Ter-<br />
mini <strong>der</strong> Sequenzen, da es hier die größten Unterschiede in den Sequenzlängen gibt. Es<br />
zeigte sich, dass die Qualität des Molekülmodells entscheidend vom Sequenzalignment<br />
abhängt. Beson<strong>der</strong>s empfindlich reagiert <strong>der</strong> Algorithmus von Modeller 4 auf Insertionen<br />
bzw. Deletionen. Dies wurde deutlich, als die Struktur 1DLH (HLA-DR) zusätzlich zum<br />
Alignment aufgenommen wurde. Ebenso zeigte sich, dass die errechneten Moleküle eine<br />
Verbesserung in <strong>der</strong> Strukturgeometrie aufwiesen, wenn drei Templates ausgewählt<br />
wurden. Nachteilig war jedoch, dass die Rechenzeit mit jedem zusätzlichen Template ex-<br />
ponentiell anstieg. Nach <strong>der</strong> initialen Phase wurden mehrere Modelle mit voller Opt<strong>im</strong>ie-<br />
rung gerechnet. Nach Vergleich <strong>der</strong> stereochemischen Eigenschaften mit PROCHECK