Dokument 1.pdf - OPUS - Friedrich-Alexander-Universität Erlangen ...
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I. 2. Ergebnisse<br />
Tab. 1: Sequenzidentität unterschiedlicher nanos Zink-Finger<br />
44<br />
vs.<br />
Schistocerca<br />
NOS<br />
Nasonia NOS Tribolium NOS<br />
Drosophila NOS 48 % 57 % 46 %<br />
Tribolium NOS 42 % 44%<br />
Nasonia NOS 60 %<br />
Gezeigt ist der Anteil identischer Aminosäuren der Zink-Finger-Domänen je<br />
zweier NANOS-Proteine im Vergleich.<br />
2.1.2. Tribolium pumilio<br />
Auch ein pumilio-Ortholog konnte eindeutig im Tribolium-Genom identifiziert wer-<br />
den (TC005073). Dieses Gen liegt in einem Bereich, der während der bioinformati-<br />
schen Aufbereitung der Sequenzdaten des Genomsequenzierungsprojekts nicht<br />
eindeutig einer Komplementationsgruppe zugeordnet werden konnte. Allerdings liegt<br />
das gesamte Gen innerhalb eines so genannten Contigs, wird also nicht durch Lü-<br />
cken in der Genomsequenz unterbrochen. Sowohl die automatische Annotierung des<br />
NCBI als auch die des HGSC postulieren Genmodelle für pumilio, welche sich aller-<br />
dings hinsichtlich der 5’ liegenden Exons und des Translationsstarts unterscheiden.<br />
Die von NCBI vorhergesagte kodierende Region beginnt innerhalb des fünften<br />
GLEAN-Introns mit einem ATG 33 bp 5’ des sechsten GLEAN-Exons. Das GLEAN<br />
Modell (GLEAN_05073) ist somit um 5 Exons, genauer gesagt 1026 bp bzw. 342 AS,<br />
länger als die NCBI Annotation (XP_967865) und wird durch Sequenzvergleiche mit<br />
PUMILIO-Proteinen anderer Spezies etwas besser unterstützt (nicht gezeigt). Für<br />
diese Arbeit sind die Diskrepanzen aber unerheblich, da für sämtliche Experimente<br />
ein Gen-Fragment verwendet wurde, das für den bestkonservierten Bereich des<br />
Proteins, die von den Unterschieden unberührte Puf-Domäne, kodiert (Gabbrielli,<br />
1957; Zamore et al., 1997; Edwards et al., 2001; Wang et al., 2001). Die 887 bp<br />
dieses Fragments liegen innerhalb der Exons 11 bis 14. Das GLEAN Modell postu-<br />
liert für das pumilio-Gen 14 kodierende Exons, die in ein Protein mit einem Moleku-<br />
largewicht von angenommenen 120,9 kDa translatiert werden. Die hoch konservierte<br />
Puf-Domäne besteht aus acht sich wiederholenden Einheiten und liegt am C-<br />
terminus zwischen His764 und Lys1047. Die Aminosäureidentität zwischen Tribolium<br />
und Drosophila in diesem Bereich liegt bei 87%, und auch die Ähnlichkeit zu Ortho-<br />
logen phylogenetisch weiter entfernterer Spezies ist sehr hoch (Abb. 6 B). Die Puf-