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2. Ergebnisse
I. 2. Ergebnisse
2.1. Im Tribolium-Genom konnten eindeutige Orthologe zu nanos
und pumilio identifiziert werden
Die Identifizierung und molekularbiologische Bearbeitung von Kandidatengenen
in Tribolium hat sich durch die Sequenzierung des Genoms (Tribolium Genome
Sequencing Consortium, 2008) extrem vereinfacht. Während in nicht sequenzierten
Arten die putative Sequenz des jeweiligen Gens aus bekannten homologen Sequen-
zen deduziert werden muss und mit Hilfe eines möglichst breit angelegten Primer-
gemischs ein Fragment durch PCR amplifiziert wird, erlaubt ein sequenziertes Ge-
nom die „in silico“ Identifizierung der Sequenzen über Homologiesuchen (tBLASTx;
(Altschul et al., 1997) gefolgt von der Verwendung von genspezifischen Primern in
der PCR. Auf diese Art und Weise konnten auch die Tribolium-Orthologe der Dro-
sophila Gene nanos und pumilio identifiziert und „kloniert“ werden (s. 4.1).
2.1.1. Tribolium nanos
Das Tribolium-nanos-Gen (TC030446) liegt auf der zweiten Komplementati-
onsgruppe. Es wurde im Rahmen der automatischen Annotation des NCBI (National
Center for Biotechnology Information, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) nicht erfasst, die
Integration mehrerer Genvorhersageprogramme am HGSC (Human Genome Se-
quencing Center, http://www.hgsc.bcm.tmc.edu/) des Baylor College of Medicine zu
so genannten GLEAN Genmodellen hingegen erlaubte die automatische Annotierung
des größten Teils der nanos kodierenden Sequenz. Die Vorhersage dieses Genmo-
dells (GLEAN_01298) erkannte allerdings ein im richtigen Leserahmen liegendes
Intron nicht, wodurch 5’ der für nanos kodierenden Sequenz mehrere hundert Ba-
senpaaren (bp) fälschlicherweise als sinntragend annotiert wurden. Durch Rapid
Amplification of cDNA Ends (RACE) Experimente im Rahmen meiner Diplomarbeit
(Schmitt, 2005) konnte aber gezeigt werden, dass in vivo jenes kleine Intron (49 bp)
gespleißt wird. Erst dieser Vorgang bringt die Nukleotide des Startcodons (ATG) in
direkte Folge, während der fälschlich annotierte 5’ Bereich nun nicht mehr in einem
durchgängigen Leserahmen mit der kodierenden Sequenz liegt. Die Exongrenze liegt
also genau im nanos Startcodon (A - TG). Diese Besonderheit erschwerte, bzw.
verhinderte die korrekte automatische Annotierung. 3’ der kodierenden Sequenz
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