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1.4. Potentielle Nanos-Response-Elemente
Abb. 40: Sequenzvergleich veröffentlichter und potentieller NRE
Anhang
cDNA-Sequenzen aus den 3’-UTR-Bereichen (gt, Kr, tll, fkh) oder den putativen 3’-UTR-
Bereichen (kni, cic) einiger Tribolium Gene wurden mit bekannten NRE verglichen. Fett
gedruckt sind zwischen den bereits veröffentlichten NRE konservierte Nukleotide. Farbig
hervorgehoben sind Nukleotide die als wesentlich für die Bindung in vitro oder die Funktion
in vivo beschrieben wurden. grün: wichtig für Funktion (Curtis et al., 1997), türkis: wichtig für
PUM-Bindung, rot: wichtig für Funktion (Sonoda und Wharton, 1999), orange: wichtig für
NOS-Bindung (Sonoda und Wharton, 1999), blau: wichtig für PUM-Bindung (Murata und
Wharton, 1995). In violett sind die Nukleotide hervorgehoben (nur beispielhaft in der Musca-
Sequenz), die in einem Screen nach PUM-bindenden RNAs als Konsensus-Sequenz identifiziert
wurden (Gerber et al., 2006). Diese Sequenz stellt die von Puf-Proteinen gebundene
„Core“-Sequenz dar, wie sie in Kristallisationsexperimenten mit einem menschlichen PUM-
Homolog bestimmt (Wang et al., 2002) und im wesentlichen für ein C. elegans-Protein
bestätigt wurden.
1 : (Wharton und Struhl, 1991) 2 : (Patel et al., 2001) 3 : (Wolff et al., 1995) 4 : (Schröder, 2003);
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