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276 Paul van der Vet, Eelco Mossel grammar for writing, however, needs explicit instructions that rule out syntactic indeterminacy. Semantic bindings, by contrast, can be reused to some extent. To be fit for reading and writing, the particular rule in the semantic bindings has to be bijective. In that case, the rule has to be specified in the semantic bindings for reading only. 3.5 File format specification files: reading The grammar for reading follows the rules for BNF (Backus-Naur Form) grammars. A rule that describes any CT file in its entirety is: ct-file -> ct-first-line ct-numbers-line ct-atom-lines ct-bond-lines where the prefix ct is inserted to remind the human reader of the particular format we are describing. The four symbols at the right-hand side have to be defined elsewhere in the grammar such that ultimately we arrive at the level of strings. C2M has a number of built-in character and string classes, for example the character classes letter, digit, and end-of-line; and the string classes word (only letters), spaces (any sequence of space characters), string (any sequence of non-space characters), line (any sequence of characters except end-of-line), integer, and float. Using these, we may write for example: ct-first-line -> line end-of-line ct-atom-line -> spaces ct-coord-x spaces ct-coord-y spaces ct-coord-z spaces ct-chem-symbol end-of-line ct-coord-x -> float [etc.] The symbol ct-atom-lines stands for the series of consecutive lines with information on the atoms that constitute the molecule. Because the number of those lines is mentioned in the second line of the CT file, we could write a grammar rule that makes use of this information. This would be laborious, however; it is easier to write: ct-atom-lines -> ct-atom-line+ where the BNF-operator + signals one or more occurrences. A rule of this kind always explicitly records the position information so that, in this case, we can identify the nth occurrence of ct-atom-line in the list ct-atom-lines. At this point, the substrings of a CT file and groupings of those substrings have been named. We can rely on the parser to build a parse tree as it analyses the source file from which we can extract groupings and substrings by name. We now have to tell C2M which meaningful strings are used to instantiate primitive concepts of the ontology and how to translate them in order to comply with the
The C 2 M project: a wrapper generator for chemistry and biology 277 requirements of the native representation. This has to be done at two levels. First, we have to specify correspondences between groupings, for example: atom-list =^ ct-atom-lines Next, we have to specify conversions, if any. This is done by means of instantiation rules. We decide we want to store the strings as they are, for example: chemical-symbol
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