AIRBUs at DTU - Danmarks Tekniske Universitet
AIRBUs at DTU - Danmarks Tekniske Universitet
AIRBUs at DTU - Danmarks Tekniske Universitet
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
Forskningen er et led i et stort EU-projekt,<br />
kaldet BaSysBio (Bacillus SystemBiologi), der<br />
har til formål <strong>at</strong> finde nye metoder til <strong>at</strong> bekæmpe<br />
uønskede bakterier.<br />
Chip-on-chip<br />
Chip’en, der skal udvikles på <strong>DTU</strong>, vil blive<br />
anvendt til forskellige typer forsøg, hvorfra<br />
en bred vifte af inform<strong>at</strong>ion vil udspringe,<br />
forklarer lektor Hanne Jarmer på Center for<br />
Biologisk Sekvensanalyse<br />
„Først og fremmest vil chippen blive designet<br />
uden nogen form for forudindtagelse,<br />
det vil sige uden brug af anden inform<strong>at</strong>ion<br />
end selve DNA-sekvensen. Herved vil det<br />
være muligt <strong>at</strong> bestemme den fysiske placering<br />
og organisering af både kendte og endnu<br />
ukendte gener,“ siger Hanne Jarmer.<br />
Chippen vil også blive benyttet til <strong>at</strong> måle,<br />
i hvor stor udstrækning hvert enkelt gen<br />
udtrykkes under en lang række forskellige<br />
vækstbetingelser. Endelig vil chippen også<br />
indgå i det sidste trin i en såkaldt Chrom<strong>at</strong>in<br />
ImmunoPrecipit<strong>at</strong>ion-on-chip (ChIPon-chip)<br />
procedure, hvorved de områder i<br />
DNA-sekvensen, som binder proteiner, der<br />
medvirker til reguleringen af gener, vil kunne<br />
findes.<br />
<strong>DTU</strong>-forskerne vil –ud over chip’en - bidrage<br />
til den bioinform<strong>at</strong>iske analyse af de<br />
store mængder af d<strong>at</strong>a, som vil udspringe af<br />
BaSysBio-projektet, hvorfra nye opdagelser<br />
med potentiel stor betydning inden for om-<br />
SCIeNCe Show NeTvæRK Peter hoFFMann<br />
„Næste år skal vi mødes i Bonn,“ fortæller<br />
Louise Haaning med et stort<br />
smil. Sammen med Line Brøgger har<br />
hun lige været på et fem-dages kursus i<br />
den hollandske universitetsby Leiden.<br />
Opholdet handlede ikke rigtig om<br />
Fysik og Nanoteknologi, som pigerne<br />
læser til hverdag på <strong>DTU</strong>. I stedet skiftedes<br />
de 40 deltagere til <strong>at</strong> vise hinanden,<br />
hvordan man laver et Science-<br />
Show, der både underholder og vækker<br />
tilskuernes interesse for teknik og n<strong>at</strong>urvidenskab.<br />
Kurset var arrangeret af EuroPhy-<br />
sicsFun og foregik fra den 26. til den<br />
30. marts. Deltagerne, der kom fra ti<br />
forskellige lande, brugte formiddagen<br />
på <strong>at</strong> fortælle hinanden om deres<br />
shows. Om eftermiddagen gik skulle<br />
science folkene gå mere praktisk til<br />
værks og selv prøve <strong>at</strong> udføre de eksperimenter,<br />
som de andre havde med<br />
hjemmefra.<br />
SySteMBIologI er et ungt og særdeles lovende videnskabeligt felt, idet det<br />
integrerer alle kundskaber og teknologier, som har mulighed for <strong>at</strong> bidrage til en<br />
større forståelse af biologiske systemer. Denne fremgangsmåde, som er baseret<br />
på omf<strong>at</strong>tende multi-disciplinær formåen, er meget krævende både med hensyn til<br />
fysiske input og finansielle udgifter. BaSysBio er et af de første forskningsiniti<strong>at</strong>iver,<br />
der har potentiale til <strong>at</strong> konkurrere med amerikanske projekter inden for området.<br />
råder som medicin, miljø og produktion vil<br />
kunne ekstraheres.<br />
BaSysBio-projektet vil benytte bakterien<br />
Bacillus subtilis, som modelorganisme til <strong>at</strong><br />
opnå indsigt i den overordnede struktur af<br />
de netværk, som regulerer den bakterielle<br />
metabolisme. Ved <strong>at</strong> samle de bedste forskerhold<br />
i Europa med speciale i hver deres felt<br />
– fra molekylærbiologi til bioinform<strong>at</strong>ik – vil<br />
teknologier designet til kvantit<strong>at</strong>ive målinger<br />
af biologiske processer i stor skala tilpasses<br />
og benyttes i projektet for <strong>at</strong> tilvejebringe<br />
d<strong>at</strong>a.<br />
„Disse d<strong>at</strong>a vil kunne anvendes til fremstilling<br />
af avancerede m<strong>at</strong>em<strong>at</strong>iske modeller,<br />
som herefter vil kunne oversætte de enorme<br />
mængder inform<strong>at</strong>ion til noget, som ikke<br />
bare giver mening biologisk set, men som vil<br />
være interessante og give helt nye opdagelser,“<br />
siger Hanne Jarmer.<br />
Projektet vil føre til en bredere forståelse<br />
af p<strong>at</strong>ogenese, altså bestemmelse af de nøgleprocesser,<br />
som gør bakterien „infektionskampklar“<br />
og herved identificere egnede mål<br />
Nu kan vi spørge hinanden til råds og fortælle<br />
hinanden, når vi finder på nye eksperimenter, så på den<br />
måde kan vi måske alle sammen lave nogle bedre shows.“<br />
loUISe haanIng, DtU ScIenceShow<br />
„Det var sjovt <strong>at</strong> se, hvordan de andre<br />
laver deres show,“ siger Louise Haaning.<br />
Line Brøgger fortsætter:<br />
„Ja, nogen laver kun et show om året,<br />
men det er så til gengæld kæmpestort<br />
med laserlys og alt mulig. Og så var der<br />
et par fra Brasilien, som laver to shows<br />
for børn om dagen. De havde selv bygget<br />
deres forsøg af genbrugsm<strong>at</strong>erialer,<br />
fordi de ikke har så mange penge til <strong>at</strong><br />
købe udstyr for,“ siger hun.<br />
Testet i felten<br />
Turen handlede ikke kun om <strong>at</strong> vise sine<br />
eksperimenter til andre studerende.<br />
På den sidste dag tog alle shows deres<br />
eksperimenter med ind til Leiden, hvor<br />
der stod en række boder og ventede.<br />
„Så skulle vi lave ScienceShow for<br />
borgerne i Leiden. Det var sjovt, for vi<br />
kunne virkelig se, hvordan publikum<br />
for nye lægemidler mod infektioner. Denne<br />
nye type lægemidler er medicin, som ikke<br />
direkte dræber bakterien, men som i stedet<br />
nedsætter dennes evne til <strong>at</strong> vokse i det inficerede<br />
væv, således <strong>at</strong> p<strong>at</strong>ientens eget immunforsvar<br />
får bedre mulighed for <strong>at</strong> besejre<br />
infektionen.<br />
miltbrand og stafylokokker<br />
Det er en almen opf<strong>at</strong>telse, <strong>at</strong> omf<strong>at</strong>tende<br />
brug af denne type medicin vil minimere<br />
fremkomsten af resistente sygdomsfremkaldende<br />
bakterier, hvorfor disse også ofte betegnes<br />
som „fremtidens lægemidler“.<br />
„Metoderne og opdagelserne vil mere eller<br />
mindre direkte blive overført til to sygdomsfremkaldende<br />
organismer, som begge<br />
er nærtbeslægtede med Bacillus subtilis. Det<br />
drejer sig om Bacillus anthraxis, som er kendt<br />
for <strong>at</strong> forårsage miltbrand, og Staphylococcus<br />
aureus, der er hovedaktøren i de infektioner,<br />
som p<strong>at</strong>ienter typisk får i forbindelse med en<br />
hospitalsindlæggelse.<br />
Show og ballade<br />
Formidling der fænger, var målet, da to af DtU’s af Science<br />
Showere tog af sted på studietur til leiden i holland<br />
reagerede på de forskellige shows,“ fortæller<br />
Louise Haaning.<br />
ScienceShow netværk<br />
„Vi har da fået nogle ideer til eksperimenter,<br />
som vi bare skal have lavet,“ siger<br />
Line Brøgger.<br />
„Der var blandt andet et eksperiment,<br />
hvor en ventil<strong>at</strong>or blæser luft op gennem<br />
et stort rør. Så kunne man fange<br />
en badebold i luftstrømmen over røret,<br />
så den blev ved med <strong>at</strong> svæve over røret,“<br />
siger hun.<br />
Ud over gode ideer til nye shows fik<br />
de to også skabt kontakter til andre<br />
ScienceShows i Europa.<br />
„Nu kan vi spørge hinanden til råds<br />
og fortælle hinanden, når vi finder på<br />
nye eksperimenter, så på den måde,<br />
kan vi måske alle sammen lave nogle<br />
bedre shows,“ siger Louise Haaning fra<br />
<strong>DTU</strong> ScienceShow.<br />
Ved <strong>at</strong> oparbejde en bedre forståelse af de<br />
systemer, som tillader mikroorganismer <strong>at</strong><br />
tilpasse sig det miljø, de lever i, vil BaSysBio<br />
eksempelvis fremme udnyttelsen af mikroorganismers<br />
evne til <strong>at</strong> rense forurenede områder<br />
eller anvendelsen som erst<strong>at</strong>ning for<br />
skadelige kemiske processer,“ siger Hanne<br />
Jarmer.<br />
Med miljøvinklen på projektet ligger også<br />
et økonomisk aspekt, idet modelorganismen,<br />
Bacillus subtilis, allerede i stor udstrækning<br />
benyttes som produktionsorganisme i en<br />
lang række industrier lige fra lægemiddelproduktion<br />
til landbrug.<br />
en europæisk udfordring<br />
Projektet involverer 15 europæiske forskerhold<br />
og et enkelt australsk, og har til formål<br />
<strong>at</strong> udvikle systembiologiske teknikker, som<br />
vil gøre det muligt <strong>at</strong> undersøge gen-regulering<br />
i global skala for modelorganismen<br />
Jacques Remacle, som er leder af Genomics<br />
and Systems Biology i Europa-Kommissionen,<br />
offentliggjorde for nylig det fælleseuropæiske<br />
projekt, BaSysBio ved et møde på<br />
INRA Centre Jouy-en-josas i Frankrig. Den<br />
viden, som kommer ud af studierne af Bacillus<br />
subtilis, vil blive overført til p<strong>at</strong>hogene<br />
bakterier, hvorved vejen er banet for nye vigtige<br />
opdagelser med mulig anvendelse inden<br />
for sundhed og miljø. Den Europæiske Union<br />
bidrager med 12 millioner euro til dette<br />
projekt over en 4-årig periode.<br />
Louise Haaning og Line Brøgger står på en magnet, der svæver et<br />
par centimeter over den supernedkølede superleder.<br />
FoTo K<strong>at</strong>arIna SUSMan