07.01.2013 Views

AIRBUs at DTU - Danmarks Tekniske Universitet

AIRBUs at DTU - Danmarks Tekniske Universitet

AIRBUs at DTU - Danmarks Tekniske Universitet

SHOW MORE
SHOW LESS

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.

Forskningen er et led i et stort EU-projekt,<br />

kaldet BaSysBio (Bacillus SystemBiologi), der<br />

har til formål <strong>at</strong> finde nye metoder til <strong>at</strong> bekæmpe<br />

uønskede bakterier.<br />

Chip-on-chip<br />

Chip’en, der skal udvikles på <strong>DTU</strong>, vil blive<br />

anvendt til forskellige typer forsøg, hvorfra<br />

en bred vifte af inform<strong>at</strong>ion vil udspringe,<br />

forklarer lektor Hanne Jarmer på Center for<br />

Biologisk Sekvensanalyse<br />

„Først og fremmest vil chippen blive designet<br />

uden nogen form for forudindtagelse,<br />

det vil sige uden brug af anden inform<strong>at</strong>ion<br />

end selve DNA-sekvensen. Herved vil det<br />

være muligt <strong>at</strong> bestemme den fysiske placering<br />

og organisering af både kendte og endnu<br />

ukendte gener,“ siger Hanne Jarmer.<br />

Chippen vil også blive benyttet til <strong>at</strong> måle,<br />

i hvor stor udstrækning hvert enkelt gen<br />

udtrykkes under en lang række forskellige<br />

vækstbetingelser. Endelig vil chippen også<br />

indgå i det sidste trin i en såkaldt Chrom<strong>at</strong>in<br />

ImmunoPrecipit<strong>at</strong>ion-on-chip (ChIPon-chip)<br />

procedure, hvorved de områder i<br />

DNA-sekvensen, som binder proteiner, der<br />

medvirker til reguleringen af gener, vil kunne<br />

findes.<br />

<strong>DTU</strong>-forskerne vil –ud over chip’en - bidrage<br />

til den bioinform<strong>at</strong>iske analyse af de<br />

store mængder af d<strong>at</strong>a, som vil udspringe af<br />

BaSysBio-projektet, hvorfra nye opdagelser<br />

med potentiel stor betydning inden for om-<br />

SCIeNCe Show NeTvæRK Peter hoFFMann<br />

„Næste år skal vi mødes i Bonn,“ fortæller<br />

Louise Haaning med et stort<br />

smil. Sammen med Line Brøgger har<br />

hun lige været på et fem-dages kursus i<br />

den hollandske universitetsby Leiden.<br />

Opholdet handlede ikke rigtig om<br />

Fysik og Nanoteknologi, som pigerne<br />

læser til hverdag på <strong>DTU</strong>. I stedet skiftedes<br />

de 40 deltagere til <strong>at</strong> vise hinanden,<br />

hvordan man laver et Science-<br />

Show, der både underholder og vækker<br />

tilskuernes interesse for teknik og n<strong>at</strong>urvidenskab.<br />

Kurset var arrangeret af EuroPhy-<br />

sicsFun og foregik fra den 26. til den<br />

30. marts. Deltagerne, der kom fra ti<br />

forskellige lande, brugte formiddagen<br />

på <strong>at</strong> fortælle hinanden om deres<br />

shows. Om eftermiddagen gik skulle<br />

science folkene gå mere praktisk til<br />

værks og selv prøve <strong>at</strong> udføre de eksperimenter,<br />

som de andre havde med<br />

hjemmefra.<br />

SySteMBIologI er et ungt og særdeles lovende videnskabeligt felt, idet det<br />

integrerer alle kundskaber og teknologier, som har mulighed for <strong>at</strong> bidrage til en<br />

større forståelse af biologiske systemer. Denne fremgangsmåde, som er baseret<br />

på omf<strong>at</strong>tende multi-disciplinær formåen, er meget krævende både med hensyn til<br />

fysiske input og finansielle udgifter. BaSysBio er et af de første forskningsiniti<strong>at</strong>iver,<br />

der har potentiale til <strong>at</strong> konkurrere med amerikanske projekter inden for området.<br />

råder som medicin, miljø og produktion vil<br />

kunne ekstraheres.<br />

BaSysBio-projektet vil benytte bakterien<br />

Bacillus subtilis, som modelorganisme til <strong>at</strong><br />

opnå indsigt i den overordnede struktur af<br />

de netværk, som regulerer den bakterielle<br />

metabolisme. Ved <strong>at</strong> samle de bedste forskerhold<br />

i Europa med speciale i hver deres felt<br />

– fra molekylærbiologi til bioinform<strong>at</strong>ik – vil<br />

teknologier designet til kvantit<strong>at</strong>ive målinger<br />

af biologiske processer i stor skala tilpasses<br />

og benyttes i projektet for <strong>at</strong> tilvejebringe<br />

d<strong>at</strong>a.<br />

„Disse d<strong>at</strong>a vil kunne anvendes til fremstilling<br />

af avancerede m<strong>at</strong>em<strong>at</strong>iske modeller,<br />

som herefter vil kunne oversætte de enorme<br />

mængder inform<strong>at</strong>ion til noget, som ikke<br />

bare giver mening biologisk set, men som vil<br />

være interessante og give helt nye opdagelser,“<br />

siger Hanne Jarmer.<br />

Projektet vil føre til en bredere forståelse<br />

af p<strong>at</strong>ogenese, altså bestemmelse af de nøgleprocesser,<br />

som gør bakterien „infektionskampklar“<br />

og herved identificere egnede mål<br />

Nu kan vi spørge hinanden til råds og fortælle<br />

hinanden, når vi finder på nye eksperimenter, så på den<br />

måde kan vi måske alle sammen lave nogle bedre shows.“<br />

loUISe haanIng, DtU ScIenceShow<br />

„Det var sjovt <strong>at</strong> se, hvordan de andre<br />

laver deres show,“ siger Louise Haaning.<br />

Line Brøgger fortsætter:<br />

„Ja, nogen laver kun et show om året,<br />

men det er så til gengæld kæmpestort<br />

med laserlys og alt mulig. Og så var der<br />

et par fra Brasilien, som laver to shows<br />

for børn om dagen. De havde selv bygget<br />

deres forsøg af genbrugsm<strong>at</strong>erialer,<br />

fordi de ikke har så mange penge til <strong>at</strong><br />

købe udstyr for,“ siger hun.<br />

Testet i felten<br />

Turen handlede ikke kun om <strong>at</strong> vise sine<br />

eksperimenter til andre studerende.<br />

På den sidste dag tog alle shows deres<br />

eksperimenter med ind til Leiden, hvor<br />

der stod en række boder og ventede.<br />

„Så skulle vi lave ScienceShow for<br />

borgerne i Leiden. Det var sjovt, for vi<br />

kunne virkelig se, hvordan publikum<br />

for nye lægemidler mod infektioner. Denne<br />

nye type lægemidler er medicin, som ikke<br />

direkte dræber bakterien, men som i stedet<br />

nedsætter dennes evne til <strong>at</strong> vokse i det inficerede<br />

væv, således <strong>at</strong> p<strong>at</strong>ientens eget immunforsvar<br />

får bedre mulighed for <strong>at</strong> besejre<br />

infektionen.<br />

miltbrand og stafylokokker<br />

Det er en almen opf<strong>at</strong>telse, <strong>at</strong> omf<strong>at</strong>tende<br />

brug af denne type medicin vil minimere<br />

fremkomsten af resistente sygdomsfremkaldende<br />

bakterier, hvorfor disse også ofte betegnes<br />

som „fremtidens lægemidler“.<br />

„Metoderne og opdagelserne vil mere eller<br />

mindre direkte blive overført til to sygdomsfremkaldende<br />

organismer, som begge<br />

er nærtbeslægtede med Bacillus subtilis. Det<br />

drejer sig om Bacillus anthraxis, som er kendt<br />

for <strong>at</strong> forårsage miltbrand, og Staphylococcus<br />

aureus, der er hovedaktøren i de infektioner,<br />

som p<strong>at</strong>ienter typisk får i forbindelse med en<br />

hospitalsindlæggelse.<br />

Show og ballade<br />

Formidling der fænger, var målet, da to af DtU’s af Science<br />

Showere tog af sted på studietur til leiden i holland<br />

reagerede på de forskellige shows,“ fortæller<br />

Louise Haaning.<br />

ScienceShow netværk<br />

„Vi har da fået nogle ideer til eksperimenter,<br />

som vi bare skal have lavet,“ siger<br />

Line Brøgger.<br />

„Der var blandt andet et eksperiment,<br />

hvor en ventil<strong>at</strong>or blæser luft op gennem<br />

et stort rør. Så kunne man fange<br />

en badebold i luftstrømmen over røret,<br />

så den blev ved med <strong>at</strong> svæve over røret,“<br />

siger hun.<br />

Ud over gode ideer til nye shows fik<br />

de to også skabt kontakter til andre<br />

ScienceShows i Europa.<br />

„Nu kan vi spørge hinanden til råds<br />

og fortælle hinanden, når vi finder på<br />

nye eksperimenter, så på den måde,<br />

kan vi måske alle sammen lave nogle<br />

bedre shows,“ siger Louise Haaning fra<br />

<strong>DTU</strong> ScienceShow.<br />

Ved <strong>at</strong> oparbejde en bedre forståelse af de<br />

systemer, som tillader mikroorganismer <strong>at</strong><br />

tilpasse sig det miljø, de lever i, vil BaSysBio<br />

eksempelvis fremme udnyttelsen af mikroorganismers<br />

evne til <strong>at</strong> rense forurenede områder<br />

eller anvendelsen som erst<strong>at</strong>ning for<br />

skadelige kemiske processer,“ siger Hanne<br />

Jarmer.<br />

Med miljøvinklen på projektet ligger også<br />

et økonomisk aspekt, idet modelorganismen,<br />

Bacillus subtilis, allerede i stor udstrækning<br />

benyttes som produktionsorganisme i en<br />

lang række industrier lige fra lægemiddelproduktion<br />

til landbrug.<br />

en europæisk udfordring<br />

Projektet involverer 15 europæiske forskerhold<br />

og et enkelt australsk, og har til formål<br />

<strong>at</strong> udvikle systembiologiske teknikker, som<br />

vil gøre det muligt <strong>at</strong> undersøge gen-regulering<br />

i global skala for modelorganismen<br />

Jacques Remacle, som er leder af Genomics<br />

and Systems Biology i Europa-Kommissionen,<br />

offentliggjorde for nylig det fælleseuropæiske<br />

projekt, BaSysBio ved et møde på<br />

INRA Centre Jouy-en-josas i Frankrig. Den<br />

viden, som kommer ud af studierne af Bacillus<br />

subtilis, vil blive overført til p<strong>at</strong>hogene<br />

bakterier, hvorved vejen er banet for nye vigtige<br />

opdagelser med mulig anvendelse inden<br />

for sundhed og miljø. Den Europæiske Union<br />

bidrager med 12 millioner euro til dette<br />

projekt over en 4-årig periode.<br />

Louise Haaning og Line Brøgger står på en magnet, der svæver et<br />

par centimeter over den supernedkølede superleder.<br />

FoTo K<strong>at</strong>arIna SUSMan

Hooray! Your file is uploaded and ready to be published.

Saved successfully!

Ooh no, something went wrong!