Undersøgelse af ikke lineære sammenhænge mellem codon ...

Baggrund
Codon Adaptation Index
Codon Adaptation Index(CAI)[1] bygger på ’Relative synonymous codon usage’(RSCU), der er en
værdi for hvor tit et codon optræder i forhold til de andre codons(hvis der er nogle), der koder for
den samme aminosyre. Sharp og Li beregner dette for 24 højtudtrykte gener i S. cerevisiae, og det
er blevet beregnet ud fra følgende formel:
RSCU
ij
=
1
n
X
ij
ni
∑ X ij
i j=
1
hvor Xij er antallet af gange det j. codon for den i. aminosyrer optræder i genet, og ni er antallet af
alternative codons(mellem 1 og 6).
RSCU benyttes til at lave en vægtning af codons, ’Relative Adaptiveness of a codon’(w) ud fra
følgende formel:
RSCU ij X
w ij = =
RSCU X
hvor RSCUimax og Ximax er RSCU og X-værdien for mest brugte codon for hver aminosyrer.
Dette vil give en værdi mellem 0 og 1, hvor 1 er det mest brugte codon for en aminosyre, for
organismen, og 0 gives til codons der ikke optræder.
Denne vægtning af codons er grundlaget for beregningen af CAI, hvor der for hvert gen beregnes en
værdi ud fra formlen:
imax
1
CAI = exp
L
L
∑
k = 1
ij
imax
ln( w )
hvor wk er w-værdien for det k. codon, og L er længden af genet.
Den resulterende CAI-værdi(mellem 0 og 1) kan bruges til at forudsige om et givet gen er
højtudtrykt. Jo højere CAI, jo mere sandsynligt er det, at genet er højt udtrykt.
k
4