Undersøgelse af ikke lineære sammenhænge mellem codon ...

Indledning
Protein kodes af RNA, der igen kodes af DNA. DNA sekvensen kan opdeles i codons, der hver
koder for en aminosyre. Der er 64 forskellige codons, hvoraf 3 er stopcodons, der ikke koder for en
aminosyre. De resterende 61 codons koder 20 forskellige aminosyre. Da der for nogle aminosyrer er
6 mulige codons, er det interessant at undersøge, om der er nogle codons der optræder hyppigere
end andre. Til at belyse dette benyttes Relative Synonymous Codon Usage(RSCU), der fortæller
hvor tit et codons optræder, i forhold til de andre der koder for den samme aminosyre. Der laves en
vægtning ud fra RSCU, Relative Adaptiveness of a Codon(w). Denne fortæller hvilket codon for en
aminosyre, en organisme bruger mest. Ud fra w kan Codon Adaptation Index(CAI) beregnes. CAI
giver en værdi mellem 0 og 1, der kan benyttes til at fortælle hvorvidt et givet gen er højtudtrykt
eller ej. Jo tættere CAI-værdien for genet er på 1, jo større er sandsynligheden for at genet er
højtudtrykt. For Saccharomyces cerevisiae er grundlaget for w skabt ud fra 24 højtudtrykte gener,
der er udvalgt af Sharp og Li. For at prøve at se, om det kan gøres bedre, når gener, og
ekspressionsværdier for disse, kendes, beregnes en ny CAI, baseret på de højtudtrykte gener. Der
ses ydermere på dicodons, et codon og det der kommer efter i DNA sekvensen. Herudfra beregnes
en CAI værdi, for at se om det har nogen betydning hvilke codons der sidder ved siden af hinanden,
og dermed om det har betydning for hvor hyppigt et gen udtrykkes.
Problemformulering
Der ønskes undersøgt, hvor god Li og Sharps CAI er for Saccharomyces cerevisiae. Dette valideres
ud fra de reelle ekspressionsværdier for hvert gen. Herefter ses der på om CAI kan forbedres, når
ekspression af hvert gen kendes. Til slut undersøges det, om det er muligt at lave en bedre CAI,
hvor der ses på dicodons.
3