Undersøgelse af ikke lineære sammenhænge mellem codon ...
Undersøgelse af ikke lineære sammenhænge mellem codon ...
Undersøgelse af ikke lineære sammenhænge mellem codon ...
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
Di<strong>codon</strong> CAI<br />
For at få et overblik over di<strong>codon</strong> CAI, er der lavet en oversigt:<br />
Oversigt over di<strong>codon</strong> CAI:<br />
Udtagne gener\ oversigt Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max<br />
24 højst udtrykte 0,2996 0,4693 0,4955 0,4924 0,5182 0,6797<br />
100 højst udtrykte 0,2672 0,4733 0,5049 0,5033 0,5343 0,7511<br />
250 højst udtrykte 0,2432 0,4898 0,5222 0,5194 0,5518 0,8039<br />
Alle gener 0,2429 0,5072 0,5389 0,5365 0,5679 0,8277<br />
I disse CAI-værdier er der større spredning end der var for optimal CAI, men spredningen er stadig<br />
<strong>ikke</strong> lige så god som Li og Sharps. Med en mean på omkring 0,5 vil der forudsiges mange<br />
højtudtrykte gener, hvor der i Li og Sharps kun forudsiges en lille mængde højtudtrykte gener.<br />
Det ses at Max. stiger løbende fra 24 udtagne gener til alle, og at Min. er faldende fra 24 udtagne<br />
gener til alle. Dette skyldes manglende værdier for di<strong>codon</strong>s. Grunden til dette er, der for 24<br />
udvalgte gener er et stort antal di<strong>codon</strong>s der <strong>ikke</strong> optræder, hvilket medfører en w-værdi for det<br />
di<strong>codon</strong> på 0. Dette vil resultere i lave CAI-værdier. For 100 udvalgte gener er der flere di<strong>codon</strong>s<br />
der optræder, og endnu flere for de 250 højst udtrykte gener. Når ”di<strong>codon</strong> CAI” beregnes med alle<br />
gener som grundlag, går det ud over de højtudtrykte gener, og dermed mønstret i di<strong>codon</strong>s, men til<br />
gengæld er alle <strong>codon</strong>s til stede(hvor det di<strong>codon</strong> der optræder færrest gange, er til stede 15 gange)<br />
Den mængde gener der skal udtages før alle di<strong>codon</strong>s optræder mindst 1 gang er 730, altså de 730<br />
gener med den højeste ekspressionsværdi; men ved denne udtagelse vil mængden <strong>af</strong> <strong>ikke</strong><br />
højtudtrykte gener, der udtages, være så stor, at den nye CAI <strong>ikke</strong> kan forudsige højtudtrykte gener.<br />
17
Change language