Undersøgelse af ikke lineære sammenhænge mellem codon ...
Undersøgelse af ikke lineære sammenhænge mellem codon ... Undersøgelse af ikke lineære sammenhænge mellem codon ...
For at få et bedre overblik over w, laves der en oversigt for w. Oversigt for Li og Sharps w: Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max 0,0010 0,0070 0,1130 0,4164 1.000 1.000 Oversigt over ny beregnet w(for de 24 højst udtrykte gener): Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max 0,1039 0,4311 0,6236 0,6689 1.000 1.000 Ses de beregnede vægte(w) sammen med Li og Sharps beregnede w, ses det, at hvor Li og Sharp har 1 er der i de nye beregninger lave værdier, og omvendt. Dette kommer til udtryk i CAI, da CAI beregningen bygger på w. Det ses også, at i Li og Sharps w er der mange lave værdier, med en median på 0,1130, hvor der i de nye beregninger er en median på 0,62336. Hvis der ses på minimums værdien, er der en faktor 100 til forskel, så alt i alt er de nye beregnede vægte langt højere end Li og Sharps. 16
Dicodon CAI For at få et overblik over dicodon CAI, er der lavet en oversigt: Oversigt over dicodon CAI: Udtagne gener\ oversigt Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max 24 højst udtrykte 0,2996 0,4693 0,4955 0,4924 0,5182 0,6797 100 højst udtrykte 0,2672 0,4733 0,5049 0,5033 0,5343 0,7511 250 højst udtrykte 0,2432 0,4898 0,5222 0,5194 0,5518 0,8039 Alle gener 0,2429 0,5072 0,5389 0,5365 0,5679 0,8277 I disse CAI-værdier er der større spredning end der var for optimal CAI, men spredningen er stadig ikke lige så god som Li og Sharps. Med en mean på omkring 0,5 vil der forudsiges mange højtudtrykte gener, hvor der i Li og Sharps kun forudsiges en lille mængde højtudtrykte gener. Det ses at Max. stiger løbende fra 24 udtagne gener til alle, og at Min. er faldende fra 24 udtagne gener til alle. Dette skyldes manglende værdier for dicodons. Grunden til dette er, der for 24 udvalgte gener er et stort antal dicodons der ikke optræder, hvilket medfører en w-værdi for det dicodon på 0. Dette vil resultere i lave CAI-værdier. For 100 udvalgte gener er der flere dicodons der optræder, og endnu flere for de 250 højst udtrykte gener. Når ”dicodon CAI” beregnes med alle gener som grundlag, går det ud over de højtudtrykte gener, og dermed mønstret i dicodons, men til gengæld er alle codons til stede(hvor det dicodon der optræder færrest gange, er til stede 15 gange) Den mængde gener der skal udtages før alle dicodons optræder mindst 1 gang er 730, altså de 730 gener med den højeste ekspressionsværdi; men ved denne udtagelse vil mængden af ikke højtudtrykte gener, der udtages, være så stor, at den nye CAI ikke kan forudsige højtudtrykte gener. 17
- Page 1 and 2: Undersøgelse af ikke lineære samm
- Page 3 and 4: Indledning Protein kodes af RNA, de
- Page 5 and 6: Data For at lave CAI beregninger, s
- Page 7 and 8: Normalisering af data For at kunne
- Page 9 and 10: Geometrisk gennemsnit Herefter bere
- Page 11 and 12: Beregning af optimal CAI Der beregn
- Page 13 and 14: Resultater Li og Sharps CAI Herunde
- Page 15: Pearson korrelation for ikke logari
- Page 19 and 20: Diskussion Den optimale CAI forudsi
- Page 21 and 22: Konklusion Det er blevet undersøgt
- Page 23 and 24: [8] Cheng Li and Wing Hung Wong, Mo
- Page 25 and 26: Normalisering af data: Sc.data.qsp
- Page 27 and 28: Koble genudtryk med gennavne source
- Page 29 and 30: Til Optimal CAI beregning kun gener
- Page 31 and 32: Beregning af CAI wk=0 CAI.vector.10
- Page 33 and 34: Beregning af CAI wk=0 CAI.vector.24
- Page 35 and 36: Beregning af CAI wk=0 CAI.vector.25
- Page 37 and 38: For alle gener...De 100 højst udtr
- Page 39 and 40: For alle gener...For de 24 højst u
- Page 41 and 42: For alle gener...De 250 højst udtr
- Page 43 and 44: Sammenligning mellem Li og Sharps C
- Page 45 and 46: Sammensætning af gener i dicodons:
- Page 47: Sammenligning mellem dicodon CAI og
For at få et bedre overblik over w, laves der en oversigt for w.<br />
Oversigt for Li og Sharps w:<br />
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max<br />
0,0010 0,0070 0,1130 0,4164 1.000 1.000<br />
Oversigt over ny beregnet w(for de 24 højst udtrykte gener):<br />
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max<br />
0,1039 0,4311 0,6236 0,6689 1.000 1.000<br />
Ses de beregnede vægte(w) sammen med Li og Sharps beregnede w, ses det, at hvor Li og Sharp<br />
har 1 er der i de nye beregninger lave værdier, og omvendt. Dette kommer til udtryk i CAI, da CAI<br />
beregningen bygger på w. Det ses også, at i Li og Sharps w er der mange lave værdier, med en<br />
median på 0,1130, hvor der i de nye beregninger er en median på 0,62336. Hvis der ses på<br />
minimums værdien, er der en faktor 100 til forskel, så alt i alt er de nye beregnede vægte langt<br />
højere end Li og Sharps.<br />
16
Change language