Undersøgelse af ikke lineære sammenhænge mellem codon ...

Optimal CAI
Herunder er der vist en oversigt for CAI-værdierne for sæt 1, der bygger på de højtudtrykte gener i
sæt 2 til 5, samt en oversigt for CAI for hele organismen, der bygger på de højst udtrykte gener.
Oversigt over CAI-værdier for sæt 1 og hele S. cerevisiae:
Udtagne gener\ oversigt Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max
24 (for sæt 1) 0,5606 0,7366 0,7583 0,7554 0,7760 0,8632
100 (for sæt 1) 0,5298 0,7188 0,7420 0,7388 0,7611 0,8515
250 (for sæt 1) 0,5254 0,7147 0,7374 0,7340 0,7569 0,8464
24 (for hele organismen) 0,5186 0,7126 0,7343 0,7302 0,7518 0,8823
100 (for hele organismen) 0,5042 0,7141 0,7355 0,7331 0,7548 0,9000
250 (for hele organismen) 0,5098 0,7178 0,7390 0,7362 0,7580 0,9009
Det ses, at de nye CAI-værdier er langt højere end CAI-værdierne beregnet med Li og Sharps w.
Den laveste CAI værdi ligger på ca. 0,5, altså langt højere end den 3. Qu. for Li og Sharp. Dette
betyder at denne nye forudsigelse af højtudtrykte gener er dårligere, da de fleste gener bliver spået
til at være højtudtrykte. Udover det, er de nye max værdier også under Li og Sharps max.
For hvert sæt(1 til 5) er der beregnet Pearson korrelation, for at se hvor godt de ”Optimale CAI”
værdier stemmer overens med ekspressionsværdierne, for at se om der er en sammenhæng selvom
alle gener forudsiges til at være højtudtrykte.
Pearson korrelation for logaritme til ekspressionsværdier:
Sæt\antal gener 24 100 250 Sharp
Sæt 1 0.3122156 0.3044633 0.2869817 0.5782043
Sæt 2 0.2893278 0.3016406 0.2914669 0.6122943
Sæt 3 0.3457732 0.3633289 0.3286248 0.6032583
Sæt 4 0.3210191 0.3062364 0.2997722 0.598784
Sæt 5 0.2625648 0.2761803 0.2465909 0.5557018
Alle gener 0.2385502 0.2978506 0.2835487 0.5897041
14