Undersøgelse af ikke lineære sammenhænge mellem codon ...

Dicodon CAI
For at prøve noget nyt, beregnes en ”dicodon CAI”. Denne beregnes som CAI, men i stedet for at se
på et codon af gangen, ses der på et codon, og det der kommer efter. Dette giver 3721 mulige
kombinationer, idet der ses bort fra stop codons.
Ribosomer der foretager proteinsyntese har 3 sites; Acceptor site(A-site), Peptide site(P-site) og
Exit site(E-site). Når proteinsyntesen forløber kan der kun sidde 2 tRNA i ribosomet, og der vil
derfor kun være fyldt 2 pladser af gangen. I initieringen er det kun P-site der er fyldt(kun start
codon ATG), i elongering er både P- og A-site fyldte, og i translokation er E-og P-site optaget. Det
er kun det første codon der sidder alene. Alle efterfølgende tRNA vil binde mens der sidder et andet
i forvejen. Derfor er det interessant at undersøge dicodons, og se om der er en interaktion i
ribosomet for de højtudtrykte gener.
Ved at beregne dicodon CAI undersøges det, om det har nogen biologisk effekt hvilke codons der
sidder ved siden af hinanden.
”dicodon CAI” beregnes, med de 24, 100, 250 højst udtrykte gener i hele organismen, og med alle
gener, som grundlag for RSCU og dermed w, og formlerne RSCU og w stammer fra, er de samme
der benyttes til de andre RSCU og w beregninger.
12