Risø Nyt, no. 4, 2001 december
Risø Nyt, no. 4, 2001 december
Risø Nyt, no. 4, 2001 december
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
et mellem to forældre. Jo mindre afstanden<br />
på kromosomet er mellem en markør<br />
og det gen, som man er interesseret<br />
i, jo oftere nedarves de sammen. Det vil<br />
sige, at har man det rette markørmønster,<br />
har planten højst sandsynligt<br />
også genet. Jo flere markører, forskerne<br />
råder over, jo hurtigere kan man indsnævre<br />
det interval, hvor man skal lede<br />
efter genet. Inden ge<strong>no</strong>msekvenseringsprojektet<br />
rådede man i planten gåsemad<br />
over ca. 250 markører. Ge<strong>no</strong>msekvenseringen<br />
har foræret forskerne tusindvis af<br />
nye markører. Selve det sammenhængende<br />
DNA-bibliotek i det interessante<br />
interval får man direkte foræret gennem<br />
ge<strong>no</strong>msekvensen, som netop er det totale<br />
sammenhængende DNA-bibliotek, der<br />
dækker hele ge<strong>no</strong>met. DNA-sekvensering<br />
bringer os derfor frem til målet for den<br />
biotek<strong>no</strong>logiske forskning, nemlig at forstå<br />
processen fra gen til funktion.<br />
Planteforskning i post-ge<strong>no</strong>mic<br />
alderen<br />
Ge<strong>no</strong>mics betyder sekvensering af ge<strong>no</strong>mer,<br />
det vil sige, at man bestemmer<br />
rækkefølgen af de fire byggesten i ge<strong>no</strong>mets<br />
DNA. Sekvenseringen af det humane<br />
ge<strong>no</strong>m har drastisk ændret arbejdsmetoderne<br />
for forskere, der arbejder med de<br />
biologiske videnskaber. Der er tilvejebragt<br />
uoverskueligt store datamængder -<br />
mere end tre milliarder byggesten i det<br />
humane ge<strong>no</strong>m, som nu skal fordøjes af<br />
det videnskabelige samfund.<br />
Det er ge<strong>no</strong>met, der suverænt bestemmer,<br />
hvordan det biologiske system<br />
ser ud og fungerer, og ge<strong>no</strong>merne bærer<br />
deres information i adskilte segmenter -<br />
gener. Når et gen skal opfylde sin mission<br />
i cellen, bliver det aktiveret, hvilket<br />
foregår ved, at genet virker som en skabelon<br />
og bliver oversat (transskriberet) til<br />
messenger-RNA (m-RNA), som så oversættes<br />
til et protein med en bestemt<br />
funktion. Proteiner fungerer som strukturelle<br />
eller regulerende elementer, der er<br />
4 RISØ NYT 4/01<br />
Ge<strong>no</strong>met i Arabidopsis<br />
2000 blev året, hvor den fuldstændige sekvens af ge<strong>no</strong>merne for den vigtige plantegenetiske modelorganisme<br />
gåsemad (Arabidopsis thaliana) blev kendt. Her ses sekvensen i et enkelt af generne, gen nummer<br />
4, i et overbliksbillede (øverst) og i en detalje (nederst). Nu forestår det store arbejde med at få overblik<br />
over, hvilken funktion hvert enkelt gen har i plantens levetid. Bogstavkoderne er navne på kendte markører<br />
og tallene siger <strong>no</strong>get om positionen på DNA-strengen<br />
1 10.000.001 17.790.890<br />
mi51 GA1 mi87 HY4 mi465 FCA AGAMOUSmi422RPS2<br />
LRRPK FAH1 BRI1<br />
mi390 mi306 mi167 DET1 mi128 mi330 ATML1ATR1 RLK5 mi431 AP2 mi369<br />
1.5<br />
k<strong>no</strong>b 5S_rDNA<br />
centromere<br />
16.6<br />
10.8<br />
20.9<br />
19.3<br />
27.6<br />
21.5 31.4<br />
43.1<br />
60.4<br />
45.9 55.4<br />
bestemmende for, hvordan planten eller<br />
organismen skal se ud, hvornår den skal<br />
blomstre, formere sig osv. Proteiner, de<br />
såkaldte enzymer, katalyserer desuden<br />
stofskiftet, som omfatter alle de kemiske<br />
reaktioner, der er nødvendige for at<br />
fremstille de stoffer, der får cellen til at<br />
fungere.<br />
Forskningens "omics"<br />
Det er en så arbejdskrævende opgave, at<br />
undersøge biologiske systemer og søge<br />
efter en sammenhæng mellem den omfattende<br />
genetiske information og cellens<br />
og organismens utallige funktioner, at<br />
analyserne kun kan gennemføres multi-<br />
66.6 72.9 76.6<br />
62.9 69.6 73.9<br />
79.5<br />
83.5<br />
93.1 105.8<br />
2.000.001 3.000.001 4.000.001<br />
mi306 nga12 mi87<br />
mi1<br />
CIC3F1 CIC6D7<br />
CIC3C8<br />
CIC5C6<br />
T27D20 T26N6 T19J18 T1J1D17L7<br />
T1J24<br />
5S_rDNA<br />
centromere<br />
F21I2<br />
F14G16 T3E15 F10A2 F5K24 F1K3 T13<br />
C4H24 T19B17 F4H6 T4B21T32N4 C6L9 F6H8 CENTROMERE F2806 T14A16 T6L9 T24G23 GAP_Q<br />
CIC3F1<br />
CIC3F1<br />
CIC3F1<br />
CIC3F1<br />
ATCHRIV13<br />
AL161501<br />
ATCHRIV15<br />
AL16161503<br />
ATCHRIV14<br />
AL161502<br />
ATCHRIV16<br />
AL161504<br />
T17A2<br />
ATCHRIV17 ATCHRIV19 ATCHRIV21<br />
AL161505 AL161507 AL161509<br />
ATCHRIV18 ATCHRIV20<br />
AL161506 AL161508<br />
19.3 19.9 20.9 21.<br />
parallelt med højeffektive analysemetoder<br />
på alle niveauer. Med en fællesbetegnelse<br />
kaldes denne nye videnskabelige disciplin<br />
functional ge<strong>no</strong>mics. Functional ge<strong>no</strong>mics<br />
består af en række discipliner, de<br />
såkaldte omics, som er beskrevet i "guide<br />
til omics" på side seks.<br />
I analogi til ge<strong>no</strong>met, der rummer<br />
hele den genetiske information om cellens<br />
funktion indkodet i DNA, kalder<br />
man den samlede mængde af messenger-RNA<br />
molekyler, der er til stede i et<br />
givet væv eller en specifik celle på et<br />
bestemt trin, for transcriptomet, og analysen<br />
af disse forhold for transcriptomics.<br />
Den samlede mængde af proteinmoleky-
Change language