Projektkatalog - Institut for Matematik og Datalogi - Syddansk ...

Det Naturvidenskabelige Fakultet 

P r o j e k t k a t a l o g 

F o r å r 2 0 1 2 

N a t u r v i d e n s k a b e l i g t P r o j e k t / 

F a r m a c e u t : V a l g f r i t P r o j e k t 

O p l e v v i d e n s k a b

N a t u r v i d e n s k a b e l i g t P r o j e k t / F a r m a c e u t : V a l g f r i t P r o j e k t 

Indhold | Projektoplæg Alfabetisk 

Projekt 1. Aksiomssystemer i matematik ........................................................................................3 

Projekt 2. Alzheimers sygdom og amyloide fibriller: Protein der skader hjernen ..........................4 

Projekt 3. Angioødem, ACE-hæmmere og angiotensin II antagonister ..........................................5 

Projekt 4. Bakterier i luften .............................................................................................................6 

Projekt 5. Bakterier laver strøm .......................................................................................................7 

Projekt 6. Biological Nano-Iron Storage .........................................................................................8 

Projekt 7. Catching the light ............................................................................................................9 

Projekt 8. Cellulær lokalisering af sygdomsrelaterede proteiner associeret med primære cilier og 

centrosomer ...................................................................................................................................10 

Projekt 9. Combinatorics of RNA secondary structures ................................................................11 

Projekt 10. Computerkemi som redskab til design af molekyler med specielle egenskaber .........12 

Projekt 11. Computer simulation af selv-byggede materialer .......................................................13 

Projekt 12. De skjulte tvillinger i biokemi og økologi ..................................................................14 

Projekt 13. Development of a protein based method for screening of meat quality .....................15 

Projekt 14. Dyrelyde som metode til at bestemme artsdiversitet i naturen ...................................16 

Projekt 15. Effects of cranberry on urinary tract infection ............................................................17 

Projekt 16. En mårhunds bekendelser ...........................................................................................18 

Projekt 17. Er det tungt for en bakterie at bære rundt på resistensgener? .....................................19 

Projekt 18. Er nanopartikler i fødevarer skadelige for mennesker? ..............................................20 

Projekt 19. Fluorescent light from the oceans ...............................................................................21 

Projekt 20. Fremstilling af lysopfangende nanostrukturer (protoceller). ......................................22 

Projekt 21. Fysiologiske undersøgelser af marsvin .......................................................................23 

Projekt 22. Første-passagetidsproblemer og dynamik af protein-DNA vekselvirkninger ............24 

Projekt 23. Får jeg rigtig mængde af mit lægemiddel? .................................................................25 

Projekt 24. Genetiske variationer i Cytochrom P450 med betydning for lægemidlers metabolisme 

.......................................................................................................................................................26 

Projekt 25. Genregulatoriske RNA molekyler. .............................................................................27 

Projekt 26. Gensekventering og artsbestemmelse .........................................................................28 

Projekt 27. HIV lægemidler ...........................................................................................................29 

Projekt 28. Hormone and cytokines regulation of cellular processes in cells of mesenchymal 

origin ..............................................................................................................................................30 

Projekt 29. Hvad sker der på bunden af den Mexicanske Golf? ...................................................31 

Projekt 30. Hvordan opstår en Listeria infektion? ........................................................................32 

Projekt 31. Hvordan tegner man en ret linje? ................................................................................33 

Projekt 32. Høretest af marsvin .....................................................................................................34 

Projekt 33. Hånddominans hos aber i ZOO ...................................................................................35 

Projekt 34. Identificere bakterier og deres funktion i naturlige miljøer med nye 

molekylærøkologiske teknikker ....................................................................................................36 

Projekt 35. I fodsporene på Alexander Fleming ............................................................................37 

Projekt 36. Iltdynamik i marine sedimenter ..................................................................................38 

Projekt 37. Importance of protein tyrosine phosphorylation for normal and cancer cell signaling. 

.......................................................................................................................................................39 

Projekt 38. Indkapsling af hydrofile molekyler i nanocontainere .................................................40 

Projekt 39. Interaktioner mellem kardiologiske lægemidler .........................................................41 

Projekt 40. Interaktion mellem fiskeolie og acetylsalicylsyre og warfarin ...................................42 

Projekt 41. Invasive marine arter – truer de havmiljøet? ..............................................................43 

i


Projekt 42. Kaos ............................................................................................................................44 

Projekt 43. Konstruktioner med passer og lineal ...........................................................................45 

Projekt 44. Kosmologi ...................................................................................................................46 

Projekt 45. Kunstig næse til sporing af sprængstof .......................................................................47 

Projekt 46. Lægemidler, gifte og NMR .........................................................................................48 

Projekt 47. Lægemidlers biofysiske kemi: barrier, carrier, target ...............................................49 

Projekt 48. Massespektrometri og proteiners 3-dimensionelle struktur ........................................50 

Projekt 49. Matching schemes for the job market .........................................................................51 

Projekt 50. Matematikken bag 3D-grafik i computerspil ..............................................................52 

Projekt 51. Medicinal chemistry: Design and synthesis of new potential therapeutics for type 2 

diabetes ..........................................................................................................................................53 

Projket 52. Molecular dynamics ....................................................................................................54 

Projekt 53. Molekylære interaktioner mellem sygdomsfremkaldende bakterier og humane 

værtsceller ......................................................................................................................................55 

Projekt 54. Molekylær Sygdomsgenetik: Hvad er (u)normalt? .....................................................56 

Projekt 55. "Natural compounds from plants for cancer treatment and prevention" .....................57 

Projekt 56. Online stock-trading game ..........................................................................................58 

Projekt 57. Oscillationer i glykolysen ...........................................................................................59 

Projekt 58. Physiological Importance of 3D Cell Culture .............................................................60 

Projekt 59. Planlægning af job-afvikling .......................................................................................61 

Projekt 60. Point-of-No Return: In how many ways can a cell die? .............................................62 

Projekt 61. ”Powder mixing” .........................................................................................................63 

Projekt 62. Profiling the sperm lipidome .......................................................................................64 

Projekt 63. Recognize handwritten text .........................................................................................65 

Projekt 64. Resistance to antibiotics by RNA methylation ...........................................................66 

Projekt 65. Saltpumper i fiskegællen .............................................................................................67 

Projekt 66. Self-cleaning surfaces – the Lotus effect ....................................................................68 

Projekt 67. Simulations with cellular automata .............................................................................69 

Projekt 68. Skin protection for extreme conditions .......................................................................70 

Projekt 69. Skarven: had og kærlighed deler befolkningen ...........................................................71 

Projekt 70. Smart climbing – Geckos have it in their feet .........................................................72 

Projekt 71. Smågnavere i Svanninge Bjerge .................................................................................73 

Projekt 72. Struktur af G-quadrupleksen i de humane telomerer ..................................................74 

Projekt 73. Støv og bakterier i lægemidler ....................................................................................75 

Projekt 74. Supermodel med Parkinson ........................................................................................76 

Projekt 75. ”Thrombin-bindende aptamerer” ................................................................................77 

Projekt 76. Trafikken over faunabroen på Odense-Svendborgmotorvejen ...................................78 

Projekt 77. Udvikling af knogle- og fedtceller fra humane stamceller .........................................79 

Projekt 78. Uniform sampling of RNA secondary structure .........................................................80 

Projekt 79. Vand: biologiens ideelle opløsningsmiddel ................................................................81 

Projekt 80. Vej dine egne molekyler .............................................................................................82 

Projekt 81. Watching proteins on the move ..................................................................................83 

ii


Projekt 1. Aksiomssystemer i matematik 

Vejleder: Matthias Kriesell, kriesell@imada.sdu.dk 

Institut: Institut for Matematik og Datalogi (IMADA) 

Praktisk del: Projektet er teoretisk 

Gruppeplacering: IMADA eller Biblioteket 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og maks 5 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 studerende. 

Keywords: Matematik, aksiom, bevis, calculus, tal, mængdelære, determinant, gruppe, 

topologi 

Abstract 

Det aksiomatiske metode blev et hjørne 

sten af matematik i det 20. århundrede, 

men var allerede kendt som tilgang fra 

Euklids elementer. Den grundlæggende 

idé er at man definerer et matematisk 

område, eller objekt, ved at stille nogle egenskaber, op som tages at være sande. Disse kaldes 

postulater eller aksiomer. Derefter bygger man sætninger og andre resultater op kun ved hjælp af 

disse aksiomer og deduktionsregler fra logik. 

Det er vigtig at der er ikke noget modstrid mellem de forskellige aksiomer, men der skal være 

aksiomer nok så at man kan bevise noget nyttigt. I opstillingen er det er ofte et mål at der skal 

ikke være flere aksiomer end nødvendigt, men det balanceres med at aksiomerne skal være enkle. 

Metoden kan anvendes på mange forskellige måde, og det er ideen med projektet at gruppen 

finde nogle emner der interessere dem og se hvordan de er relateret til aksiomssystemer. 

Over tiden er der opstået nogle aksiomer som er lidt kontroversielle. Et eksempel er udvalgsaksiomet 

fra mængdelære som siger at givet vilkårlige mange kasser man kan altid udvælge element 

fra hver af kasserne. Som sådan er aksiomet ret naturligt, og er stort set blevet 

en del af standard matematik, men det har nogle mærkelige konsekvenser. 

Mulige undersøgelsesområde i projektet inkludere: 

- differentiation og integration af funktioner som i calculus 

- opbygning af tal systemer 

- mængdelære 

- determinantfunktioner for matricer 

- gruppeteori og symmetri 

- kontinuitetsteori og topologi 

- kvantemekanik 

- udvalgsaksiomen og dens omformuleringer 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (LaTeX). 

Anbefalede: Ingen 

Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende 

afhænger meget af gruppens interesse. En bog der dækker nogle af emnerne ovenfor er 

H. B. Enderton, Èlements of Set Theory', Academic Press 1977, ISBN 0-12-238440-7 

3


Projekt 2. Alzheimers sygdom og amyloide fibriller: 

Protein der skader hjernen 

Vejleder: Jonas Borch-Jensen, jonasb@bmb.sdu.dk 

Institut: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi (BMB) 

Praktiske del: BMB 

Gruppeplacering: Biblioteket eller BMB 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. En gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 og NAT507 studerende. 

Keywords: alzheimer, proteiner, biokemi, biofysik 

Abstract 

Alzheimers sygdom er en aldersbetinget neurodegererativ sygdom, hvor hukommelsen svækkes 

over en årrække. I løbet af sygdomsforløbet observeres uopløselige fibre i hjernen, såkaldte 

plaks. Plaks består af amyloide fibriller af én slags protein, amyloid-beta, der er en stump, der 

fejlagtigt er skåret af et større protein. 

Ifølge gældende teorier er det ikke selve fibrillerne, men forstadier til dem der er farlige for hjernens 

celler. Det er derfor et særdeles aktivt felt at studere hvordan fibriller samles fra enkelte 

amyloid-beta molekyler. Hvis man kan finde egnede stoffer der kan hæmme væksten af amyloidbeta 

har man en potentiel kandidat til at forhindre eller udsætte forløbet af Alzheimers sygdom. 

I projektet vil vi studere netop, hvordan amyloid beta sampler sig til større ordens strukturer, og 

hvordan forstadier til fibriller gror. For at kunne måle detaljeret og kontrollere omstændighederne 

vil vi bruge biokemiske og biofysiske metoder. Desuden vil I få lejlighed til at teste forskellig 

naturafledt medicins indflydelse på amyloid betas fibrillering. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat) 


Litteratur 

Wolfe MS (2006): Shutting down Alzheimer's. SCIENTIFIC AMERICAN, 294 (5) side 72-79 

4


Projekt 3. Angioødem, ACE-hæmmere og angiotensin 

II antagonister 

Vejleder: Kenneth Skov, kskov@health.sdu.dk 

Institut: IST/ Klinisk farmakologisk afd., OUH 

Gruppeplacering: Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Winsløwsparken 19 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Projektet tilbydes kun til NAT507 studerende. 

Keywords: Evidensbaseret lægemiddelanvendelse, lægemiddelinformation, 

Abstract 

Odense Universitetshospital har (i samarbejde med Syddansk Universitet) en Klinisk Lægemiddelrådgivning. 

Denne rådgivning er målrettet praktiserende- og sygehuslæger, som kan henvende 

sig vedrørende patientspecifikke lægemiddelproblemer. Spørgsmålene er ofte pga. den specifikke 

patientsituation komplicerede, og svaret kan derfor ikke umiddelbart findes i gængse opslagsværker 

og lærebøger. Viden på området er ofte begrænset, og det er nødvendig at gennemgå opdateret 

speciallitteratur og den nyeste forskning for at give et kvalificeret svar. Alle spørgsmål 

besvares ud fra videnskabelige evidensbaserede principper. Denne case er konstrueret ud fra 

konkrete henvendelser fra læger i både primær og sekundær sektoren: 

En 73-årig kvinde er diagnosticeret med hjertesvigt, diabetes, forhøjet blodtryk og forhøjet kolesterol 

i blodet. Hun behandles med ACE-hæmmeren enalapril. Derudover får hun en del anden 

medicin (amlodipin, acetylsalicylsyre, simvastatin, furosemid, metformin og Kaleorid). Denne 

behandling har stået på i ca. 1 år, da hun indlægges akut, med hævelse i ansigt og svælg, samt 

tale- og synkebesvær. Tilstanden bedres efter behandling med binyrebarkhormon. Det mistænkes, 

at ACE-hæmmer behandlingen, er årsag til patientens tilstand med angioødem/Quinckes 

ødem. Lægen spørger til den videre behandling af denne patient med medikamenter, der indvirker 

på renin-angiotensin-systemet. 

På baggrund et en udtømmelig søgning af tilgængelig videnskabelige litteratur skal projektet forsøge 

at afdække en problemstilling som er på grænsen af den viden som vi har i dag 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Farma, Sund) 



Ulla Hedegaard & overlæge Per Damkier. Klinisk farmakologisk rådgivning i Odense 1997- 

2003. Ugeskr Læger 2004;166(45):4030 

Klinisk forsknings metode. Dirksen et al. Munksgård. København 1996 

5


Projekt 4. Bakterier i luften 

Vejleder: Raymond P. Cox, r.p.cox@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: BMB 


Gruppestørrelse: Mindst 4 og max 5 deltagere. 1 gruppe kan arbejde med projektet. 


Keywords: bakterier, mikrobiologi 

Abstract 

I luften findes små partikler og vanddråber (aerosoler) som kan indeholde levende mikrober, såvel 

bakterier som svampe. Disse bioaerosoler spreder mikrober mellem forskellige miljøer og 

har en vigtig funktion i deres økologi. Bioaerosoler har også relevans for biomedicin og farmaci 

fordi de kan indeholde sygdomsfremkaldende eller allergifremkaldende bakterier eller svampe. 

Fremstilling af farmaceutiske præparater skal derfor i mange tilfælde udføres i miljøer med ren 

luft. 

Under projektet undersøges indholdet af levende bakterier i udvalgte 

luftprøver. Der anvendes en opstilling hvor partikler i bakteriestørrelse 

”slynges” ned på overfladen af en Petriskål med et passende geleagtigt 

vækstmedium. Hvis bakterierne i partiklerne er levedygtige 

vokser en enkelt bakteriecelle til en synlig koloni som kan tælles og 

undersøges i mikroskopet. 

Deltagere vil få erfaring med almindelig mikrobiologisk laboratoriearbejde samt planlægning og 

udførelse af et eksperimentel forskningsprojekt. En gruppe som ønsker et tværfagligt projekt kan 

undersøge muligheden for at analysere resultaterne ved hjælp af billedbehandling på computer. 

Minikurser 




MP Buttner et al. 2002. Sampling and analysis of airborne microorganisms. In Manual of Environmental 

Microbiology 2nd ed. Pp 814-826. ASM Press, Washington DC. 

J Mandel & H. Brandl 2011. Bioaerosols in indoor environment – A review with special reference 

to residential and environmental locations. The Open Environmental and Biological Monitoring 

Journal 4: 83-96. 

6


Projekt 5. Bakterier laver strøm 

Vejleder: Bo Thamdrup, bot@biology.sdu.dk 

Institut: Biologisk Institut 

Praktisk del: Biologisk Institut 

Gruppeplacering: Bibliotek eller Biologisk Institut 

Gruppestørrelse: 3-5 deltagere. 1 gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501- og NAT507-studerende. 

Keywords: mikrobiologi, energi, redox-processer, nanowires, elektricitet 

Abstract 

Bakterier kan producere elektrisk strøm og danne mikroskopiske ledninger kaldet nanowires. 

Disse to opdagelser, som er gjort indenfor de seneste år, har lagt grundlaget for et helt nyt forskningsfelt 

på grænsen mellem biologi, molekylærbiologi, fysik og kemi. Strømproduktionen sker i 

forbindelse med bakteriernes forbrænding af organisk materiale (”mad”). I stedet for at bruge ilt, 

som vi gør det, kan bakterierne overføre elektroner til en elektrode og derved drive et elektrisk 

kredsløb. Man kan f.eks. udnytte denne evne ved at placere en elektrode i et iltfrit miljø, hvor 

bakterier er aktive i nedbrydning af organisk materiale, f.eks. i havbundens mudder eller i spildevandsslam. 

Elektroden forbindes til en anden elektrode placeret i det overliggende iltholdige 

vand, og man har nu et ”bakterielt batteri”, der kan drive små elektriske apparater. Overførslen af 

strøm fra bakteriecellen til elektroden kan ske gennem de bakterielle nanowires, der også kan 

fungere som elektrisk forbindelse imellem bakterier, eller mellem bakterier og mineralkorn, der 

fungerer som halvledere. På den måde kan der dannes elektriske netværk, med transport af elektroner 

over flere cm. Den bakterielle produktion og transport af strøm åbner 

Projektet går ud på at konstruere bakterielle batterier og undersøge potentialet for strømproduktion. 

Ved at sammenligne forskellige typer substrat (som f.eks. havbundsmudder eller slam) og 

lave manipulationer som tilsætning af ekstra føde til bakterierne eller ændring af temperaturen, 

kan man undersøge hvilke faktorer, der regulerer effektiviteten. Ved hjælp af mikrosensorer kan 

man evt. undersøge strømtransporten i batteriet og belyse effektiviteten i overførselen af strøm til 

elektroden – batteriets indre modstand. På dette grundlag kan man vurdere mulighederne for at 

udvikle batterier, der kan bruges i praksis, og måske komme med ideer til andre anvendelser af 

bakteriernes evner. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat). 



M. Buckley, J. Wall: Microbial Energy Conversion. ASM Colloquium Report, 2006 

D.R. Lovley: Bug juice: harvesting electricity with microorganisms. Nature Reviews Microbiology, 

4: 497-508, 2006. 

www-ressourcer: 

www.geobacter.org/research/microbial/ 

www.geobacter.org/research/nanowires/ 

www.microbialfuelcell.org/ 

7


Projekt 6. Biological Nano-Iron Storage 

Vejleder: Christine McKenzie, mckenzie@sdu.dk 

Institut: Institut for Fysik, Kemi and Farmaci 

Praktisk del: Institut 

Gruppeplacering: Biblioteket 



Keywords: Homostasis, Biological iron storage, Cancer, Spectroscopy, Bioinorganic 

chemistry. 

Human ferritin is a nanosized supramolecular assembly of 24 protein chains which via supramolecular 

assembly form a hollow sphere. The cavity in this sphere can be loaded with 4500 iron 

atoms. This protein is found in our bone marrow and it stores our essential iron supply as well as 

protects the body from the debilitating effects of “free iron” which can be responsible for generating 

“reactive oxygen species” via reactions with oxygen. The consequence is chronic disease 

states (e.g. Parkinson‟s disease, Progeria). 

Litteraturliste 

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=35 

We can also suffer from abnormally high concentrations of ferritin. 

This is associated with cancer (acute myloid leukemia), hemochromatosis 

and liver damage. Thus ferritin/iron concentration 

is monitored in patients with these diseases. 

Ferritin is a supermolecule of great interest in nanoscience since 

it can template the formation of metal oxide nanoparticles of 

around nearly 8 nm with domains showing interesting magnetic 

properties. Further it can be loaded with mineral phases containing 

other metal atoms. 

In this project you will load ferritin with iron and determine the 

metal ion uptake. If time allows you might try and load the ferritin 

with another metal or carry out a competition experiment with 

another iron binding molecule e.g. an antibiotic. The physiological 

action of many antibiotics is to bind iron strongly and thereby 

deprive an invading pathogen of the iron supply it needs to stay 

alive and multiply. 

8


Projekt 7. Catching the light 

Vejleder: Beate Klösgen, kloesgen@memphys.sdu.dk 

Institut: FKF, Dep. of Physics, Chemistry and Pharmacy 

Gruppeplacering: FKF, MEMPHYS labs 

Gruppestørrelse: 3 participants per group, 2 groups 


Teaching language will be a mixture of English 

and Danish ; reporting / presentation can be 

chosen to be performed in either language 

Keywords: biophysics: plant pigments in photosynthesis; solar energy 

Abstract 

The only true energy input to our global system is by transfer of photonic energy from radiation 

incident from the sun to the surface of our planet. This drives our climate and provides secondary 

energetic input used in wind or tidal power stations. An at least as essential contribution to the 

global energy budget is however the photosynthetic power transfer that resides in a pigment system 

developed by the plants: it is the source of oxygen balancing and of all energy that drives the 

biochemistry of the coexisting species starting from the plants themselves but as well covering 

the needs of all higher organisms via the food chain. 

The project shall provide a starter insight into energy balance and energy throughput focussing 

on the photosynthetic contribution. The conditions of light absorption by plants as due to their 

specialized pigment systems developed during evolution so far will be studied. It will be seen 

how a mix of different pigments serve to cover the energetic input of the visible solar spectrum. 

The coupling of the light absorption to the generation of oxygen will be demonstrated in a small 

self-built bio-reactor. 

The practical part involves 

information assembly 

(spectra, total energy input to the globe surface; plant conversion efficiency, …), 

extracting pigments from different plant leaves (your choice of leave !) , 

identifying the different pigment components by separation, 

characterizing them by the related absorption spectra 

and the building of a small light dependent bio-reactor. 

The project will start with reading assignments and discussions. Students will learn to assemble 

the information required using the local library and electronic data bases. They will bring their 

own selection of leaves (3-4 types per group) to be analysed, and will learn the experimental details 

to process the material into fragments, and to characterize the component properties. The 

relation between the colour appearance and the absorption measured on the leave extracts will be 

discussed. The mechanism of oxygen production by light absorption will be seen. 

Minikurser 




Handout material will be offered from week 1. Additional material will be found during a literature 

search (university library, internet, data bases ). 

9


Projekt 8. Cellulær lokalisering af sygdomsrelaterede 

proteiner associeret med primære cilier og 

centrosomer 

Vejleder: Jens S. Andersen, jens.andersen@bmb.sdu.dk 

Institut: Institut for Biokemi og Molekylærbiologi 

Praktisk del: CEBI, bygning 37.1 

Gruppeplacering: CEBI, bygning 37.1 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 3 deltagere pr gruppe, 1 gruppe kan arbejde med projektet 


Keywords: Primære cilier, centrosomer, cellecyklus, mikroskopi, ciliopathies 

Abstract 

Centrioler er evolutionært konserverede multifunktionelle strukturer som medvirker til organisering 

af centrosomer og mikrotubuli som er vigtige for form og polaritet af celler og for dannelsen 

af det bipolære spindelapparat som adskiller kromosomerne ved celledeling. Derudover er centrioler 

essentielle for dannelsen af cilier som findes i næsten alle celler og som er vigtige for organdannelse 

i fosterudviklingen og for modtagelse af bl.a. sensoriske signaler, heruder lys, lyd 

og dufte. Fejl i cilia og centrosomale proteiner er for nyligt blevet associeret med en lang række 

sygdomme. 

Med proteomics metoder har vi identificeret en række nye proteiner som er associeret med primære 

cilier og centrosomer. Vi kender endnu ikke funktionen af disse proteiner og hvordan de 

lokaliserer i cellen. I dette projekt vil vi derfor benytte metoder baseret på fluorescensmikroskopi, 

antistoffer og GFP-taggede proteiner til af undersøge disse proteiners lokalisering i celler på 

forskellige stadier af cellecyklus. 

Minikurser 




Suzanna L. Prosser and Andrew M. Fry (2009) Fluorescence Imaging of the Centrosome Cycle 

in Mammalian Cells 2009, Methods Mol Biol. 545:165-183. 

10


Projekt 9. Combinatorics of RNA secondary 

structures 

Vejleder: Christian Reidys, duck@santafe.edu. 

Institut: Institut Matematik og Datalogi (IMADA) 

Praktisk del: IMADA, programming 

Gruppeplacering: IMADA or Library 

Gruppestørrelse: Minimum 3 and maximum of 5 participants. Two groups can work with the 

project. The project, including report and exam, will be in English. 


Keywords: Secondary structure, generating function, Motzkin-paths 

Abstract 

Ribonucleic acid (RNA) molecules are linear biopolymers consisting of the four nucleotides A, 

U, C and G characterized by a sequence endowed with a unique orientation (5‟ end to 3‟ end). 

RNA sequences fold, i.e. their nucleotides form base pairs (arcs) and the collection of these constitute 

the secondary structure. A secondary structure can be represented by diagrams. Tree decades 

ago, Waterman gave a recursion for enumerating the number of secondary structures over n 

nucleotides without any crossing arcs. A lot of work have been done based on this recursion, i.e., 

dynamic programming search minimum free energy structures, calculate partition function etc. 

Tasks: 

Study how to derive the generating function from the recursion for secondary structures. 

In the process learn how to use Maple to computes coefficients 

Study other combinatorial means of deriving this recursion, e.g. via Motzkin paths. 

Minikurser 




Combinatorial Computational Biology of RNA: Pseudoknots and Neutral Networks, Christian M. 

Reidys, November 2010. 

11


Projekt 10. Computerkemi som redskab til design af 

molekyler med specielle egenskaber 

Vejledere: Nanna Holmgaard List, Hans Jørgen Aagaard Jensen og Jacob Kongsted, 

kongsted@sdu.dk 

Institut: Institut for Fysik, Kemi og Farmaci (FKF) 

Praktisk del: FKF (projektet er teoretisk) 

Gruppeplacering: Bibliotek samt computerlokalet U26B 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. 2 grupper kan arbejde med projektet 


Keywords: Beregningskemi, strukturkemi, spektroskopi, simulering 

Abstract 

Beregningskemi har gennem de sidste årtier været gennem en hastig udvikling, og feltet er i dag 

en vigtig disciplin indenfor moderne kemisk forskning. En af de store fordele ved beregningskemi 

er, at vi kan studere et molekyles egenskaber på baggrund af blot en molekylstruktur. Vi kan 

derved screene et stort antal kemiske forbindelser for en specifik egenskab uden først at syntetisere 

forbindelserne og herudfra udvælge de bedste kandidater til videre analyse. På denne vis kan 

beregningskemi bidrage til en væsentlig optimering i fremstilling af nye kemiske forbindelse 

med specifikke egenskaber. Denne metode er for eksempel meget benyttet indenfor lægemiddelvidenskab 

i forbindelse med fremstillingen af nye og forbedrede lægemidler. I dette projekt vil vi 

introducere moderne kemiske beregningsmetoder med det formål at opnå en indsigt i relationerne 

mellem et molekyles struktur og egenskaber. De specifikke molekylære egenskaber, vi vil 

studere, vil afhænge af projektdeltagernes baggrund samt interesse. Eksempler: (i) optimering af 

bindingen af et lægemiddel til en receptor – kan vi modifere molekylet og derved opnå en bedre 

binding? (ii) optimering af lysabsorption for en klasse af farvestoffer – hvordan kan vi tune absorptionsbølgelængde 

og forøge lysabsorptionen? (iii) undersøgelse af hvorvidt en (ny) kemisk 

forbindelse vil virke som en drivhusgas, og hvilke molekylære strukturændringer vil fjerne denne 

egenskab, (iv) beskrivelse af et (nyt) molekyles reaktivitet i en specifik kemisk reaktion. 

Minikurser 



Carmoterol bundet til β-adrenerg receptor 1 . 


Molecular Modelling for Beginners, Alan Hinchliffe, Wiley. 

1 Figur fra http://www.esrf.eu/news/spotlight/spotlight145/index_html 

12


Projekt 11. Computer simulation af selv-byggede 

materialer 

Vejleder: Carsten Svaneborg, zqex@sdu.dk 

Institut: Institut for Fysik, Kemi og Farmaci 

Praktisk del: Institut for Fysik, Kemi, og Farmaci 

Gruppeplacering: Bibliotek / terminalrum 

Gruppestørrelse: Mindst 3 max 4 deltagere. 3 grupper kan arbejde med projektet. 


Keywords: Computer simulation, selv-bygning, materialer 

Abstract 

Soft-matter er en stor klasse af materialer, der er et sted mellem simple viskøse væsker og faste 

elastiske materialer. Vi møder disse materialer i vores hverdag for eksempel i form af plastik og 

gummi materialer, sæber og opvaskemidler, geler og mikroemulsioner i kosmetik og fødevarer, i 

form af flydende krystal i vores flad skærme og endeligt i form af alle de biologiske materialer vi 

selv består af. Karakteristisk for soft-matter er at molekylernes komplekse vekselvirkninger giver 

ophav til selv-byggede strukturer, der spiller en vigtig rolle for at give disse materialer nyttige 

biologiske og teknologiske egenskaber. 

Olie og vand ikke blandes, fordi olie molekyler kan ikke lide at 

være i kontakt med vand molekyler. Sæbemolekyler har både en 

vand elskende og en vand hadende ende. Når sæbemolekyler opløses 

i vand må de derfor finde et kompromis mellem deres ender. 

Det gør de ved at mange sæbemolekylers haler finder sammen så 

deres vand hadende ende beskyttes fra kontakt med vandet. Billedet 

til højre kommer fra en simulation af olie og sæbemolekyler i 

vandig opløsning dvs. en mikroemulsion. De mørkegrønne olie 

dråber er dækket af et tyndt lag af sæbe molekyler. Sæbemolekylernes 

vand elskende og vand hadende ende er repræsenteret som 

blå og lysegrønne kugler. 

Konkret skal hver gruppe anvende computer simulation af et bestemt soft-matter system til at 

undersøge selv-bygning fænomener. Det kunne f.eks. være hvordan de selv-byggede strukturer 

afhænger af den molekylære struktur af et sæbe molekyler, hvordan molekyler kan overgå til en 

flydende krystal fase, hvordan polymerer opfører sig i gode og dårlige opløsningsmidler eller 

hvordan sæbe-olie-vand blandinger danner mikroemulsioner som den vist på billedet. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat) eller Projektarbejde (Latex) efter eget valg. 

Anbefalede: Matematiske metoder for fysikere og kemikere 


Afhænger af hvad for systemer grupperne finder mest interessante at studere. 

13


Projekt 12. De skjulte tvillinger i biokemi og økologi 

Vejleder: Hans Christian Petersen, hcpetersen@stat.sdu.dk 


Praktisk del: IMADA, udregninger på pc 

Gruppeplacering: IMADA eller Bibliotek 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. To grupper kan arbejde med projektet. 


Keywords: Funktionel respons, rov-byttedyr-systemer, enzymkinetik, Michaelis-Menten, 

estimation, ikke-lineære modeller. 

Abstract 

Fra biokemi er det velkendt at enzymers kinetik kan beskrives med bl.a. Michaelis-Mentenmodellen. 

I populationsøkologi er det ligeledes velkendt at aspekter af rovdyr-byttedyrinteraktion 

kan beskrives med relativt simple modeller for funktionel respons. I projektet arbejdes 

der med at fitte data til kurver af Michaelis-Menten-typen, således at man opnår estimater for 

parametrene i modellen, hhv. halvmætningskonstant og maksimal omsætningsrate. Der er i udgangspunktet 

tale om et ikke-lineært problem, som dog kan lineariseres. Under projektet arbejdes 

der med forskellige simulerede data for at afgøre hvordan og under hvilke betingelser man opnår 

acceptable parameterestimater. Desuden anvendes løsningen (algoritmen) på genuine data. Parallellen 

mellem de biokemiske og de økologiske modeller præsenteres og forklares. 

Minikurser 



Litteraturliste over metodeartikler, som udleveres til de studerende 

Afsnit fra hhv. lærebog i biokemi og populationsøkologi 

Artikler fra biokemiske og økologiske tidsskrifter 

14


Projekt 13. Development of a protein based method 

for screening of meat quality 

Vejleder: Martin Røssel Larsen, mrl@bmb.sdu.dk, Alistair Edwards, aled@bmb.sdu.dk 

Institut: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi 


Gruppeplacering: Protein Research Group – Larsen Group at BMB 

Gruppestørrelse: Minimum 3 og max 4 students. One group can work on the project. 

Kommentarer: Supervision and presentations will be on Danish or English. 

Projektet tilbydes NAT501 og NAT507 studerende. 

Keywords: Meat quality, protein chemistry, mass spectrometry, Selected Reaction Monitoring 

Abstract 

During the last couple of years there has been a significant increase in the number of incidents in 

the Danish supermarkets where the quality of the meat, especially minced meat from lam, have 

been compromised due to contamination with meats from other species, such as pork. This of 

cause presents a significant problem as some religious believes is not allowed to consume meat 

from certain animals, such as pork. Presently, the test of meat quality is based on antibody recognition 

such as ELISA and the polymerase chain reaction (PCR) tests which are time consuming 

and in many cases not informative enough. 

An alternative way to distinguish between meat from various species is based on highly homologous 

proteins i.e., proteins which are very similar in amino acid sequence. Many house-keeping 

proteins are very similar and have only small changes in the amino acid sequence. If these 

changes in amino acids can be identified one can set up a simple test using modern mass spectrometry 

for testing the presence of contaminating meat in minced meat. 

In this project we will explore the use of modern proteomics technologies including mass spectrometry 

for testing the contamination of minced meat with meat from other species. Specifically 

we want to find specific proteins that are highly homologous between lam and pork that are specific 

for the two species, respectively. These proteins are found from raw meat bought in a supermarket. 

Once such proteins are found, specific fragments from those proteins will be used to 

set up a quantitative test for meat contamination using a new mass spectrometric technology 

termed selected reaction monitoring (SRM). If successful, the method will be used to screen 

minced lam meat from various supermarkets. 

Minikurser 




Øvelsesvejledning, bogkapitler og udvalgte artikler 

15


Projekt 14. Dyrelyde som metode til at bestemme 

artsdiversitet i naturen 

Vejleder: John Morgan Ratcliffe, jmr@biology.sdu.dk og Annemarie Surlykke, 

ams@biology.sdu.dk 


Praktisk del: Feltstation i Søgård (3-4 dage) 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5. To grupper kan arbejde med projektet. 


Keywords: Lydproduktion, artsbestemmelse, adfærd, støj 

Abstract 

Lyd er en vigtig del af kommunikationen hos mange dyregrupper, og ofte vil f.eks. fugles sang, 

græshoppers striduleren eller flagermus‟ sonarsignaler afsløre, at de er der, selvom man ikke kan få 

øje på dem. Derfor kan man bruge detektion/optagelse af dyrelyde som en non-intrusiv metode, til at 

lave opgørelser over artssammensætningen i et område eller et habitat. 

I projektet arbejdes med flagermus, hvis lyde skal optages, beskrives og karakteriseres tilstrækkeligt 

godt til, at de kan bruges til artsbestemmelser. Det gøres ved, at optage lydene med kalibreret lydoptageudstyr 

og moderne IT-metoder, så man har digitale signaler, der skal analyseres for at lave 

spektrogrammer, der kan sammenlignes med reference-værker, så arterne kan gættes/bestemmes. Der 

skal ses på hvordan de forskellige dyr fordeler frekvenserne mellem sig, og hvordan evt. støj påvirker 

dem, så de ikke laver lyd, der hvor der er støj eller mange andre dyr på ”linjen”. Alle eksperimenter 

planlægges så man har et passende antal (n) for hvert dyr / habitat. Dvs. metoderne omfatter dataindsamling 

(lydoptagelse og lagring), lydanalyse, forsøgsplanlægning og statistiske analyser. Der er 

mange forskellige akustiske og biologiske betingelser, der er bestemmende for hvilke lyde, dyr bruger 

til kommunikation. Lydens frekvens og intensitet influerer på, hvor langt væk lyden kan høres 

ikke bare af artsfæller, men også evt. fjender. Høre-tærskler og bevoksningen i habitatet er andre faktorer, 

der påvirker kommunikationsafstanden. I projektet skal disse og andre faktorer vurderes i forhold 

til de opnåede resultater. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat) og Signalanalyse 



Aftales ved projektstart 

16


Projekt 15. Effects of cranberry on urinary tract 

infection 

Vejleder: Surabhi Khandige, sukh@bmb.sdu.dk; 

Jakob Møller-Jensen, jakobm@bmb.sdu.dk 

Institut: Institut for Biokemi og Molekylærbiologi (BMB) 

Praktisk del: Safety level 2 laboratory 

Gruppeplacering: BMB 

Gruppestørrelse: Minimum 3 and maximum 4 participants. One group can work on the project. 

Kommentarer: This project will be taught in English (Examination in Danish) 

Projektet tilbydes til NAT501 og NAT507 studerende. 

Keywords: Pathogenic bacteria, urinary tract infection, cell culture 

Abstract 

Uropathogenic E. coli bacteria (green) 

growing inside bladder tissue. 

Urinary tract infections (UTI) account for high morbidity and are responsible 

for a major burden on health care costs worldwide. A majority 

of uncomplicated UTIs are caused by uropathogenic E.coli 

(UPEC). The primary means of treatment and management of UTI is 

antibiotic therapy. Often low doses of antibiotics are prescribed for 

long periods of time to combat recurrent infection and this only adds 

to the growing problem of antibiotic resistance among pathogenic 

bacteria. In recent years, more physicians have begun recommending 

daily cranberry consumption as a safe alternative for UTI prevention. 

Adhesion of pathogens to soft and hard tissues of the body is 

known to be essential for initiation of infection. Cranberry juice 

has long been known to have positive effects on kidney and blad- 

der infections and this has more recently been attributed to its ability to inhibit adhesion of P 

fimbriated uropathogenic E. coli to the bladder epithelial cells (1). Cranberry juice, predominantly 

in the form of a juice cocktail drink with 27% cranberry, has been the traditional choice 

of most women seeking to prevent UTI (2). As part of this project we propose to 'prime' the uropathogenic 

bacteria with concentrated cranberry extract and/or urine obtained after consumption 

of cranberry juice, and subsequently expose these bacteria to the human bladder epithelial cells 

grown in culture. This will allow us to study any effect that the cranberry juice may have on the 

adhesion and invasion of UPEC in the host epithelial cells. 

Minikurser 




1. Cranberry Components for the Therapy of Infectious Disease. Shmuely H, Ofek I, Weiss 

EI, Rones Z, Houri-Haddad Y. Curr Opin Biotechnol. 2011 Nov 14. 

2. Bioactive compounds in cranberries and their role in prevention of urinary tract 

infections. Amy B. Howell. Mol. Nutr. Food Res. 2007, 51, 732 – 737. 

17


Projekt 16. En mårhunds bekendelser 

Vejleder: Thomas Bjørneboe Berg, tbb@naturama.dk 


Praktisk del: Naturama 

Gruppeplacering: Biblioteket eller Biologisk Institut 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. 1 gruppe kan arbejde med projektet 


Ingen mulighed for vejledning i uge 16 og 17 

Keywords: Museumsformidling, mårhund 

Abstract 

Mårhunden er en nyindvandret invassiv art, der er blevet erklæret fredøs i den danske natur. 

Gennem 2011 har offentligheden fået historien om mårhundens skadelige effekter på den danske 

natur, og en intensiv forvaltningsplan med det klare mål at Danmark skal være fri for en ynglende 

bestand af mårhund i 2015. Projektet sætter fokus på pressens, myndighedernes, interesseorganisationernes 

og fagkundskabens vinkling af den danske mårhundeproblematik. 

Mårhunden er sandsynligvis kommet til Danmark 

for at blive. Er det et problem? Hvordan 

angribes historierne af medierne og hvordan 

kan en museal formidling tage sig ud? 

Metoder: Litteratur-gennemgang, interview, 

formidlingsredskaber 

Minikurser 




Indsatsplan mod mårhund i Danmark, Naturstyrelsen. 

Mårhunden - en invasiv art i Danmark? Projektopgave 2010, Ålborg Universitet 

Kauhala, K, 1994, The Raccoon Dog: a successful canid, Canid News, vol. 2. 

18


Projekt 17. Er det tungt for en bakterie at bære rundt 

på resistensgener? 

Vejleder: Birte Vester, b.vester@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: BMB´s øvelseslaboratorium eller nye mikrobiologi laboratorie i bygning 37.2 




Keywords: bakterier, antibiotika resistens 

Abstract 

Det er efterhånden velkendt at vi er ved at få et meget stort problem med resistente bakterier, der 

ikke hæmmes af de antibiotika vi bruger i sygdomsbekæmpelse af bakterieinfektioner. Vi kan 

ikke udrydde antibiotikaresistens, så vi må lære at leve med den. Det kræver at vi får meget mere 

viden om, hvordan resistens opstår og spredes og hvordan vi kan begrænse den. Resistens kan 

skyldes vidt forskellige ting og nogle slags opstår hele tiden som følge af små mutationer mens 

andre slags skyldes overførsel af gener. I forskningen bruger vi også antibiotikaresistens som 

markører for at kunne ”finde/gro” de bakterier, hvori vi har indført et bestemt plasmid med en 

egenskab som vi vil undersøge. Når plasmiderne også bærer et resistensgen vil selektion med det 

tilhørende antibiotika bevirke at kun de bakterier der har plasmidet vil kunne vokse. 

Udenfor laboratoriet må bakterier kæmpe for overlevelse, både m.h.t. miljøbetingelser og føde og 

konkurrence med andre bakterier. Dem der vokser hurtigst vil ”overgro” de andre hvis de skal 

leve af det samme. Så hvad koster det at blive/forblive resistent? Hvad koster forskellige slags 

resistens? Kan bakterierne slippe af med resistensen igen? Hvor mange slags resistens har man 

råd til at bære rundt på? O.s.v. 

Projektdeltagere vil få mulighed for at undersøge resistensmekanismer i E. coli. Forskellige 

stammer og forskellige plasmider med resistensgener vil være til rådighed. Der vil være adgang 

til at vokse bakterierne i tilstedværelse af forskellige antibiotika og enten måle vækst i medie eller 

antal af bakterier på agarplader. Afhængigt af gruppens interesse kan der evt. også klones resistensgener. 

Minikurser 




Blandt andet: Antibiotic Resistance: An Ecological Perspective on an Old Problem. Hentes 

fra: http://academy.asm.org/index.php?option=com_content&view=article&id=232:antibioticresistance-an-ecological-perspective-on-an-old-problem-september-2009-&catid=40:browseall&Itemid=79 

og Antibiotic Resistance Mechanisms, with an Emphasis on Those Related to 

the Ribosome Katherine S. Long and Birte Vester. Chapter 2.5.7,. In A. Böck, R. Curtiss III, J. 

B. Kaper, P. D. Karp, F. C. Neidhardt, T. Nyström, J. M. Slauch, and C. L. Squires (ed.), EcoSal—Escherichia 

coli and Salmonella: cellular and molecular biology. http://www.ecosal.org. 

ASM Press, Washington, D.C. 

19


Projekt 18. Er nanopartikler i fødevarer skadelige for 

mennesker? 

Vejleder: Frank Kjeldsen, frankk@bmb.sdu.dk 

Institut: Biokemi og Molekylærbiologisk Institut, SDU 

Praktisk del: Afdeling for Protein Forskning 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere, 1 gruppe kan arbejde med projektet. 


Keywords: Massespektrometri, proteomics 

Abstract 

I fødevareindustrien er anvendelsen af nanopartikler støt stigende. Disse nanopartikler bliver 

f.eks. brugt til at forlænge holdbarheden af fersk kød og andre fødevarer. Det sker typisk ved, at 

fødevareemballager coates med en film af nanopartikler som virker antimikrobiel. Der er en stigende 

bekymring i befolkning omkring denne anvendelse i forhold til folkesundheden. Derfor 

skal de eventuelle skadelige virkninger af nanopartikler i mennesker undersøges nøjere. I dette 

projekt kommer I til at dyrke og udsætte humane cellekulturer for nanopartikler med forskellige 

fysiske/kemiske egenskaber. Vi vil forsøge ved hjælp af massespektrometrisk proteomics, at undersøge 

om nanopartikler fører til en større grad af apoptosis (celle død) i humane celler. Data vil 

blive analyseret manuelt og ved brug af databasesøgning. 

Minikurser 




http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=do-nanoparticles-in-food-pose-health-risk 

Timothy V. Duncan, Applications of nanotechnology in food packaging and food safety: Barrier 

materials, antimicrobials and sensors, Journal of Colloid and Interface Science 

Volume 363, Issue 1, 1 November 2011, Pages 1-24. 

20


Projekt 19. Fluorescent light from the oceans 

Vejleder: Adelina Rogowska-Wrzesinska, adelinar@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Protein Research Group 




The course will be held in English. 

Keywords: green fluorescent protein, mass spectrometry; Galathea 3 expedition 

Abstract 

The use of GFP – green fluorescent protein in the field of biotechnology and medicine has expanded 

dramatically over the past years. Aequorea victoria -green fluorescent protein and its 

homologues from other organisms have multiple applications. As molecular markers they are 

used to visualise intracellular processes like gene expression or protein interactions. They also 

play important role in cancer diagnosis and treatment. Awareness of the great potential of GFP 

and its variants motivates the search for novel fluorescent proteins which exhibit stronger fluorescence 

and are more stable. 

The objective of the present work is to search for novel fluorescent proteins. Our samples, 

mostly corals were collected by night diving in the coral reefs at the Solomon and Virgin Islands 

during the Danish Galathea 3 Expedition (August 2006 to May 2007). The experimental workflow, 

presented in the above figure, will take advantage of 2-dimensional gel electrophoresis and 

mass spectrometry to isolate and sequence novel fluorescent proteins. 

Minikurser 




Wojdyla, K.; Rogowska-Wrzesinska, A.; Wrzesinski, K.; Roepstorff, P., Mass spectrometry based 

approach for identification and characterisation of fluorescent proteins from marine organisms. 

Journal of Proteomics 2011, 75, (1), 44-55. 

21


Projekt 20. Fremstilling af lysopfangende 

nanostrukturer (protoceller). 

Vejleder: Pierre-Alain Monnard, monnard@sdu.dk 


Praktisk del: FLinT lab 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 3 deltagere / En gruppe kan arbejde med projektet. 


Keywords: Self-assembly, protoceller, fedtsyrer, polycykliske aromatiske hydrocarboner 

Abstract 

Tidligt i jordens historie besad de cellulære forstadier, som f.eks. protoceller, sandsynligvis 

membranagtige grænseflader bestående af spontant dannet dobbeltlag af fedtstoffer. Disse dobbeltlag 

har så stor lighed med nutidige cellers cellemembraner, at det antages, at de tidlige membraner 

kan have spillet en væsentlig rolle i protocellers funktioner, f.eks. ved at opfange lysenergi. 

Omdannelsen af den engergi, frembragte nye kemiske bindinger, har udgjort de første afgørende 

evolutionære skridt mod en celle, som vi kender den i dag, fordi den tillod en semiautonom 

kontrolleret metabolisme at opstå. 

Projektet går ud på at designe og fremstille strukturer bestående af et dobbeltlag af fedtsyrer med 

en hydrofob kerne. Den hydrofobe kerne indeholder lysabsorberende polycykliske aromatiske 

hydrocarboner (PAHs). Strukturerne fremstilles ved pH-vesikulering. En succesfuld fremstilling 

vil frembringe nanostrukturer, der er i stand til at omdanne lysenergi til en kemisk gradient. Undersøgelser 

af strukturerne vil foregå via UV- og fluorescens-spektroskopi samt mikroskopi. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, NAT), Matematiske metoder for fysikere og kemikere 



Monnard PA and Deamer, DW 2003 Methods in Enzymology, 372, 133-151. 

Deamer, D. W., 1992. Adv. Space Res. 12 (4), (4)183-189. 

Lakowicz, J.R., Principles of Fluorescence Spectroscopy, second Edition 1999. 

22


Projekt 21. Fysiologiske undersøgelser af marsvin 

Vejleder: Magnus Wahlberg, magnus@fjord-baelt.dk 


Praktisk del: Marinbiologisk Forskningscenter, Kerteminde 


Gruppestørrelse: 3-5, 1 gruppe kan arbejde med projektet 


Keywords: marsvin, bioakustik, populationsbiologi, 

Abstract 

Marsvinet er den eneste hval, der yngler i de danske farvande. Hvaler er pattedyr, som lever hele 

sit liv i vand. De skal finde byttedyr så som fisk og blæksprutte, parre sig, føde kalve, give mælk 

og sove, alt sammen i vand. Deres kropsfunktioner følger med i årstidernes forandringer, så at de 

opbygger et meget tykt spæklag hver vinter for at isolere sig mod kulden. I dette projekt bruger 

vi de trænede marsvin ved Fjord og Bælt til at forstå, hvordan disse dyre er tilpassede livet under 

vand. Gennem at veje dyrene og måle deres længde, spæktykkelse, hjerterate m.v. og gennem at 

sammenligne med data indsamlet gennem de seneste år lærer vi om deres fysiologi. Derudover 

studerer vi deres evner til at fange fisk gennem så kaldt ekkolokalisering. 

Minikurser 


Anbefales: Ingen 


23


Projekt 22. Første-passagetidsproblemer og dynamik 

af protein-DNA vekselvirkninger 

Vejleder: Michael Andersen Lomholt, mlomholt@memphys.sdu.dk 



Gruppeplacering: Bibliotek 


Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 studerende. Henvender sig til matematisk 

fysisk interesserede studerende. 

Keywords: Diffusion, søgeprocesser, differentialligninger med partielle afledede. 

Abstract 

Enkelte proteiner er i stand til forbløffende hurtigt at finde det specifikke sted på et langt DNA 

molekyle hvor det er meningen de skal binde. Denne effektivitet opnår de ved at kombinere to 

strategier til søgeprocessen: almindelig diffusion i væsken omkring DNA-molekylet (3 dimensional 

diffusion) afbrudt af perioder hvor proteinet er bundet til DNA-molekylet og istedet er begrænset 

til at glide langs dette (en-dimensional diffusion). Den matematiske beskrivelse af denne 

søgeprocess involverer diffusionligninger i en og tre dimensioner, med led der beskriver skiftende 

mellem de to strategier. 

I projektet kan emnet angribes på to måder: 

1) De grundliggende differentialligninger løses analytisk. 

2) Søgeprocesses kan simuleres på en computer som en random walk, og de data der kommer ud 

behandles statistisk. 

Minikurser 


Anbefalede: Matematiske metoder for fysikere og kemikere. 


Udvalgte afsnit af: 

H.C. Berg, "Random Walks in Biology". 

P. Nelson, "Biological Physics" 

For mere information rettes henvendelse til Michael Lomholt. 

24


Projekt 23. Får jeg rigtig mængde af mit lægemiddel? 

Vejledere: Annette Bauer-Brandl, annette.bauer@sdu.dk 

Institutter: Institut for Fysik og Kemi og farmaci (FKF), 

Praktisk del: undervisningslab (FKF) 



Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 og NAT507 studerende. Projektet er primært 

dog ikke udelukkendes tænkt til farmaceutstuderende 

Keywords: dosering af lægemidler, dråber, sirup, opløsning 

Abstrakt 

I tilfælde der patienten skal dosere et lægemiddel selv som ikke er forhåndsdoseret (f.x. løsninger 

og dråber) er det vigtigt at patienten klarer at får nøjagtigt mængden som en skal ha. Tænker vi 

på stærk virkende lægemidler og på børn, så er dette særdeles vigtigt. Der kan tænkes flere eksempler 

på andre lægemiddelformer end dråber og opløsninger også, f. eksempel tabletter, når de 

deles i brøkdele. 

Der findes internationale regler, hvor akkurat mængden lægemiddelstoff skal stemme i hele tabletter, 

og hvor akkurat indholdet (koncentration) af løsninger og dråber skal være. 

Vi tager udgangspunkt i flydende lægemidler, der tages oralt, dvs. de som synkes. For løsninger 

findes der forskellige udformninger af medicinmål. Hvor nøjagtig kan man dosere med disse? 

Hvor nemt er disse at bruge – med den aktuelle løsning / suspension? 

Nogle løsninger doseres som dråber der tælles. Der kan det tænkes at dråbestørrelse ikke altid er 

ligt, fx. afhængig hvordan flasken holdes, om den ristes under dråbedannelse etc.. Videre kan det 

tænkes at dråbestørrelsen afhænger af fysisk-kemiske egenskaber til væsken, og nogle egenskaber 

til dryppeflasken. 

For at have mest mulig bredde i undersøgelser, samles der gamle medicinflasker hos familie og 

venner. Der defineres fysikalsk-kemisk opløsning, suspension, løsemiddel, densitet, overfladespenning, 

temperatureffekter. 

Målet for projektet er at finde ud, hvor nøjagtigt flydende lægemidler kan doseres med de forskellige 

medicinmål og dryppeflasker. Hvilke egenskaber til lægemidlet og omgivelse kan virke 

ind på nøjagtigheden af doseringen? Er dette af praktisk betydning for doseringen af disse lægemidler? 

Minikurser 



Litteraturliste over artikler: 

Pharmacopoia Europaeia 7.0: Monografi ”Uniformity of dosage units” (via web-bibliotek) 

www.medicin.dk – generelt om mediciner – egenskaber af lægemidler 

Brown D; Ford J L; Nunn A J; Rowe P H: An assessment of dose-uniformity of samples delivered 

from paediatric oral droppers. Journal of clinical pharmacy and therapeutics (2004), 29(6), 

521-9. 

Peacock G., Parnapy S., Raynor S., Wetmore S.: Accuracy and precision of manufacturersupplied 

liquid medication administration devices before and after patient education, J. Am. 

Parm. Assoc (2010), 50 (1), 84-86. 

25


Projekt 24. Genetiske variationer i Cytochrom P450 

med betydning for lægemidlers metabolisme 

Vejleder: Rasmus Steen Pedersen, rpdersen@health.sdu.dk 

Institut: Institut for Sundhedstjenesteforskning (IST) 

Praktisk del: Laboratorium, Klinisk Farmakologi (Winsløwparken) 

Gruppeplacering: Videncenteret, grupperum, læsesale (Winsløwparken) 

Gruppestørrelse: 3-5. En gruppe kan arbejde med projektet 


Der er mødepligt på alle fastlagte vejledning- og laboratorie-tidspunkter (naturligvis 

under hensyntagen til anden undervisning). 

Keywords: DNA, genetiske variationer, PCR, Cytochrom P450, lægemiddelmetabolisme. 

Abstract 

Der findes i leveren en række enzymer, kaldet cytochrom P450 enzymer (CYPér), der primært 

er ansvarlige for nedbrydningen af lægemidler og andre organismefremmede stoffer. CYPérne 

er således ofte ansvarlig for koncentrationen af lægemidlet som det enkelte individ har i blodet 

og dermed også ofte for effekten af behandlingen og graden af evt. bivirkninger. Nogle individer 

har genetiske variationer (genotyper), der nedsætter eller øger aktiviteten af enkelte eller flere af 

disse CYPér. Disse genetiske variationer kan således øge risikoen for bivirkninger eller forårsage 

manglende effekt ved behandling med en række lægemidler. 

Projektdeltagere vil få instruktion i elementære laboratorieteknikker for arbejde med blod, DNA 

og PCR-produkter. 

Projektdeltagere skal isolere og karakterisere DNA fra blod. 

Herefter skal udvalgte genetiske CYP-variationer bestemmes ved Real-Time polymerase chain 

reaction (PCR) og betydningen af disse diskuteres. 

Minikurser 




Udvalgte kapitler i Kampmann et al. ”Basal og Klinisk Farmakologi”. FADL´s forlag. 

Brøsen K, ”Klassisk farmakogenetik” Ugeskr Læger 2005; 167/20: 2143-5. 

26


Projekt 25. Genregulatoriske RNA molekyler. 

Vejleder: Poul Valentin-Hansen; valentin@bmb.sdu.dk 




Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltager. En gruppe kan arbejde med projektet. 


Keywords: Genregulering, Molekylær biologi, Mikrobiology 

Abstract 

Gennem de seneste år er det blevet klart at små RNA molekyler (sRNAer) spiller en afgørende 

rolle for regulering af genudtryk i alle typer af organismer. Mange af disse RNAer virker vha. 

base-parring til bestemte mRNAer, herved translationen af mRNAerne påvirkes enten negativt 

eller positivt. I særdeleshed har man fundet at baseparrende sRNAer er meget vigtige for differentiering 

af celler. 

Bakterier som E. coli og Salmonella kan, afhængig af omgivelserne, udvise fundamental forskellig 

adfærd. De kan forekomme som bevægelige enkeltceller, der svømmer rund og opsøger den 

bedste føde, eller som fastsiddende celler der danner en ekstracellulær matrix, som giver anledning 

til celle-aggregering og dannelse af biofilm. Skiftet fra den mobile enkelt-celle livsstil til 

den adhæsive multicellulære livsstil kræver en drastisk omprogrammering af genudtryk og involverer 

bl.a. syntese af adhæsive fiber på overfladen af cellerne. Disse bestå af sukkerpolymere 

(cellulose og kitin) eller en proteinpolymere kaldet curli. Dannelse af adhæsive fiber kan let moniteres, 

idet disse binder til det hydrofobe farvestof Congo Red. Herved farves kolonier af adhæsive 

bakterier røde når de gror på agar plader. Syntese af adhæsive fiber resulterer desuden i coaggregering 

af celler og dannelse af kolonier med en bestemt morfologi. 

I projektet skal vi vha. de beskrevne fænotyper undersøge, hvorledes ekspression af en række 

sRNAs påvirker syntesen af curli og kitin fiber og dermed den adhæsive multicellulære livsstil. 

Minikurser 




Barnhart MM, Chapman MR (2006) Curli biogenesis and function. Annu Rev Microbiol 60: 131- 

147. Jørgensen MG, Nielsen JS, Boysen A, Franch T, Møller-Jensen J, Valentin-Hansen P Small 

regulatory RNAs control the multi-cellular adhesive lifestyle of Escherichia coli. Mol Microbiol 

in Press. 

27


Projekt 26. Gensekventering og artsbestemmelse 

Vejledere: Finn Kirpekar, f.kir@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere pr. gruppe. 1 gruppe kan arbejde med projektet 


Keywords: Nye organismer, DNA, evolution, molekylærbiologi 

Abstract 

Hvordan bestemmer man egentlig slægtskabet mellem forskellige organismer? På en eller anden 

måde kikker man på ligheder og forskelle; men hvilke egenskaber er relevante at sammenligne 

og på hvilket niveau skal man undersøge? F.eks. ligner mange mikroorganismer hinanden under 

mikroskopet og kan derfor ikke umiddelbart identificeres. Moderne metoder til identifikation er 

baseret på gensekvenser. Ændringer i gensekvenser er et resultat af organismers evolution, og 

DNA-sekvenser giver således information om organismens placering på livets træ (organismernes 

"fylogeni"). 

Under projektet vil deltagerne isolere DNA fra en selvvalgt organisme, som endnu er ikke blevet 

karakteriseret ved gensammenligning. På baggrund af litteratur- og databaser-studier udvælges 

gener, som er velegnede til artsbestemmelse, og amplificeres v.h.a. polymerase chain reaction 

(PCR). De resulterende gener sekventeres og resultaterne sammenlignes med informationer i databaser, 

således at man kan bestemme organismens identitet og relationer til andre organismer. 

Et vellykket resultat vil blive deponeret i en database (GenBank), og vil således være en bidrag 

til vores samlede viden om livets diversitet. 

Der vil blive anvendte standardteknikker til arbejde med DNA, herunder oprensning, PCR og 

gensekventering (evt. kloning), samt arbejde med databaser på internettet og anvendelse af computerprogrammer 

til sekvensanalyse og fremstilling af fylogenetiske træer. 

Minikurser 




J. B. Reece et al. Campbell Biology (9. udgave). Kapitel 20 (s. 449-451) og Kapitel 26. 

Ratnasingham, S. & Hebert, P. D. N. (2007). BOLD: The Barcode of Life Data System 

(www.barcodinglife.org). Molecular Ecology Notes 7, 355–364. 

J. R. Cole et al. (2008): The Ribosomal Database Project: improved alignments and new 

tools for rRNA analysis. Nucleic Acids Res. 37, Database issue D141–D145. 

28


Projekt 27. HIV lægemidler 

Vejleder: Erik Bjerregaard Pedersen, erik@sdu.dk 


Praktisk del: Laboratoriearbejde med syntese i de midterste projektuger 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere 


Keywords: HIV, AIDS, medicinalkemi, kemisk litteratursøgning, organisk kemi, syntese 

Abstract 

De første patenter på lægemidler mod HIV er allerede udløbet. Der er derfor gode muligheder for 

at markedsføre konkurrencedygtige produkter, som vil gøre AIDS medicin billigere. I projektet 

skal du komme med dit forslag til hvilken syntesevej, der kan vælges. Dette gøres på grundlag af 

litteraturstudier, hvor du får overblik over godkendte HIV lægemidler og deres virkningsmekanisme. 

For det valgte lægemiddel laves der en oversigt over mulige syntesemetoder, der er beskrevet 

i litteraturen. Der udarbejdes et program for, hvordan et enkelt eller flere trin i syntesemetoden 

kan gennemføres. Dette efterprøves i laboratoriet på et passende modelsystem, eller evt. 

på selve drugsyntesen. Den praktiske del af projektet udføres i et øvelseslaboratorium ved Institut 

for Fysik og Kemi, hvor den praktiske del har følgende indhold: 

• Litteratursøgning efter egnede syntesemetoder 

• Laboratoriesynteser 

• Verifikation vha. spektroskopi 

Minikurser 




De Clercq, Erik, New Approaches toward Anti-HIV Chemotherapy, Journal of Medicinal Chemistry 

(2005), 48(5), 1297-1313. 

Der udleveres tutorials til SciFinder til oplæring i kemisk litteratursøgning. 

29


Projekt 28. Hormone and cytokines regulation of 

cellular processes in cells of mesenchymal origin 

Vejleder: Irina Kratchmarova, ihk@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: CEBI 

Gruppeplacering: Biblioteket eller BMB, bygning 37 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere, 1 gruppe kan arbejde med projektet 

Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 og NAT507 studerende. The project will be 

held in English 

Keywords: signaling, secreted hormones and cytokines, inhibitors 

Abstract 

The response of cells to even slight changes in the cellular microenvironment determines the reaction 

of the whole organism and its ability to adapt to macroenvironmental alterations. The different 

cell types that build the various organs and tissues have an enormous potential to produce 

proteins that once secreted in the extracellular space exert their action in an auto-, para- and/or 

endocrine manner. The secreted factors, which range from large proteins to short peptides, are 

divided into different groups or classes according to their structural properties and function. The 

prototypical secreted proteins are represented by the group of proteins found in the blood stream 

and other body fluids, the components of the extracellular matrix and enzymes released in the 

intestine and stomach. An intriguing group of secreted factors comprise cell surface receptor 

ligands, such as hormones, growth factors and cytokines. These proteins exert their actions either 

on limited number of responsive tissues or act on virtually all cell types dependent on the expression 

of their specific receptors. It is essential to decipher in depth the signaling events that are 

triggered by the various hormones and growth factors to understand the general mechanisms of 

the biological processes that occur in a strictly controlled fashion in both space and time. The 

processes that secreted factors can influence and directly regulate can range from cellular differentiation, 

growth and survival to apoptosis, autophagy and ageing. In addition, a growth factor 

can often exert a divergent and even opposite effect depending on the cell type and cellular state. 

Malfunction of the signaling cascades orchestrated by secreted factors can have severe consequences 

and lead to development of a series of complicated diseases and disorders. 

Plan for experimental work: In this project we will study the effect of specific hormone /cytokine 

treatment of human and mouse mesenchymal cells, such as fat, muscle, bone or blood cells. Using 

Western blotting the changes induced by differential treatment will be observed and validated. 

The utilization of inhibitors of cell signalling would underscore the importance of a given 

signalling pathway in the determination of the mesenchymal cell fate. The project provides an 

opportunity to work with cell culture and some of the basic molecular biology techniques. 

Minikurser 




Kratchmarova I, Blagoev B, Haack-Sorensen M, Kassem M, Mann M. Mechanism of divergent 

growth factor effects in mesenchymal stem cell differentiation. Science. 2005;308(5727):1472- 

7.; Schlessinger J. Cell signaling by receptor tyrosine kinases. Cell. 2000, 103(2):211-25.; Hunter 

T. Signaling--2000 and beyond. Cell. 2000, 100(1):113-27. 

30


Projekt 29. Hvad sker der på bunden af den 

Mexicanske Golf? 

Vejleder: Hannah Sophia Weber, hannah@biology.sdu.dk 

Kirsten Habicht, khabicht@biology.sdu.dk 





Kommentarer: Vejledning vil være på engelsk 

Projektet tilbydes til NAT501 studerende. 

Keywords: Sediment fra dybhavet, Mexicanske Golf, kulstof og svovl kredsløbet 

Abstract 

På bunden af den Mexicanske Golf findes højsaline søer (brine-søer) og mudder vulkaner. Vandet 

i disse miljøer strømmer op til havbunden fra de dybe lag under sedimentoveroverfladen og 

er ekstremt saltholdigt, iltfrit og indeholder store mængder af energirige 

komponenter, som kan bruges som føde for mange forskellige mikroorganismer 

(Joye et al., 2009). Habitaterne omkring brine-søerne 

og mudder vulkanerne er meget forskellige, og mikrobiologien under 

disse forhold er endnu ikke velbeskrevet. 

Hvilke bakterier er de mest aktive og hvordan er de tilpasset de forhold 

Fig. 1. Udgasning mudder vulkan; foran: arm 

af forsknings ubåd Alvin (M. Joye). 

de lever under? Hvordan får de energi og hvordan påvirker de stofkredsløbet? 

Hvad fortæller disse ekstreme forhold os om jordens evolution? 

Ved at manipulere biogeokemien i sediment (slurry) inkubationer, kan 

vi få en indsigt i kulstof (især acetat og metan) samt svovl kredsløbet, 

samt indsigt i metabolismen af de involverede bakterielle samfund i 

forskellige brine-søer of mudder vulkaner. 

I vil lære biogeokemiske standardmetoder som f.eks. forberedelse af 

slurry, udtagelse af sediment- og porevandsprøver, ekstraktion og bestemmelse 

af porevandets komponenter og bestemmelse af metankoncentrationer. 

Minikurser 




1. Joye SB, Samarkin VA, Orcutt BN, MacDonald IR, Hinrichs K-U, Elvert M, Teske AT, 

Lloyd KG, Lever MA, Montoya JP, Meile CD (2009) Metabolic variability in seafloor brines 

revealed by carbon and sulphur dynamics. Nature Geoscience 2, 349-354. 

2. Orcutt B, Samarkin VA, Boetius A, Joye SB (2008) On the relationship between methane production 

and oxidation by anaerobic methanotrophic communities from cold seeps of the Gulf of 

Mexico. Evironm. Microbiol. 10 (5), 1108-1117. 

3. Orcutt B, Boetius A, Elvert M, Samarkin VA, Joye SB (2005) Molecular biogeochemistry of 

sulfate reduction, methanogenesis and the anaerobic oxidation of methane at Gulf of Mexico cold 

seeps. Geochim. Et Gosmochim. Act. 69 (17), 4267-4281. 

31 

Fig. 2. Svovl skorpe på bunden af Meksikanske 

Golf (HS Weber)


Projekt 30. Hvordan opstår en Listeria infektion? 

Vejleder: Birgitte H. Kallipolitis, bhk@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Instituttets øvelseslaboratorium og/eller forskningsgruppens laboratorium 

Gruppeplacering: Biblioteket eller BMB. 



Keywords: Infektionssygdomme, patogene bakterier 

Abstract 

Infektionssygdomme udgør på verdensplan en af de hyppigste årsager til dødsfald. Sygdomme så 

som tuberkulose, meningitis, lungebetændelse, kolera, diarré, mavesår samt visse former for 

kræft kan således skyldes patogene bakterier. For en patogen bakterie er evnen til at vokse og 

overleve under stressende omstændigheder af stor betydning for bakteriens sygdomsfremkaldende 

evne. Under en infektion bliver bakterierne udsat for et massivt angreb fra værtsorganismens 

immunsystem samt – hvis infektionen bliver behandlet – antibiotika. I det ydre miljø bliver patogene 

bakterier ligeledes udsat for stress. F.eks. skal bakterier på vores hud kunne modstå udtørring 

og sur pH, og fødevarebårne patogene bakterier skal kunne overleve og vokse under omstændigheder, 

som normalt benyttes til at forlænge holdbarheden af vores fødevarer. 

I projektets teoretiske del kan man beskæftige sig med den fødevarebårne infektionssygdom 

Listeriose, som forårsages af bakterien Listeria monocytogenes (se billedet nedenfor). Listeriose 

er en livstruende sygdom med en høj dødelighed (ca. 30%). I løbet af 2011 har bakterien bl.a. 

været årsag til et større udbrud i USA pga. kontaminerede cantaloupe meloner (se billedet nedenfor). 

I projektets praktiske del kan man undersøge, hvordan bakterien Listeria monocytogenes 

responderer på forskellige stressomstændigheder, svarende til hvad bakterierne kan bliver udsat 

for under en infektion og/eller i miljøet. Det vil f.eks. være muligt at undersøge, hvordan bakterier 

kan overleve kroppens forsvarsmekanismer, antibiotika, metoder til fødevarekonservering, 

eller rengøring af f.eks. hospitalsudstyr. Metoder, som kan anvendes i projektet, inkluderer: 

vækstforsøg, drabsforsøg, DNA- og proteinoprensning, gelelektroforese, PCR til identifikation af 

bakterier, m.fl. 

Minikurser 


Anbefalede: Ingen. 

Listeria Cantaloupe melon 


US outbreak: http://en.wikipedia.org/wiki/2011_United_States_listeriosis_outbreak 

32


Projekt 31. Hvordan tegner man en ret linje? 

Vejleder: Bjarne Toft, btoft@imada.sdu.dk 


Praktisk del: Teoretisk arbejde 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. En gruppe kan arbejde med projektet 


Keywords: Ret linje, cirkel, punkts potens, elementær plangeometri. 

Abstract 

Hvis man ikke har en lineal, findes der så en måde at sætte nogle pinde sammen på, så man får et 

apparat der kan tegne en perfekt ret linje (på samme måde som passeren tegner en perfekt cirkel)? 

Svaret er JA - at finde ud af det involverer et studium af elementær plangeometri. Elementære 

resultater om punkter, linjer og cirkler i planen skal benyttes for at løse problemet. Efter at 

problemet er løst kan det for eksempel overvejes hvor få pinde der skal til. Og man kan jo evt. 

lave apparatet rent fysisk og se om det også virker i praksis! 

Minikurser 




Der udleveres en artikel af Julius Petersen fra 1880‟erne, med nutidige kommentarer (af vejlederen). 

Geometri skolebøger (fra dengang geometri var mere i højsædet) vil også blive udleveret 

som baggrundsmateriale. 

33


Projekt 32. Høretest af marsvin 

Vejleder: Meike Linnenschmidt og Magnus Wahlberg, magnus@fjord-baelt.dk 


Praktisk del: Marinbiologisk Forskningscenter, Kerteminde 


Gruppestørrelse: 3-5. En gruppe kan arbejde med projektet 


Keywords: marsvin, bioakustik 

Abstract 

Marsvinet bruger ekkolokalisering til orientering og fiskefangst under vandet. Ekkolokalisering 

består af to dele: lydproduktion og hørelse. Marsvin og andre tandhvaler producerer lyde af høje 

frekvenser i væv lige under blæsehullet. De dirigerer lyden ud fra hovedet med hjælp af en slags 

fedtvæv som kaldes melonen. Når lyden rammer en fisk og andre ting i vandet kommer der ekkoer 

tilbage. Disse ekkoer kan marsvinet høre og bruge dem for at finde ud af, hvilken slags genstand 

det drejer sig om. Derfor er hørelsen en meget vigtig sans for marsvinet, og den er meget 

specialiseret hos denne art. 

Men, hvad og hvordan hører marsvin? 

I gamle dage var det meget tidskrævende at træne dyr til en høretest. Med en ny metode som 

hedder ABR (engelsk for Auditory Brainstem Response) er det nemmere og hurtigere at undersøge 

hørelsen fra mange forskellige dyr. Hos marsvinene sætter vi små elektroder i sugekopper 

på ryggen. Med elektroderne kan vi optage signalerne fra marsvinets hjerne. Gennem at afspille 

lyde for marsvinet imens vi måler dets hjerneaktivitet kan vi finde ud af hvor godt marsvinet hører. 

De studerende lærer om marsvinenes biologi (specielt høresansen), træning af dyr, den fysiologiske 

metode ABR, teknisk udstyr og analyse af data med forskellige computer programmer. 

Minikurser 


Anbefales: Ingen 


34


Projekt 33. Hånddominans hos aber i ZOO 

Vejleder: Ole Næsbye Larsen, onl@biology.sdu.dk 


Praktisk del: Odense ZOO 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max. 5 deltagere. To grupper kan arbejde med projektet. 


Keywords: Hånddominans, adfærdsbiologi, ZOO 

Abstract 

Dyrs adfærd lader sig med fordel studere i zoologiske haver, akvarier og dyreparker. Her kan 

man være sikker på, at dyrene er til stede og kan iagttages, hvad der ikke altid er tilfældet i naturen. 

Dyrenes adfærd påvirkes selvfølgelig af de kunstige forhold, som de holdes under, idet for 

eksempel fødetilgængelighed, prædationsrisiko og parringsmuligheder er anderledes og ofte mere 

begrænsede end under naturlige forhold. Der er dog andre sider af dyrenes biologi, som må 

forventes ikke at influeres af de unaturlige forhold i Zoo. For eksempel kan man undersøge, om 

der er hånddominans hos en abeart, idet aber evolutionært står mennesker nær, og de fleste mennesker 

som bekendt er mere tilbøjelige til at bruge højre hånd til krævende opgaver (har højrehåndsdominans) 

end venstre hånd. Det er dog også muligt at studere såkaldt lateralisering hos 

andre dyregrupper i Zoo. 

I projektet arbejdes for eksempel med den store gruppe af svinehaleaber i Odense Zoo. I en 

kortvarig forundersøgelsesfase gør projektdeltagerne sig bekendt med abeflokken og mulighederne 

for visuel observation samt skaber overblik over de situationer, hvor hånddominans potentielt 

kommer til udtryk i forbindelse med for eksempel fødesøgning, pelspleje og aggressive interaktioner. 

I designfasen defineres ud fra forundersøgelsen målbare adfærdsvariable og det besluttes, 

hvorledes data skal indhentes og registreres. Her kan være tale om registrering med papir 

og blyant, med diktafon eller med videooptagelse. Desuden besluttes det, hvilken statistik der 

skal bruges i analysen af de indhøstede data, og det vurderes, hvor mange data der skal indhentes, 

og hvor mange dyr der skal observeres, for at en klar konklusion kan opnås. I dataindhøstningsfasen 

er alle projektdeltagere aktive i forståelse med dyrepasserne. Dersom der hurtigt viser 

sig et tydeligt billede, kan man overveje at udvide undersøgelsen med et eksperimentelt element. 

For eksempel kan man lade aberne løse en manuel opgave, idet man forinden har opstillet 

en klar hypotese og klare forudsigelser, som lader sig teste. 

Minikurser 




Uddrag af bogen: P. Martin & P. Bateson (2007): Measuring Behaviour. An Introductory Guide, 

Cambridge University Press. 

To instruktionsvideoer om metoder til brug ved adfærdsobservationer. 

35


Projekt 34. Identificere bakterier og deres funktion i 

naturlige miljøer med nye molekylærøkologiske 

teknikker 

Vejleder: Kirsten Habicht, khabicht@biology.sdu.dk 

Hannah Sophia Weber, hannah@biology.sdu.dk 

Institut: Biologisk Institut (BI) 

Praktiske del: Biologisk Institut. Prøveindsamling (1 dag) 




Keywords: Bakterier, mikrobiologi, fluorescens mikroskop, protomics. 

Abstract 

Bakterier findes over alt. Nogle er skadelige for os mennesker, men de fleste i naturen er livsnødvendige 

for at vi overhoved kan leve på Jorden, da bakterier har stor betydning for at opretholde 

det økologiske stofkredsløb. Der er derfor stor interesse at finde ud af hvilke bakterier som 

lever i naturen, hvor mange der er af dem og hvad de laver. I de seneste år har det været muligt at 

identificere bakterier direkte fra naturen ved at fluorescensfarve bakteriernes DNA eller RNA 

hvorved bakterierne bliver synlige i et fluorescens mikroskop. Endvidere kan bakteriernes gen og 

protein materiale fortælle hvilken funktion de potentielt kan udføre. I dette projekt vil vi bruge 

nogle af de nye molekylærøkologiske teknikker til at kvantificere og identificere bakterie fra forskellige 

naturlige miljøer. For at kvantificere bakterierne kan vi undersøge 2 forskellige metoder 

(DAPI og CYBR green) og undersøge hvilke fordele og ulemper der er ved hver at disse metoder. 

For at identificere bestemte bakterier grupper fra det naturlige miljø vil I lære fordele og 

ulemper ved de kendte fluorescens in-situ hybridiserings teknikker (FISH, cardFISH og mar- 

FISH) og anvende den metode som bedst passer til det miljø I ønsker at arbejder med. Endvidere 

kan vi måle hvor meget protein vi kan ekstraheret fra et naturligt miljø og kvantificere hvor meget 

materiale vi skal bruge til en proteom analyse. 

Minikurser 




Bottari, B, Ercolini D., Gatti, M & Neviani E (2006). Application of FISH technology for microbial 

analysis: current state and prospects. Appl. Microbiol. Biotechnol. Vol 73:485-494. 

Keller, M and Hettich R. (2009); Environmental Proteomics: a Paradigm shift in characterizing 

microbial activities at the molecular level. Microbiology and Molecular Biology Reviews, Vol. 

73: 62-70. 

36


Projekt 35. I fodsporene på Alexander Fleming 

Vejleder: Michael Forth, mforth@biology.sdu.dk 

Alexander Treusch, atreusch@biology.sdu.dk 

Institut: Biologisk Institut (BI) 



Gruppestørrelse: Mindst 3 og max. 5 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 og NAT507 studerende. Vejledning foregår 

på engelsk 

Keywords: Mikrobiologi i miljøet, organismer med antibiotiske egenskaber, antibiotika 

Abstrakt 

I 1928 blev penicillin opdaget af den skotske bakteriolog Alexander 

Fleming og dermed revolutioneredes verdenen indenfor medicin 

og biologi. Opdagelsen af antibiotika medførte, at selv alvorlige 

sygdomme kunne bekæmpes effektivt og derigennem øgedes også 

muligheden for at helbrede inficerede mennesker og dyr. 

Siden er opdagelsen af mange andre antibiotika strømmet til og vi 

tager ofte lægemidlerne for givet uden at tænke over, hvor de 

kommer fra eller hvordan de er blevet til. 

I dette projekt vil vi forsøge at finde, isolere og karakterisere antibiotika-producerende mikroorganismer 

fra miljøet omkring os. Til dette anvendes klassiske mikrobiologiske metoder som berigede 

vækstmedier og selektive substrater. 

Vi vil altså prøve at gå samme vej som Sir Alexander Fleming, dog med den forskel at vi på forhånd 

ved, hvad vi leder efter og at vi har moderne mikrobiologiske hjælpemidler til rådighed. 

Minikurser 




4. M.T. Madigan, J.M. Martinko: Brock Biology of Microorganisms, 11. Edition 

5. Chapter 5: Nutrition, Laboratory Culture, and Metabolism of Microorganisms 

6. Chapter 18: Methods in Microbial Ecoloy 

37


Projekt 36. Iltdynamik i marine sedimenter 

Vejleder: Ronnie N Glud, rnglud@biology.sdu.dk 






Keywords: Fotosyntese, respiration, fauna, mikrosensorer 

Abstract 

Produktionen og nedbrydningen af organisk materiale i havbunden spiller en afgørende rolle for 

de biologiske og kemiske forhold i kystnære områder. Eksempelvis spiller balancen mellem bentiske 

mikroalgers fotosyntese og bakteriers (samt faunaens) respiration en stor rolle for ilttilgængeligheden 

ved havbunden. Denne balance styres af mange fysiske og kemiske forhold 

så som: temperatur, lys, hydrodynamik, salinitet, næringssalts koncentration, fauna aktivitet og 

sedimentation. 

Ved hjælp af mikrosensorer og forskellige inkubations kan vi undersøge hvorledes iltforholdene i 

havbunden varierer og hvordan forskellige faktorer regulerer iltsvindsdynamikken langs de danske 

kyster. Det er dog også muligt at se på andre beslægtede problemstillinger - eksempelvis betydningen 

af fauna for ventilationen af havbunden eller betydningen af bentiske mikroalger for 

the overordnede primær produktion eller nærringssalt dynamik i kystnære farvande. 

Minikurser 




Tema-raport fra DMU 42/2002 ”Stofomsætning i havbunden” 

Glud og Kühl (2006) kap 2” Havbundens stofomsætning ” i Naturen i Danmark: Havet 

(Eds:T Fenchel & K Sand Jensen),. Gyldendal 

Glud (2008) Oxygen dynamics of marine sediments. Mar Biol Res 4:243-289 

38


Projekt 37. Importance of protein tyrosine 

phosphorylation for normal and cancer cell signaling. 

Vejleder: Blagoy Blagoev, bab@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: CEBI 

Gruppeplacering: Biblioteket eller BMB, bygning 37 


Kommentarer: The project will be held in English. 

Projektet tilbydes til NAT501 og NAT507 studerende. 

Keywords: signaling, phosphorylation, cancer, kinases, phosphatases, inhibitors 

Abstract 

In multicellular organisms the proper function and survival of every cell is dependent on intercellular 

signalling networks that control cells‟ growth, differentiation and metabolism. Deregulation 

of signaling, e.g. loss of growth control, is at the heart of numerous human diseases including 

cancer. Growth factors like the epidermal growth factor (EGF), nerve growth factor (NGF) and 

Insulin among others play a central role in these processes. The most distinguishing feature of 

the cellular signaling initiated by growth factors is the flow of tyrosine phosphorylation events 

occurring in the cells immediately after hormone stimulation. Improper actions of the proteins 

responsible for the reversible tyrosine phosphorylation, namely tyrosine kinases and phosphatases, 

are found in all human cancers and are the main cause for developing and maintaining the 

disease state. Therefore, the development of specific inhibitors to various kinases and phosphatases 

take a central part of the drug-developing industry today. 

Plan for experimental work: In this project we will study protein tyrosine phosphorylation induced 

by growth factors in cancer cell lines using immunoprecipitation and Western blotting. 

This experiment will be repeated using specific inhibitors of tyrosine phosphatases in order to 

compare the cellular effects under these experimental conditions. The project will reveal both the 

global cellular phosphorylation responses as well as some of the key proteins involved in the 

signaling initiated by growth factors. The project provides an opportunity to work with cell culture 

and some of the major molecular biology techniques. 

Minikurser 




Blume-Jensen P, Hunter T. Oncogenic kinase signalling. Nature. 2001, 411(6835):355-65. 

Schlessinger J. Cell signaling by receptor tyrosine kinases. Cell. 2000, 103(2):211-25. 

Hunter T. Signaling--2000 and beyond. Cell. 2000, 100(1):113-27. 

39


Projekt 38. Indkapsling af hydrofile molekyler i 

nanocontainere 

Vejleder: Pierre-Alain Monnard, monnard@sdu.dk 


Praktisk del: FlinT lab 

Gruppeplacering: Bibioteket 

Gruppestørrelse: mindst 3 og max 3 deltagere / En gruppe kan arbejde med projektet. 


Keywords: Indkapsling, Enkelt kæde amphiphiler, Vesikler, Ladede molekyler, protoceller 

Abstract 

Det er essentielt at forstå de processer der fører til indkapsling og tilbageholdelse af hydrofile 

molekyler i nanocontainere, som f.eks. fedtsyre visikler. Disse kan anvendes i forbindelse med 

udviklingen af nye leveringssystemer til lægemidler, til udviklingen af kemiske og biokemiske 

fabrikker på nanoskala såvel som til udvikling af protoceller. 

40 

Figur 1. Projekt skema. (1)-(5) Her ses fem 

forskellige enkelt kæde amphiphile blandinger. 

Hvis R er C17H35 (en dobbletbinding 

mellem C9 og C10) (1) oliesyre, en 

fedtsyrer (2) oliesyre og dens alkohol (3) 

oliesyre og glycerol monooleate, (4) oliesyre 

og oleyl amine (5) oliesyre og oleyltrimethyl-ammonium. 

Til venstre ses en skematisk repræsentation 

af projektets mål. Fra venstre mod højre en 

blanding af amphiphile molekuler som kan 

indkapsle hydrofile molekyler, en som er 

utæt og en blanding som ikke danner stabile 

vesikler. 

I dette projekt skal de studerende fremstille vesikler ud fra blandinger af amphiphile molekyler, 

der skal indkapsle hydrofile molekyler. Derefter skal indkapslings egenskaberne af vesiklerne 

sammenlignes på baggrund af deres sammensætning af amphiphile molekyler. Indkapslingen/tilbageholdelsen 

overvåges vha. en fluorescerende markør eller et kromofort reporter molekyle. 

Minikurser 


Anbefalede: Igen 


Monnard PA and Deamer, DW 2003 Methods in Enzymology, 372, 133-151. 

Maurer et al., 2009 Astrobiology, 9, 979-987 

Lakowicz, J.R., Principles of Fluorescence Spectroscopy, second Edition 1999.


Projekt 39. Interaktioner mellem kardiologiske 

lægemidler 

Vejleder: Anton Pottegård apottegaard@health.sdu.dk 

Institut: Sundhedstjenesteforskning afd. Klinisk farmakologi 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere. Én gruppe kan arbejde emd projektet. 


Keywords: evidensbaseret lægemiddelanvendelse, lægemiddelinformation, simvastatin 

og interaktioner 

Abstract 

Odense Universitetshopsital har (i samarbejde med Syddansk Universitet) en Klinisk Lægemiddelrådgivning. 


sig vedrørende patientspecifikke lægemiddelproblemer. Spørgsmålene er ofte pga den specifikke 



special litteratur og den nyeste forskning for at give et kvalificeret svar. Alle spørgsmål 

besvares ud fra videnskabelige evidensbaserede principper. Denne case tager dermed udgangspunkt 

i et konkret henvendelse fra en praktiserende læge: 

En 53-årig mand har igennem længere tid været i behandling for forhøjet blodtryk og type-2diabetes. 

Efter at patienten har fået konstateret hjerteflimmer er patienten blevet opstartet i verapamil 

(depottablet) 200mg 1 tablet dagligt. Patienten udvikler få dage efter opstart med verapamil 

kraftige muskelsmerter. Det mistænkes at dette skyldes at patienten også får simvastatin 

40mg 1 tablet dagligt, da muskelsmerter er en kendt bivirkning til dette præparat. 

Hvad er årsagen til at symptomerne optræder nu? 

Er det nødvendigt at skifte simvastatinbehandlingen? 

Minikurser 





2003. Ugeskr Læger 2004;166(45):4030 


41


Projekt 40. Interaktion mellem fiskeolie og 

acetylsalicylsyre og warfarin 

Vejleder: Dorthe Dideriksen ddideriksen@health.sdu.dk 

Institut: Sundhedstjeneste forskning afd. Klinisk farmakologi 




Keywords: evidensbaseret lægemiddelanvendelse, lægemiddelinformation, fiskeolie, acetylsalicylsyre, 

warfarin og blødning. 

Abstract 

Odense Universitetshospital har (i samarbejde med Syddansk Universitet) en Klinisk Lægemiddelrådgivning. 


sig vedrørende patientspecifikke lægemiddelproblemer. Spørgsmålene er ofte pga den specifikke 



special litteratur og den nyeste forskning for at give et kvalificeret svar. Alle spørgsmål 

besvares ud fra videnskabelige evidensbaserede principper. Denne case tager dermed udgangspunkt 

i et konkret henvendelse fra en praktiserende læge: 

En 65-årig mand med atrieflimren og mekaniske hjerteklapper behandles med warfarin og Hjertemagnyl, 

begge lægemidler der er kendt for at øge risikoen for blødning. Patienten vil gerne 

tage fiskeolie da han har hørt, at det er ”godt for hjertet”. Lægen spørger derfor, 1) hvilken koagulationshæmmende 

effekt fiskeolier har og 2) vil fiskeolier medføre en øget risiko for blødninger, 

når patienten også behandles med warfarin og acetylsalicylsyre? 

På baggrund et en udtømmelig søgning af tilgængelig videnskabelige litteratur skal projektet forsøge 

at afdække en problemstilling som er på grænsen af den viden som vi har i dag 

Minikurser 





2003. Ugeskr Læger 2004;166(45):4030 


42


Projekt 41. Invasive marine arter – truer de 

havmiljøet? 

Vejleder: Erik Kristensen, ebk@biology.sdu.dk 






Keywords: Nye arter, biodiversitet, økosystem, konkurrence 

Abstract 

Invasive arter er arter, der ikke er naturligt hjemmehørende i Danmark, men som ved menneskets 

hjælp er introduceret til landet. Ordet invasiv er i sit udgangspunkt aggressivt og indikerer en invandring 

som går ud over nogen. I nogle tilfælde er dette rigtigt, men i andre er det tale om en 

mere gradvis og i nogle tilfælde naturlig udveksling af arter (husk der er også nogle arter som 

forsvinder!), som endda kan vise sig at være gavnlig. Tilfældige og midlertidige gæster forekommer 

desuden ofte. De skadelige invasive arter klarer sig imidlertid så godt i den danske natur, 

at de fortrænger den naturlige danske flora og fauna. Disse arter er i stand til at udkonkurrere 

de specialiserede og lokalt tilpassede arter, og på længere sigt kan de således føre til en markant 

ændring i naturtyper og økosystemer og være med til at mindske biodiversiteten i naturen. 

Der er ikke overblik over antallet af invasive marine arter i Danmark, men der er helt sikkert tale 

om mange. Blandt planter, alger og invertebrater er der tale om mindst 50 arter. Blandt de mest 

kendte kan nævnes dræbergoplen (Mnemiopsis leidyi), stillehavsøsters (Crassostrea gigas) og 

vadegræs (Spartina anglica). Disse tre arter har skabt problemer ved henholdsvis at æde fiskeæg, 

udkonkurrere muslinger og dække havbunden så fugle og fisk ikke kan få plads. 

Hvor aggressive er så de enkelte arter? Det er ikke altid sikkert at en invasiv art udgør et problem 

eller en trussel. Det er derfor vigtigt at have viden om hvor en art kommer fra, dens udbredelsespotentiale, 

dens effekt på andre arter og dens økologiske effekter (ændringer i fødekædestruktur, 

næringsstofkredsløb osv). 

Emnet kan belyses ved indsamlinger af udvalgte invasive arter på forskellige lokaliteter omkring 

Fyn. Dette skal kombineres med litteratursøgning om disse arter. 

Minikurser 




www.nobanis.org (en hjemmeside om invasive arter i Europa) 

http://www.naturstyrelsen.dk/Naturbeskyttelse/invasivearter (Naturstyrelsens hjemmeside om 

invasive arter) 

Craig, M. T. (2010). Pattern versus process: broadening the view of marine invasive species. 

Mar. Biol. 157: 2127–2128 

Nyberg, C. D., Thomsen, M. S., Wallentinus, I. (2009). Flora and fauna associated with the introduced 

red alga Gracilaria vermiculophylla. Eur. J. Phycol. 44: 395–403 

43


Projekt 42. Kaos 

Vejleder: Paolo Sibani, paolo.sibani@sdu.dk 


Praktisk del: 

Gruppeplacering: FKF (fysik) 


Kommentar: Projektet tilbydes til NAT501 studerende. 

Keywords: Dynamik, kaos, signalanalyse, modellering, numerisk fysik 

Abstract 

Ofte har man brug for viden om hvordan et dynamisk system, fx et vejrsystem, en fiskebestand 

eller en kemisk reaktion udvikler sig i tiden. Vor opfattelse af hvor meget man kan vide har 

aendret sig dramatisk i de sidste 100 aar. Paa den ene side har kraftige computere sat os i stand til 

at udfoere meget komplekse beregninger paa meget kort tid. Paa den anden side har kvantemekanikken 

, og sidenhen kaosteori sat forskellige principielle begraesninger paa hvad i det hele 

taget kan maales , vejes og beregnes: I et kaotisk system vil en vilkaarlig lille usikkerhed paa begyndelsestilstanden 

vokse sig stor og dermed umuliggoere praecise forudsigelser af tidsudviklingen 

over lange tidsintervaller. Kaosprojektet giver indblik i hvorfor og hvordan dette sker. Undervejs 

vil man moede flere nye begreber og teknikker fra fysik, og matematik, samt eksempler 

fra, blandt andet populationsbiologi, kemi og ingenioervidenskab. 

Projekter sigter mod at give deltagerne en viden om modellering, dvs hvordan man beskriver 

naturen med matematiske modeller, hands-on erfaring med specifikke dynamiske systemer, herunder 

isaer kaotiske systemer, og viden om hvordan man formidler sine resultater. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (LaTeX) og Matematiske metoder for fysikere og kemikere 



Noter og opgaver om kaos. 

44


Projekt 43. Konstruktioner med passer og lineal 

Vejleder: Bjarne Toft, btoft@imada.sdu.dk 


Praktisk del: Teoretisk arbejde 




Keywords: Passer, lineal, regulære n-kanter, konstruktionsmetoder, umulighedsbeviser. 

Abstract 

Lige siden Euklid skrev sine elementer for 2000 år siden har matematikere beskæftiget sig med 

konstruktioner med passer og lineal. Hvad er mon forklaringen på at vi pålægger os den restriktion, 

at det er de to eneste redskaber vi må bruge? Og hvad kan man konstruere? Omkring år 

1800 opdagede den da kun 19 årige Gauss hvordan man kan konstruere en regulær 17 kant. Og 

lidt senere i 1800 tallet fandt man ud af at det er umuligt at konstruere en regulær 18 kant. Hvad 

er grunden? Hvis man vælger ikke at bruge linealen, men kun passeren, hvilke figurer kan så 

konstrueres? Der er mange muligheder for at stille og besvare interessante spørgsmål! 

Emner: konstruktioner af regulære trekanter, firkanter, femkanter og sekskanter. Konstruktioner 

med passeren alene (f.eks. at finde midtpunktet mellem to punkter). Umuligheden af at konstruere 

en regulær 18-kant. 

Metoder: Et teoretisk studium af elementær geometri. Historiske/filosofiske overvejelser omkring 

emnet – hvad er formålet? – er det overhovedet interessant? 

Minikurser 




Emnet lægger op til et studium af Euklids Elementer (i dansk oversættelse). Noter af vejlederen 

vil også blive uddelt omkring emnets mulige problemstillinger. 

45


Projekt 44. Kosmologi 

Vejleder: Chris Kouvaris, kouvaris@cp3-origins.net 

Francesco Sannino, sannino@cp3-origins.net 

Claudio Pica pica@cp3-origins.net 


Praktisk del: Projektet er teoretisk fysisk 

Gruppeplacering: FKF 


Kommentar: Projektet tilbydes til NAT501 studerende. Projektvejledning foregår fortrinsvist 

på engelsk. 

Keywords: Kosmologi, numerisk integration 

Abstract 

I projektet opstilles en model for Universets opståen og udvikling udfra en analogi med en tung 

genstand, der kastes lodret opad, påvirket af tyngdekraften. Der tages desuden hensyn til en 

kosmologisk konstant (også kaldet mørk energi) svarende til en frastødende kraft, som vokser 

med afstanden. Den resulterende førsteordens differentialligning løses ved numerisk integration 

for forskellige værdier af Universets massefylde og den kosmologiske konstant. Der bliver forskellige 

muligheder for Universets udvikling, hvor der i nogle, men ikke i alle, forekommer Big 

Bang, disse muligheder katalogiseres. Projektet kan også indeholde en omtale af, hvordan de 

kosmologiske modeller har udviklet sig i de sidste ca. 80 år i takt med, at observationerne er blevet 

mere nøjagtige. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (LaTeX) 

Anbefalede: Matematiske Metoder for Fysikere og Kemikere. 

Litteraturliste over metode-artikler, som udleveres til de studerende 

A. Unsöld, B. Baschek, The New cosmos, 4th ed., Springer-Verlag, 1991, siderne 354-359. 

James E. Felten og Richard Isaacman, Scale factors R(t) and critical values of the cosmological 

constant Lambda in Friedmann universes, Reviews of Modern Physics, vol. 58, siderne 689-698 

(1986). 

G. Lemaitre, Un Univers Homogene de masse constant et de rayon croissant..., Annales de la 

Societe Scientifique de Bruxelles, vol. 47 A, siderne 49-59 (1927); engelsk oversættelse 

Universe of constant mass and increasing radius..., Monthly notices of the royal astronomical 

society, vol. 91, siderne 483-490 (1931). 

A. Einstein, W. de Sitter, On the relation between the expansion and the mean density of the Universe, 

Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 18, siderne 213-214 (1932). 

S. Perlmutter et al., Discovery of a supernova at half the age of the Universe and its cosmological 

implications, Nature vol. 391 side 51-... (1998); astro-ph/9712212. 

46


Projekt 45. Kunstig næse til sporing af sprængstof 

Vejleder: Kent A. Nielsen, kan@sdu.dk 






Keywords: Organisk kemi, sprængstof, landminer, analyse, nanoteknologi 

Abstract 

Oprydning af efterladte landminer og ueksploderet ammunition er både bekostelig og meget 

tidskrævende, og er forbundet med stor fare for rydderne. En minerydders arbejdsredskaber er i 

dag primært begrænset til metaldetektorer og simple metalstænger, som forsigtigt stikkes i jorden, 

samt specialtrænede hunde. Der findes i dag således ikke en simpel løsning på ovenstående 

problem, og der er et desperat behov for alternative teknologier til at spore landminer. Nye teknologier 

kunne være baseret på at spore det, som er unik for alle landminer og ueksploderet ammunition 

– nemlig sprængstoffet. 

Vi har for nyligt designet og udviklet en molekylær sensor (kunstig næse). Det unikke ved denne 

sensor er, at den med et simpelt farveskifte fra gul til grøn signalerer at den genkender (figur) 

sprængstoffet 2,4,6-trinitrotoluen (TNT), som bruges i 80% af alle kommercielle landminer. Da 

dette stof langsomt frigives fra de nedgravede landminer til den omkringliggende jord via lækager 

i landminen, vil det være mulig at spore sprængstoffet fra en jord- eller luftprøve. 

Projektet går ud på at bestemme i hvilken koncentration et sprængstof kan spores, hvilke betingelser 

sensoren virker under, samt at udføre realistiske test forsøg. Til det eksperimentelle arbejde 

anvendes UV-Vis spektroskopi og evt. andre teknikker afhængig af gruppens interesse. Med 

udgangspunkt i de opnåede resultater, vurderer gruppen sensorens potentiale og begrænsninger 

som ”kunstig næse”. 

Minikurser 




Nielsen, K. A., Cho,W-S, Jeppesen, J. O. Lynch, V. M. Becher, J. 

Sessler, J. L. J Am Chem. Soc. 2004, 126, 1629616297 

47


Projekt 46. Lægemidler, gifte og NMR 

Vejleder: Paul C. Stein, pcs@sdu.dk 






Keywords: Lægemidler, lokalisered NMR spektroskopi, MRI, fordelingscoefficienter 

Abstract 

Lægemidler skal på deres vej til målet passere gennem et eller flere membraner. ”Gode” lægemidler 

skal derfor være både fedt- og vandopløslige. Vand/oktanol fordelingscoefficienten er ofte 

brugt for at estimere de hydrofile/lipofile egenskaber af lægemidler. 

Vi skal anvende diverse former af en-dimensional MRI (kernspin resonans imaging) for at undersøge 

egenskaberne af forskellige stoffer (f.eks. lægemidler eller gifte, eller ….). Det vil især 

være interessant at undersøge indflydelsen af forskellige formuleringer. 

Projektet kan evt. inddrage diverse teoretiske aspekter. 

Minikurser 




Wikipedia 

Lægemiddelkataloget (medicin.dk) 

48


Projekt 47. Lægemidlers biofysiske kemi: barrier, 

carrier, target 

Vejledere: Relevante medarbejdere ved MEMPHYS,ogm@memphys.sdu.dk 

Institut: Institut for Fysik, Kemi og Farmaci, evt. sammen med andre institutter efter 

aftale 

Praktisk del: MEMPHYS 

Gruppeplacering: FKF og MEMPHYS 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og højst 10 deltagere fordelt på 2 hold 


Keywords: Lægemidler, membraner, drug delivery 

Abstract 

Design, formulering og fremføring af lægemidler er kritisk afhængig af den biofysiske kemi af 

lægemiddelstoffet og dets vekselvirkning med bærermedium og det biologiske miljø, hvori lægemidlet 

skal udføre sine funktioner. Centralt i denne forbindelse står kroppens barrierer, der i 

vid udstrækning er bestemt af lipider og lipidmembraners egenskaber. Ud over at udgøre en barrier 

for lægemidlers transport i kroppen er membranerne ofte et taget for lægemidlernes virkning 

på biologiske membraner, og desuden kan de udnyttes som carrier ved fremføring af lægemidlerne 

til bestemte steder i kroppen. Et vigtigt eksempel er liposomer, hvis egenskaber er inspireret 

af cellens egen membraner. 

I projektet identificeres et eller flere typiske lægemidler, og deres vekselvirkning med lipider 

studeres, for eksempel ved kalorimetriske eller spektroskopiske teknikker. Lægemidlerne kan fx 

indkapsles i liposomer, og betingelserne for deres frigivelse kan undersøges som funktion af forskellige 

parametre. 

Der foreligger muligheden for formulering af antal forskellige varianter af projektet inden for 

den generelle ramme af lægemidlers biofysiske kemi. 

De aktuelle projekter, som udformes efter individuel aftale med de studerende og vejlederne, kan 

omfatte både teoretiske og eksperimentelle undersøgelser såvel som studier af litteraturen. 

Minikurser 


Anbefalede: Ingen, men valgfrie kurser kan gennemføres efter aftale. 

Litteratur 

Life – As a Matter of fat (O. G. Mouritsen) Springer, 2005. 

Relevante specialartikler efter aftale med vejlederene. 

49


Projekt 48. Massespektrometri og proteiners 3dimensionelle 

struktur 

Vejleder: Peter Højrup, php@bmb.sdu.dk 




Gruppestørrelse: mindst 3 og max 4 deltagere; 1 gruppe kan arbejde med projektet. 


Keywords: Proteinkemi, masse spektrometri, 3-D struktur, kemiske modifikationer, kemisk 

krydsbinding, overflademærkning. 

Abstract 

Næsten alle kemiske reaktioner i organismen foretages 

af af proteiner. Disse fungerer som regel ikke alene, 

men i veldefinerede komplekser med andre proteiner/kemiske 

grupper. Den tre-dimensionelle struktur 

af proteinerne og deres komplekser er således altafgørende 

for deres funktion, og analyseres klassisk med 

røntgen krystallografi eller NMR (nuclear magnetic 

resonance). Disse metoder giver en ekstrem høj opløsning, 

men kræver meget stof med en meget høj 

renhed, og har herudover andre restriktioner. 

Ved hjælp af kemiske krydsbindere kan vi ‟låse‟ 

grupper på overfladen af et protein-kompleks, og efter spaltning og isolering af fragmenterne 

(peptider), kan vi ved hjælp af masse-spektrometri identificere disse og hvor de forekommer. 

Herved kan vi lave et overflade afstands kort af strukturen/ komplekset, og bruge det til at modellere 

hvordan proteinerne rumligt orienterer sig i forhold til hinanden. Herved har vi mulighed 

for at bestemme deres interaktioner. Alternativt kan vi kemisk modificere givne rester på overfladen 

og fastlægge hvilke dele, som er tilgængelige for solventer. Ved sammenligning af komplekset 

med de isolerede komponenter, kan de beskyttede dele og dermed interaktionen bestemmes. 

Disse analyser kan laves med meget høj følsomhed, og behøver ikke nødvendigvis at foregå 

med fuldt oprensede proteiner. 

Gruppen forventes at vælge et modelsystem (f.eks. hemoglobin (tetramer), trypsin/anti-trypsin 

komplex el.lign.), planlægge og udføre forsøg som påviser dette kompleks. En række krydslinkere, 

overflade reaktioner, masse-spektrometriske metoder og bioinformatisk software er til disposition. 

Minikurser 




Artikler omkring massespektrometri. 

Sinz A.: Chemical cross-linking and mass spectrometry to map three-dimensional protein structures 

and protein-protein interactions.Mass Spectrom Rev. 2006 Jul-Aug;25(4):663-82. 

M. I Rasmussen, J. C. Refsgaard, L Peng, G. Houen & P. Højrup, „CrossWork: Software-assisted 

Identification of Cross-linked Peptide‟ J. of Proteomics. 2011, 74, 1871-83 

50


Projekt 49. Matching schemes for the job market 

Vejleder: Sushmita Gupta, sgupta@imada.sdu.dk 


Praktisk del: Projektet er teoretisk 



Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 studerende. Projektet er særligt velegnet til 

studieordning i datalogi. Projektet, inkl. rapport og eksamen, holdes på engelsk. 

Keywords: Matching, bipartite graph, online algorithm, offline algorithm 

Abstract 

Consider a job assignment office, JAO, which matches job applicants with available positions 

depending on suitability and availability. Each applicant has a set of skills that makes him/her 

suitable for certain types of jobs. 

These assignments happen on a rolling basis, i.e, as jobs become available and interested candidates 

signup, the JAO makes a job-assignment (if it can) from the pool of unassigned candidates. 

If there are none available, then it searches the list of currently assigned candidates for someone 

who could potentially be assigned to a job that is unsuitable for any of the unattached candidates. 

An important condition for a job switch is that a previously assigned job cannot be halted because 

its worker has been assigned to something else. Therefore the JAO has 

a policy to make a switch only if there is an unassigned candidate who can take up that job. 

Too many job switches are perhaps not beneficial for the candidates, so a priori the JAO decides 

to limit the possible number of reassignments any candidate has to undergo to be no more than a 

small constant k, such as 2 or 3. The main goal is to maximize the number of job assignments. 

Situations of this nature are commonly encountered in problems related to ¨bipartite matching¨, 

both önline¨ as well as öffline¨. The goal of this project is to design, study and implement strategies 

that lead to good solutions. 

There is a lot of literature on this topic, both introductory and advanced. We will refer to some of 

them as a starting point and then try to glean ideas to develop our own strategies to make switches 

or to identify examples when switching gives no extra benefit. 

Minikurser 




Chapter 3: „‟Introduction to Graph Theory‟‟ by Douglas West. 

51


Projekt 50. Matematikken bag 3D-grafik i 

computerspil 

Vejleder: Rolf Fagerberg, rolf@imada.sdu.dk 


Praktisk del: Programmering 




studieordning i datalogi 

Keywords: 3D-grafik, transformationer, homogene koordinater, rendering, shading. 

Abstract 

I programmering af computerspil bruges mange 

metoder og teknikker fra både datalogi og matematik. 

Det mest centrale eksempel herpå er 3D 

grafik, hvor objekter opbygges af trekanter i et 

tredimensionelt koordinatsystem. For at kunne 

placere og animere de opbyggede objekter i spillene, 

er det nødvendigt at kunne translatere, rotere 

og skalere dem. Ydermere skal de projiceres perspektivmæssigt 

korrekt til skærmens to dimensioner. 

Hertil bruges matriceregning, dvs. metoder fra lineær algebra. Mens 3x3 matricer er nok til 

at implementere rotationer og skaleringer, kræver translationer og projicering 4x4 matricer. Matematikken 

bag de første tre er relativ simpel, mens projiceringen er mere involveret. Også i forbindelse 

med farvelægning (shading) af objekternes trekanter optræder der matematisk baserede 

metoder, primært vektorregning. 

Ideen med projektet er at studere principperne bag 3D spil på computere. Afhængigt af gruppen 

kan fokus i projektet flyttes mellem de datalogiske og matematiske aspekter af emnet. Eksempler 

på indgangsvinkler kan være: 

1. Et simpelt spil implementeres med fokus på et specielt område f.eks. Alternative 

inputmetoder, generering af kort, level of detail, AI etc. 

2. Opbygningen af projektions, skalerings, translations og rotations matricer kan undersøges og 

gennemgås ud fra et matematisk synspunkt. 

Minikurser 




Bemærk at den endelige liste afhænger meget af valg af retning på projektet: 

En guide til programmering af 3D spil: http://nehe.gamedev.net/ 

Afsnit 3 og Appendix G i "The OpenGL Programming Guide: The Official Guide to Learning 

OpenGL" af Shreiner, Woo, Neider, Davis. Addison-Wesley. En ældre version af bogen kan ses 

online på http://fly.cc.fer.hr/~unreal/theredbook/ 

Spørg evt. over mail. Projektet kan være inspireret af deltagernes ideer. 

52


Projekt 51. Medicinal chemistry: Design and synthesis 

of new potential therapeutics for type 2 diabetes 

Vejledere: Bharat Shimpukade, bharat@sdu.dk and Trond Ulven, ulven@sdu.dk 


Praktisk del: Institut for Fysik, Kemi og Farmaci 

Gruppeplacering: Institut for Fysik, Kemi og Farmaci 


Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 og NAT507 studerende. Den ene vejleder 

kun engelsk. Forudsætter en interesse for organisk kemi. Projektet kan tages 

af farmaceutstuderende. 

Keywords: Medicinalkemi, syntese, drug discovery, type 2 diabetes, fedtsyrereceptorer. 

Abstract 

Diabetes is diagnosed by a permanently elevated blood sugar level and is a serious chronic disease. 

According to the most recent estimates, the number of diabetics in the world approaches 

350 million and is rapidly increasing, and 90% of these are type 2 diabetics. Pancreatic -cells 

are able to detect an elevated blood sugar level and respond by secreting insulin which promote 

glucose uptake in liver and muscles. When the normal blood sugar level is restored, the -cells 

will stop the insulin secretion. In type 2 diabetes, the body has become less responsive to insulin 

and -cells are unable to produce the required amounts, which leads to a permanently elevated 

blood sugar level. This can be treated in several ways, for example by insulin injection or by 

compounds which force the -cells to secrete more insulin. The problem with these treatments is 

that they can result in too much insulin and consequently a too low blood sugar level, which in 

the worst cases can result in coma and death. Recently, a receptor called FFA1 (also known as 

GPR40) was discovered to be expressed on -cells and activated by free fatty acids to result in 

enhancement of glucose-stimulated insulin secretion [1]. Compounds that activate this receptor 

will therefore increase insulin secretion only when the blood glucose level is high, and are believed 

to represent a new class of safer therapeutics for type 2 diabetes. 

The goal of this project is to design and synthesize new compounds with FFA1 activating properties, 

using the known agonist TUG-20 as a “lead structure” [2]. The project will therefore involve 

explorative medicinal chemistry with emphasis on organic synthesis. The new test compounds 

will be characterized (NMR, MS, HPLC, mp) before they are send for testing. The 

project will also include literature studies of the currently known biological functions and ligands 

for the receptor. It will be the responsibility of the group to define the exact scope of the project, 

so that it can be performed in the available time. 

Minikurser 




[1] Stoddart L. A., et al. Pharmacol. Rev. 2008, 60, 405-417. 

[2] Chsristiansen, E., et al. ACS Med. Chem. Lett. 2010, 1, 345-349. 

53


Projket 52. Molecular dynamics 

Vejledere: Members of the MEMPHYS group (hkhandel@memphys.sdu.dk) 


Praktisk del: MEMPHYS 


Gruppestørrelse: 3-5 participants, 1 group 

Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 og NAT507 studerende. This project can be tailored 

to meet the needs of all natural and health science students (including nanobioscience 

and bio medicine), and pharmacy students 

Keywords: Molecular Dynamics Simulations, numerical methods, biomembranes 

Abstract 

Molecular Dynamics (MD) is a simulation method used especially by structural biologists and materials 

scientists to study the motion of many atoms or molecules in gases, liquids, crystals, biomolecules, membranes, 

and many other materials. 

It is a particularly useful technique when the molecular interactions are ~ thermal energy, which are difficult 

to probe in experiments. In MD simulations the motion of all the particles (atoms or molecules) under 

study is obtained from a numerical solution of Newtons 2. law. With present computing power it is 

possible to study up to 100,000 particles for a certain period of time up to ca. 10 -6 s. 

A wealth of information can be obtained about structure, assembly, transport, mechanics, and thermodynamics 

of the particles from their motion, and these properties can be quantitatively compared to experiments. 

Students will learn how macroscopic behavior arises out of molecular interactions. 

In this project we use MD simulation to (a) derive the ideal gas law from the motion of particles in a gas, 

or (b) spontaneously assemble a membrane from many lipid molecules and determine its average geometric 

and dynamic features (area per molecule, thickness and order). It can be extended to study interactions 

of drugs with membranes. Project (a) is more fundamental in nature and relies on the students interest 

in basic physics and numerical methods; (b) is more applied and will whet the interest of those with an 

interest in nano-biotech and biological molecules. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, NAT), Reports in any format acceptable. 

Anbefalede: contact Himanshu Khandelia (hkhandel@memphys.sdu.dk) 

Litteratur 

Daan Frenkel, Berend Smit (2001) Understanding Molecular Simulation. Academic Press. ISBN 0-12- 

267351-4; 

Andrew Leach (2001) Molecular Modelling: Principles and Applications. Prentice Hall. 

ISBN 978-0582382107. 

http://www.ch.embnet.org/MD_tutorial/ 

54


Projekt 53. Molekylære interaktioner mellem 

sygdomsfremkaldende bakterier og humane 

værtsceller 

Vejledere: Anders Boysen, Boysen@bmb.sdu.dk; 

Jonas Borch Jensen, jonasb@bmb.sdu.dk 

Institut: Institut for Biokemi og Molekylærbiologi (BMB) 

Praktisk del: Klasse 2 laboratorium; BMB 

Gruppeplacering: BMB eller Biblioteket 



Keywords: Sygdomsfremkaldende bakterier, infektionsstudier, molekylær mikrobiologi 

Abstract 

WHO anslår at Enterotoxigene Escherichia coli (ETEC) bakterier hvert år forårsager ca. 650 

millioner tilfælde af diarre – især i udviklingslandene. Som en direkte følge heraf dør op imod en 

halv million børn i alderen under fem år. De børn og unge, der har og overlevet en ETEC infektion 

vil efterfølgende ofte lide af fejlernæring og nedsat vækst. ETEC anvender en lang række af 

molekylære mekanismer for at overleve det humane immunforsvar, hæfte sig fast på overfladen 

af tarmepitelceller og dermed starte en egentlig kolonisering i tyndtarmen. Blandt andet frigiver 

ETEC membran vesikler, som indeholder forskellige toksiner. Desuden producerer ETEC en 

række overfladelokaliserede virulensproteiner, der bidrager til at sikre en effektiv binding til 

tarmepitelvævets overflade. 

Nye resultater tyder på at en lang række virulensproteiner på ETEC overfladen bliver modificeret 

med sukkergrupper. Vi ønsker at undersøge om disse sukkergrupper spiller en rolle for bakteriernes 

binding på vores celler under infektion. På sigt vil denne viden måske kunne bruges til at 

udvikler nye vacciner mod ETEC. 

I dette projekt undersøges nogle af de molekylære mekanismer som ETEC benytter sig af for at 

kunne etablere en infektion. Vi arbejder med de sygdomsfremkaldende bakterier i et særligt klassificeret 

laboratorium. Her vil det bl.a. være muligt at udføre infektionsforsøg på humane tarmepitelcellelinier. 

Desuden anvendes fluorescens-mikroskopi, flowcytometri og andre biofysiske 

måleinstrumenter til at undersøge interaktionen imellem bakterier og værtsceller. 

Minikurser 




J. M. Fleckenstein et al. Microbes and Infection. 2010, 12, 89-98. 

55


Projekt 54. Molekylær Sygdomsgenetik: Hvad er 

(u)normalt? 

Vejleder: Brage Storstein Andresen, bragea@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: BMBs øvelseslaboratorium 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere, 2 grupper kan arbejde med projektet. 


Keywords: Medfødte stofskiftesygdomme, nyfødt screening, polymorfi, gentest, mRNA 

splicing, PCR . 

Abstract 

I dag undersøges alle børn der fødes i Danmark for arvelige stofskiftesygdomme ved analyse af 

nogle få dråber blod fra hælen for bestemte metabolitter. Hos de børn der findes positive skal 

diagnosen bekræftes ved en undersøgelse for mutationer i de involverede gener. Menneskets gener 

indeholder dog også normale variationer, der ikke giver sygdom. Det kan derfor ofte være 

svært at afgøre om, der blot er tale om normal variation eller sygdomsfremkaldende mutationer. 

Projektdeltagerne skal med udgangspunkt i mutationer/variationer, der er fundet hos nyfødte, der 

mistænkes for at have en stofskiftesygdom, forsøge at afgøre om det er sygdomsfremkaldende 

mutationer eller blot neutrale variationer. De studerende vil få en indføring i brug af online værktøjer, 

der kan bruges til at afgøre hvor hyppig en sekvensvariation er, hvordan den kan påvirke 

dannelsen af mRNA og hvad den kan betyde for det dannede protein. Der vil blive givet en kort 

introduktion til hvorledes en familie kan udredes genetisk, herunder f.eks. stamtræer. 

Eksperimentelt vil der, afhængig af gruppens interesser, være mulighed for at designe og udføre 

en gentest og med den at følge mutationens nedarvning i en familie, samt ved analyse af normalmateriale 

at afgøre om variationen findes i raske personer uden sygdommen. Alternativt, vil der 

kunne laves en funktionsundersøgelse af mutationens effekt på mRNA niveau f.eks. ved måling 

af mRNA mængde eller undersøgelse af hvorledes mRNA splices fra minigener. 

Minikurser 




Udvalgte kapitler fra Pediatric Endocrinology and Metabolism. Sarafoglou K. McGraw-Hill. 

Andresen BS and Krainer AR (2009) When the genetic code is not enough – How sequence 

variations can affect pre-mRNA splicing and cause (complex) disease. Chapter 15 in Genetics of 

Complex Human Diseases. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 

Desuden udvælges relevant litteratur på basis af gruppernes valg. 

56


Projekt 55. "Natural compounds from plants for 

cancer treatment and prevention" 

Vejledere: Georg Issinger, ogi@bmb.sdu.dk, 

Gerda Maria Hübner, gmh@bmb.sdu.dk 

Institut: BMB 

Praktisk del: Nej 

Gruppeplacering: Biblioteket eller BMR gruppens mødelokale 


Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 and NAT507 studerende. 

Keywords: nutrigenomics, target signaling molecules, plant compounds 

Abstract 

One strategy to understand nutritional effects in cancer is nutrigenomics. Although it is a complex 

and partially controversial issue, there is an evolving market for „natural compounds‟ to be 

used as food supplements promising health benefits. 

Within this project the students should focus on popular compounds attributed to be beneficial to 

prevent cancer or even to treat cancer. The students are expected to devise a chemical classification 

of dietary phenolics, e.g. flavonoids, isoflavonoids, lingnans etc. and assign the plants and 

plant products where the compounds are predominantly found. Problems to be tackled: Which 

are the target molecules in the cell for the plant compounds? 

Are their evidences from epidemiological studies that dietary phenolics are truly therapeutic 

agents for treatment and prevention of cancer? 

Minikurser 




S. Nobili, D. Lippi, E. Witort, M. Donnini, L. Bausi, E. Mini, S. Capaccioli, Pharmacological 

Res. 2009, 59, 365-378. 

G.H. Johnson, L. Balick , 671- 701 in: Bioactive Compounds and Cancer, Springer, New York, 

2010 

C.D. Davis, 45-70 in: Bioactive Compounds and Cancer, Springer, New York, 2010 

57


Projekt 56. Online stock-trading game 

Vejleder: Abyayananda Maiti, abyaym@imada.sdu.dk 


Praktisk del: Projektet er teoretisk datalogi 





Keywords: Online algorithm, Stock market, One-way trading, Two- way trading, Game 

theory. 

Abstract 

In computer science, an online algorithm is one that can process its input piece-by-piece in a 

serial fashion, i.e., in the order that the input is fed to the algorithm, without having the entire 

input available from the start. In contrast, an offline algorithm is given the whole problem data 

from the beginning and is required to output an answer that solves the problem at hand. (For 

example, selection sort requires that the entire list be given before it can sort it, while insertion 

sort doesn't.) 

On the other hand, financial problems are typically online in nature because its information about 

the future is often scarce and/or unreliable. Specifically, stock trading is a very important 

financial process and also very well known to general people who may not have any proper 

knowledge of financial theories. From the online algorithm perspective, there are two types of 

trading: One-way trading and Two-way trading. 

Here we will develop a stock-trading game where players have to place their moves in online 

fashion and virtual adversary (e.g. computer) may take different strategies to manipulate the 

upcoming stock-prices. Initially player would be given a fixed amount of money using which 

he/she has to trade in the stock market. For one way trading, trader only can buy and in two-way 

trading, trader can do any combinations of buy and sell. At each time step adversary will quote 

prices for each stock. The goal would be to maximize the profit. We will also figure out different 

bounds on profits in different scenarios (mainly different types of adversary). 

The basic version of game deals with only one stock. We can extend it to general case where 

traders can buy and sell multiple stocks. 

Minikurser 




Borodin, A.; El-Yaniv, R. (1998). Online Computation and Competitive Analysis. Cambridge 

University Press. ISBN 0-521-56392-5 (Chapter 14). 

R. El-Yaniv, A. Fiat, R.M. Karp, and G. Turpin (2001). Optimal Search and One-Way Trading 

Online Algorithms, Algorithmica, 30, 101-139. 

cogprints.org/6216/2/SSRN-id1270025.doc 

http://www.wallstreetsurvivor.com/ 

58


Projekt 57. Oscillationer i glykolysen 

Vejleder: Lars Folke Olsen, lfo@bmb.sdu.dk 




Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere / 1 gruppe kan arbejde med projektet. 


Keywords: Glykolyse, spektrofluorometri, NADH måling, oscillationer 

Abstract 

I mange forskellige typer af eukaryote celler kan man observere oscillationer i glykolysen, dvs 

glykolysens intermediater glukose 6-phosphat, fructose 6-phosphat, ATP, NADH m.v. er ikke i 

en stationær tilstand, men fluktuerer i en regelmæssig svingning. Sådanne oscillationer findes 

f.eks. i bugspytkirtlens -celler og i celler fra gæren Saccharomyces cerevisiae. Det er ikke helt 

klart hvad årsagen til disse svingninger er, og hvilken 

funktion de har. Man har dog observeret, at i patienter 

med type II diabetes er oscillationerne i -cellernes 

glykolyse gået tabt. 

Projektet går ud på at undersøge glykolysen i gærceller 

for at klarlægge nogen af de processer der er ansvarlige 

for oscillationernes opståen. Her kan vi bl.a. måle 

NADH ved hjælp af fluorescens spektroskopi, men 

også andre glykolyse-intermediater kan bestemmes 

eksperiementelt. I projektet kan også indgå computersimuleringer 

af matematiske modeller af glykolysen. 

Minikurser 




Jens Christian Brasen og Lars Folke Olsen. Langt Fra Ligevægt. Aktuel Naturvidenskab 2, 2010, 

p 31-34. 

Å Sjöholm. Pacemakern i pankreas i otakt. Läkartidningen nr 32–33 2007, Vol. 104, p 2228- 

2229. 

59


Projekt 58. Physiological Importance of 3D Cell 

Culture 

Vejleder: Stephen Fey, sjf@bmb.sdu.dk og Krzysztof Wrzesinski, kwr@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Institute – our labs 


Gruppestørrelse: Minimum 3 and maximum 5 participants / 1 group can work with the project 

Kommentarer: The project is offered to both NAT501 and NAT507 students 

All course work, presentations and examinations will be in English 

Keywords: Comparison of 2D and 3D cell culture, apoptosis 

Abstract 

Since the breakthroughs that were made in 

cell culture in the 1950‟s (in relation to the 

development of the polio vaccine), the 

prime focus has been on how to successfully 

grow cells in culture. One central step 

has been that the cells are trypsinised and 

inoculated into new culture vessels every 

few days so that they do not overgrow and 

become superconfluent. This focus on cell 

growth has made researchers „blind‟ to 

studies of cell function because frequent 

trypsinisation holds cells in a rapidly growing, 

but low differentiated state where they 

are not able to expound their advanced cellular 

functions. 

In other words, cells loose many of their physiologically attributes important for organ function 

when grown in classical 2D cell culture techniques. A consequence of this is that one must question 

the validity of existing data derived from cells grown in these classical techniques, bearing 

in mind that almost all of the technologies used currently are adapted for cells grown in 2D culture 

(e.g. microsocopy and microtitre based assays). 

To illustrate one of the differences, this project will investigate cell growth and apoptosis in the 

two culture systems. 

Lab methods that will be used include: classical 2D cell culture, 3D spheroid culture, determination 

of adenylate kinase, total protein amount, and techniques in microscopy 

Minikurser 




Pampaloni F, Reynaud EG, Stelzer EH. 

The third dimension bridges the gap between cell culture and live tissue. 

Nat Rev Mol Cell Biol. 2007 Oct;8(10):839-45. 

60


Projekt 59. Planlægning af job-afvikling 

Vejleder: Lene Favrholdt, lenem@imada.sdu.dk 


Praktisk del: Evt. Programmering 

Gruppeplacering: IMADA 



Keywords: Optimering, planlægning, algoritmer 

Abstract 

Dette projekt handler om at planlægge udførelsen af en mængde jobs. Vi forestiller os, at vi har 

m maskiner til rådighed til at udføre disse jobs. Maskinerne kan være ens eller forskellige. Hvis 

de er forskellige, kan de f.eks. have forskellig hastighed. Det kan også være, at nogle af jobs'ne 

kun kan udføres på visse af maskinerne. Målet kan være at udføre alle jobs på kortest mulig samlet 

tid, at minimere overskridelsen af deadline for de enkelte jobs, eller noget helt tredje. 

Fælles for disse problemer er, at de er NP-fuldstændige. D.v.s. at der ikke findes effektive algoritmer 

til at løse dem optimalt. Fokus vil derfor være på approksimationsalgoritmer; d.v.s. algoritmer, 

som ikke altid løser problemet optimalt, men på den anden side garanterer, at løsningen 

ikke er alt for langt fra den optimale. 

Man kan arbejde med online, såvel som offline, varianter af problemerne. I den online version af 

et problem kender man ikke hele problemet fra starten. Derimod kommer jobs‟ne "dumpende" et 

efter et, og hvert job skal straks tildeles en maskine. 

Man kan vælge at fokusere på algoritmernes køretid og/eller kvaliteten af den løsning, de leverer. 

Det er muligt at lave et rent teoretisk projekt, hvor man udvælger/designer algoritmer, som man 

beskriver og analyserer. Man kan også lægge hovedvægten på implementering og afprøvning af 

relevante algoritmer. En mellemting mellem disse to yderpunkter vil også være en mulighed. 

Et eksempel: Vi har tre ens maskiner. Jobs‟ne er karakteriseret 

ved den tid, det tager at udføre dem. Målet er 

at blive hurtigst muligt færdig med at udføre samtlige 

jobs. Job-længderne er: 4,4,5,5,6,7,7. Vi bruger en algoritme 

(LPT), som sorterer jobs'ne efter længde og 

placerer de længste jobs først. Hvert job placeres på 

den maskine, som aktuelt står til at blive først færdig. 

Resultatet er illustreret i figuren til højre. I samme figur 

er vist en optimal placering af jobs'ne. 

Minikurser 




Approximation Algorithms for NP-Hard Problems, Edited by Dorit S. Hochbaum, Kapitel 1. 

61


Projekt 60. Point-of-No Return: In how many ways 

can a cell die? 

Vejleder: Barbara Guerra, bag@bmb.sdu.dk 

Institut: Biokemi og Molekylær Biologi 

Praktisk del: Nej 


Gruppestørrelse: mindst 3 og max 6 deltagere, 1 gruppe kan arbejde med projektet 

Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 studerende. Dette er et teoretisk projekt. 

Keywords: Cell death, apoptosis, autophagy, necrosis, mitotic catastrophe, anoikis 

Abstract 

1. Cell death is an essential phenomenon in normal development and homeostasis but also plays 

a crucial role in various pathologies (e.g. diabetes and cancer). Our understanding of the molecular 

mechanisms involved has increased exponentially. The morphological features of a dying cell 

are remarkably conserved for quite different cell types derived from lower or higher organisms. 

It is now evident that there are multiple pathways leading to cell death and some cells may have 

the required components for one pathway but not for another or may contain endogenous inhibitors 

or carry mutated proteins that preclude the activation of a particular death pathway. Exploring 

the various features that characterize the different cell death pathways may help to fill in the 

many gaps in our understanding and to exploit the knowledge acquired for clinical benefit. 

2. This theoretical project offers the students the opportunity to deepen their knowledge on the 

many ways cells can die. With the help of a literature search, it will be possible to answer many 

fundamental questions such as the importance of cell death in normal as well as in pathological 

conditions and how cancer cells invent ways to inactivate the cell death machinery. 

Minikurser 



Cervix carcinoma cells undergoing a form of cell death 

known as apoptosis 

Litteraturliste, som udleveres til de studerende 

Kroemer G., El-Deiry W.S., Goldstein P. et al. 

Classification of cell death: recommendations of the nomenclature committee on cell death 

Cell Death and Differentiation, 12, 1463-1467, 2005. 

Additional material will be distributed during the course. 

62


Projekt 61. ”Powder mixing” 

Vejleder: Judith Kuntsche, kuntsche@sdu.dk 





Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 og NAT507 studerende. Projektet henvender 

sig primært men ikke udelukkendes til farmaci-studerende; sprog: engelsk 

Keywords: lægemiddelformulering, pulver, blanding, homogenitet 

Abstract 

With only a few exceptions, drug substances (API, active pharmaceutical ingredients) are formulated 

with suitable excipients to obtain an applicable dosage form. Among the various pharmaceutical 

dosage forms, tablets are by far the most widely used dosage form. The first step in tablet 

manufacturing is mixing the API with the other excipients to obtain a homogeneous powder 

that is than compressed into tablets. The homogeneous distribution of the API throughout the 

powder blend is of uppermost important to ensure a safe and efficient therapy. Large dosage variations 

(for example due to processing of an inhomogeneous powder mixture) bear the danger of 

overdosage (potential serious adverse effects) on the one and underdosage (inefficient therapy) 

on the other hand. 

In this project, you will compare different methods of powder mixing and elucidate critical 

process parameters (i.e. shear force, mixing time, filling level of the mixing vessel etc.). You will 

use relevant pharmaceutical excipients (fillers like lactose monohydrate and mannitol) and a dye 

as “model drug”. To ensure a rational and efficient work in the lab, you will develop a study design 

including the various process parameters and specification of the sampling process. Finally, 

we shall discuss the experimental results on the basis of theoretical principles. 

Minikurser 




H.J. Venables and J.I. Wells. Powder mixing. Drug Development and Industrial Pharmacy 27 

(2001) 599-612. 

T. Shinbrot and F.J. Muzzio. Mixing and segregation in tumbling blenders. In: J. Swarbrick and 

J.C. Boylan (Eds), Encyclopedia of Pharmaceutical Technology, Marcel Dekker, 2002, 1795- 

1810. 

63


Projekt 62. Profiling the sperm lipidome 

Vejleder: Christer Ejsing, cse@bmb.sdu.dk 


Praktiske del: BMB´s øvelseslaboratorium 



Kommentarer: Tværfagligt projekt der kræver interesse i analytisk kemi og biokemi. 

Projektet tilbydes NAT501 og NAT507 studerende 

Keywords: mass spectrometry, lipids, sperm, reproductive health 

Abstract 

The lipidome of eukaryotic cells consists of hundreds to thousands of individual lipid species 

that constitute membranes, store metabolic energy and function as bioactive molecules. Cellular 

membranes play key roles in cell physiology, from fertilization through almost every cellular 

function to cell division. Recent developments in mass spectrometry have allowed the molecular 

characterization of the compositional and structural complexity of lipids in cellular membranes. 

With this tool in hand, this project aims to investigate the molecular lipid composition of semen 

and sperm in the context of male reproductive health. 

Male reproductive health has been in focus during recent years, with several laboratories having 

reported deterioration in semen quality. Although endocrine factors have been suggested as one 

of the possible causes, the topic remains controversial and the adverse trend is not apparent everywhere. 

Lipids and regulation of membrane dynamics are essential for multiple aspects of 

sperm physiology ranging from spermatogenesis in the testis to the fertilization process where 

the sperm and egg cell undergo fusion. Thus, a detailed analysis of sperm lipids could contribute 

to a better understanding of membrane function in the context of sperm physiology and, moreover, 

of fertilization. 

In this project the students will get hands-on experience with lipid mass spectrometry. The students 

will initially conduct a literature review on sperm physiology with a focus on lipid function. 

This work will help design experiments, sample preparation routines, and furthermore determine 

what molecular lipid species can potentially be found in semen and sperm prior to the 

analysis. 

Minikurser 




(1) van Meer G (2005) Cellular lipidomics. EMBO J 24:3159–31. 

(2) Ejsing CS et al. (2009) Global analysis of the yeast lipidome by quantitative shotgun mass spectrometry. PNAS 106(7):2136-41 

(3) Rabionet M et al. (2008). Male germ cells require polyenoic sphingolipids with complex glycosylation for 

completion of meiosis: a link to ceramide synthase-3. J Biol Chem. 283(19):13357-69. 

64


Projekt 63. Recognize handwritten text 

Vejleder: Marie Christ, christm@imada.sdu.dk 







Keywords: Artificial Neural Networks, Machine Learning 

Abstract 

How to teach a computer to read handwritten letters? The "normal" approach is to write a programm. 

This means the programmer maps a picture with certain choosen criteria to a letter. 

Slightly different letters are not recognized. While this recognition task can be solved by children. 

Children do not have any programmer writing a program for developing their skill. They 

learn by themselves to abstract from given examples. What mechanisms do humans use to learn 

handwritten letters? Can such cognition be adapted for computer usage? 

Biological systems use neural networks to process informations. Neural networks consist of 

many simple, identical units that have weighted and adaptable connections. A single neuron is 

not much more than a simple switch. It has many inputs and as soon as the input reaches a certain 

threshold it produces an output. The concept of neural networks is to implement simple 

connected units that are able to learn. 

An artificial neuron maps an input vector to a scalar value. The weighted input values are 

summed up, and output is controlled by a non-linear transfer function. Afterwards the weights 

are adapted given correctly classified examples. 

In the project you will learn about different types of neural networks, and implement a neural 

network and a learning procedure yourself. You will then train your neural network to recognize 

for example handwritten numbers and/or letters. 

Minikurser 




Simon Haykin: Neural Networks, A Comprehensive Foundation, 2nd Edition, Prentice Hall International 

Editions. 

Christopher M. Bishop: Neural Networks for Pattern Recognition, Oxford Univ. Press. 

David Kriesel: A brief Introduction to Neural Networks, 

http://www.dkriesel.com/en/science/neural_networks 

65


Projekt 64. Resistance to antibiotics by RNA 

methylation 

Vejleder: Stephen Douthwaite, srd@bmb.sdu.dk 


Praktiske del: Mikrobiologi laboratoriet ved BMB 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. 2 grupper kan arbejde med projektet (1 eksperimentelt 

og 1 teoretisk) 

Kommentarer: Projektet tilbydes NAT501 og NAT507 studerende. Dele af vejledning vil 

foregå på engelsk. 

Keywords: Experimental project; bioinformatics project; antibiotic resistance; ribosomal 

RNA; methyltransferases 

Abstract 

Bacterial resistance to antibiotics is a growing worldwide problem that hinders the effective 

treatment of bacterial infections. In many cases, bacteria become resistant to an antibiotic either 

by acquiring an extra gene or as the result of a single mutation in a gene that they already possess. 

Infections with pathogenic bacteria can often be treated with antibiotics belonging to the 

macrolide, lincosamide, streptogramin B (MLSB) group. Although these three types of antibiotic 

are very different in their chemical structure, they bind to the same region of the large ribosomal 

subunit (see figure). Bacteria become resistant to all the MLSB drugs by acquiring a single extra 

gene (an erm methyltransferase gene) that encodes an enzyme which specifically methylates one 

nucleotide in the bacterial ribosomal RNA. This modification confers resistance by blocking the 

binding of the MLSB drugs to their target site on the ribosome. 

Projects will be designed by two independent groups to investigate this type of antibiotic resistance. 

One group will work mainly in the laboratory with experimental techniques; while the 

other group will base their studies on bioinformatics approaches. 

Minikurser 



Litteraturliste over metode artikler som udleveres til de studerende 

Poehlsgaard, J. and Douthwaite, S. (2005). Antibiotic targets on the bacterial ribosome. 

Nature Reviews Microbiology. 3, 870-881. 

Desmolaize B., Rose, S., Warrass, R. & Douthwaite S. (2011). Erm monomethyltransferase in antibiotic 

resistance isolates of Mannheimia haemolytica and Pasteurella multocida. Mol Microbiol. 80: 184-194. 

66


Projekt 65. Saltpumper i fiskegællen 

Vejleder: Steffen Søndergaard Madsen, steffen@biology.sdu.dk 


Praktisk del: Biologisk Institut, forskningslaboratorium, uge 17 


Gruppestørrelse: 3-4 studerende, 1 gruppe kan arbejde med projektet 


Keywords: iontransport, NaK-pumpen, aquaporiner, gællefunktion, hormoner, mRNA og 

protein ekspression 

Abstract 

Fiskegællen har mange funktioner, bl.a. respiratoriske, syre-base regulatoriske og ionregulerende 

funktioner. Gællen har en kompleks tre-dimensionel struktur, der på trods af dens 

kompakte størrelse giver den et meget stort overfladeareal. Relativt få celletyper indgår i gællens 

opbygning: stukturelle (brusk- og søjleceller) og epithelceller (mukus, flise- og kloridceller). 

Kloridcellerne findes i flere sub-typer (ion-optagende og ion-udskillende), der varierer i antal 

afhængigt af ionindholdet i det omgivende vand. Gællens tynde struktur og høje permeabilitet 

bevirker at ufordelagtige passive fluxer af vand og ioner opstår over gælleepithelet. Disse fluxer 

virker forstyrrende på fiskens vand- og saltbalance og må kompenseres på flere forskellige niveauer 

for ikke at fiskens indre miljø forstyrres. Et af de osmoregulerende organer er netop gællen, 

der både aktivt kan optage og udskille ioner - afhængig af saltholdigheden fisken lever i. Euryhaline 

fisk kan omstille sig mellem forskellige saltholdigheder, bl.a. fordi deres gællefunktion 

kan omstilles fra netto ion-optagelse (i ferskvand) til netto ion-udskillelse (i saltvand). Denne 

omstilling involverer regulering af en række forskellige ion- og vandtransport proteiner der findes 

i gællens forskellige celler. Blandt disse kan nævnes Na + ,K + -pumpen, Na + ,K + , 2Cl - - 

cotransporteren, CFTR Cl - -kanalen og H + -pumpen. Nogle af disse fungerer i både ferskvand og 

saltvand (f.eks. Na + ,K + -pumpen), hvorimod andre fungerer når fisken opholder sig i enten ferskvand 

(H + -pumpen) eller saltvand (Na + ,K + , 2Cl - -cotransporteren, CFTR Cl - -kanalen). Derudover 

skal gællecellernes vand-permeabilitet reguleres for at sikre at cellernes volumen holdes konstant. 

Heri indgår regulering af aquaporiner – molekylære vandkanaler. 

Projektet tager sigte på at karakterisere hvorledes gællefunktionen ændres i forbindelse med omstilling 

mellem saltholdigheder? Mængden og reguleringen af vigtige ion- og vandtransporterende 

proteiner i gællen kan undersøges på mRNA- og protein-niveau ved teknikker som spektrofotometri, 

enzymassays, Western blotting og kvantitativ real-time PCR (QPCR). Forsøg med hormonel 

regulering af ekspressionen kan evt. indgå. Projektet vil give en stor mulighed for fordybelse 

i basale fysiologiske og molekylære tilpasningsstrategier i forbindelse med miljøskift. 

Minikurser 



Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende: 

Hirose, S., Kaneko, T., Naito, N. & Takei, Y. (2003) Molecular biology of major components of 

chloride cells. Comparative Biochemistry and Physiology 136B: 593–620. 

67


Projekt 66. Self-cleaning surfaces – the Lotus effect 

Vejleder: Beate Klösgen, kloesgen@sdu.dk; Per Morgen, permorgen@sdu.dk 


Gruppeplacering: FKF , MEMPHYS labs 

Gruppeplacering: FFK , MEMPHYS labs 


Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 studerende. Teaching language will be a 

mixture of English and Danish; reporting / presentation can be chosen to be 

performed in either language 

Keywords: nanobioscience / bionics / physics: Lotus effect / wetting – dewetting / hydrophobic 

ef-fect 

Abstract 

The Lotus plant is famous not only for its exotic beauty but as well the self-cleaning properties 

of its leaves: rain or water condensed onto the leave surface spontaneously form small droplets 

that might grow until the leave bents under the load to spill them off. On 

their way, the droplets pick up dirt as dust or bacteria thus keeping the plants 

clean, healthy, and well-doing. The origin of the effect – now called Lotuseffect 

– is a combination of two properties: hydrophobic material on the 

leave surface is organized in a minute surface structure (“roughness”). This 

causes excessive water repulsion – the surface is “superhydrophobic”. The 

effect allows to walk on water – in principle at least, as does a pond skater. 

Creating surfaces of designed wetting properties, and especially de-wetting of water by controlled 

processes has recently created huge scientific interest because of its fundamental relevance 

in the context of the “hydrophobic effect” and because of its high technological impact. 


information gathering (contact interfaces, wetting, contact angles; hydrophobic/hydrophilic 

materials; micro-structure triggered super-hydrophobicity; preparation processes), 

collecting examples for hydrophobic surfaces from nature; 

preparing them for the scanning electron microscope (SEM), studying selected hydrophobic 

surfaces using the SEM, 

measuring contact angles, 

if time allows: preparation of artificial hydrophobic, hydrophilic and super-hydrophobic surfaces, 

and characterizing them building of your own artificial pond-skater. 


the information required using the local library and electronic data bases. They will prepare their 

own selection of samples (3-4 types per group) and to characterize them by water contact angles 

and SEM imaging. 

Minikurser 




Handout material will be offered from week 1. Additional material will be found during a literature 

search (university library, internet, data bases ) 

68


Projekt 67. Simulations with cellular automata 

Vejleder: Philipp Peters, phpeters@imada.sdu.dk 






studieordning i datalogi / The project is specially suitable for students with 

curriculum in computer science. Oral supervision will be in English, written 

communications can be in Danish. 

Keywords: Computer Science, Cellular Automata, Modeling and Simulation, Pattern 

Formation 

Abstract 

In 1952 the English mathematician, logician, and computer 

scientist Alan Turing stated: "It is suggested that a system 

of chemical substances, called morphogens, reacting together 

and diffusing through a tissue, is adequate to account 

for the main phenomena of morphogenesis." With relatively 

easy mathematical formulations and by means of simulations 

with so-called cellular automata (CA), it is possible to 

model and analyze the related problem of pattern formation 

that occurs on sea shells or on animal skins. A CA is a remarkable 

simple discrete model studied in computability theory that consists of a regular grid of 

cells each in one of a finite number of states, such as “On” and “Off”. Each cell has a finite set of 

neighborhood cells. The current state of a cell itself and the current states of the cells in its 

neighborhood are considered to determine synchronously the new state of a cell. 

In a straightforward manner such CA can be used to simulate the mechanism that is supposed to 

be responsible for generating the before mentioned patterns. This mechanism is based on a socalled 

reaction-diffusion system of the morphogen prepatterns. The subsequent differentiation of 

cells to produce melanin (pigments that affect skin color) simply reflects the spatial patterns of 

morphogen concentration. 

The project aims at giving the participants knowledge on modeling with CA and experience in 

the implementation of CA-based simulations. The simulation of animal skin patterns is just one 

suggestion, other topics could be forest fire, traffic jam, predator-prey-system, game of life, etc. 

Minikurser 




A. Deutsch, S. Dormann: Cellular Automaton Modeling of Biological Pattern Formation, 

Birkhäuser Boston, 2005. 

L.B. Kier, P.G. Seybold, and C.-K. Cheng: Modeling Chemical Systems Using Cellular Automa- 

ta, Springer Netherlands, pages 9-38, 2005. 

S. Wolfram: A new kind of science, Wolfram Media, 2002 

69


Projekt 68. Skin protection for extreme conditions 

Vejledere: Annette Bauer-Brandl, annette.bauer@sdu.dk, 

Beate Klösgen, kloesgen@memphys.sdu.dk 


Praktisk del: preparation of skin cream, testing of stability; 

student lab (IFK), Lab 7 (IFK) 

Gruppeplacering: library 

Gruppestørrelse: min. 3 and max. 5 participants. One group can work on the project. 

Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 og NAT507 studerende. The project is designed 

for students in pharmacy but other students are welcome, too. 

Keywords: cream, ointment, emulsion, dispersion, interface, surface active materials, 

phase inversion 

Abstract 

Skin is the body‟s biggest organ, and it has many important functions: to protect the body against 

infections, to insulate, to regulate the temperature, to protect against water loss; skin hosts sensors 

for heat, cold, pressure etc. . In addition it provides peculiar transport properties that are essential 

for life functions but that can as well be used for the administration of drugs (e.g. ointments, 

creams, gels, plasters). 

In this project, focus will be on the basics of skin care formulations and no drugs will be applied. 

We shall develop a protection cream or ointment for extreme conditions – while travelling far 

north or far south. At very low temperatures, the skin must be protected against frost damage and 

desiccation, and at high temperature water loss must be balanced but still admit sweating. However, 

the properties of a cream change depending on temperature, both high and low, and also 

salt / sweat has an influence. This may cause problems to store the cream, and even more so to 

apply it, and the expected functionality may be hampered. 

Creams consist of two phases (aqueous and oily), and their properties at room temperature 

strongly depend on their composition, and on the preparation method. Compositions are qualitatively 

declared on cosmetic products, and there are standard recipes for cream and ointment 

bases. Surface active materials support the stabilize droplets in emulsions. However, at high 

temperatures and in contact with salt, droplets may coagulate, and the cream may break (turn 

liquid and useless). 

The project starts with literature work to define and describe by examples: emulsion, cream, 

ointment, lotion, milk, dispersion, types of surfactants, tensides, oils etc.. Recipes for creams are 

collected, their ingredients evaluated. Several creams will be made using different methods. 

Properties as e.g. stability and applicability for different settings will be explored. A comparison 

with a commercial product shall also be made. 

The goal of the project is to understand emulsions, lotions, and ointments, and the impact of their 

composition for practical use. You shall try yourself and figure out whether you can, in small 

amounts in the lab, produce a better cream than an industrial product. 

Minikurser 



Literature 

R. Heusch: “Emulsions”. In: Ullmanns Encyclopedia of Industrial Chemistry, 2012; Wiley-VCH, Weinheim. 

Pharmacopoeia Europaeia: Monograph: “Semi-solid preparations for cutaneous application 

70


Projekt 69. Skarven: had og kærlighed deler 

befolkningen 

Vejleder: Magnus Wahlberg, magnus@fjord-baelt.dk 


Praktisk del: Fjord&Bælt og Marinbiologisk Laboratorium, Kerteminde 

Gruppeplacering: Fjord&Bælt og Marinbiologisk Laboratorium, Kerteminde 

Gruppestørrelse: 3-5, 1 gruppe kan arbejde med projektet 


Keywords: skarv, naturbevarelse, fiskeri 

Abstract 

Skarven er et af Europas mest omdiskuterede dyr. Der findes flere skarver i Danmark end i noget 

andet land i Europa. Dette hænger sammen med en effektiv beskyttelse af skarven i de seneste 40 

år. Dog er skarvens tilstedeværelse ikke uproblematisk: den ødelægger de træer den bygger reder 

i gennem alt for intensiv gødning. I en del områder bliver fiskebestandene påvirkede af et enormt 

fisketryk fra store skarvkolonier. Skarven kan også ødelægge store dele af fangsten i fiskeredskaber 

så som i ned- og bundgarn. Det er derfor mange, som har et meget klart og udtalt had til 

skarven. Skarvens tilstedeværelse i den danske natur stiller mange spørgsmål omkring naturbevarelse 

på spidsen: hvordan håndterer vi dyr i vores fauna, som faktisk ødelægger biotoper for andre 

– har disse dyr sin egen eksistensberettigelse? 

I forløbet udarbejdes der et kortfattet formidlingsmateriale som indeholder facts og fup omkring 

skarven. Der laves undersøgelser både af den tamme skarv, som holdes ved Fjord&Bælt, og de 

vilde skarver, som yngler på forskellige steder omkring Fyn. Formidlingsmaterialet testes på besøgende 

ved Fjord&Bælt såvel som lokale fiskere og andre ‟almindelige‟ borgere gennem et 

spørgeskema, både før og efter de har lært skarven at kende. På denne måde undersøger vi om 

forskellige gruppers indstilling til denne kontroversielle fugl kan påvirkes gennem informationskampagner. 

Minikurser 




Thomas Bregnballe: Skarven. DMU, 2010. 

Websider omkring skarv-konflikten. 

71


Projekt 70. Smart climbing – Geckos have it in their 

feet 

Vejleder: Beate Klösgen, kloesgen@sdu.dk; Per Morgen, permorgen@sdu.dk 


Gruppeplacering: FKF , MEMPHYS labs 

Gruppestørrelse: 3-4 participants per group, 1 group 

Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 studerende. Teaching language will be a 

mixture of English and Danish ; 

reporting / presentation can be chosen to be performed in either language 

Keywords: nanobioscience / bionics / physics: 

Gecko effect / adhesion / van-der-Waals interaction 

Abstract 

All Geckos can, Spiderman can, too, at least if the proper adhesive 

is available! Climbing the wall, just by running it, how can that be 

done? 

The project introduces into the topic of adhesion – the tight interaction 

among two adjacent surfaces. Students will learn about what 

are the interactions that can serve as a glue, and about how must an 

interaction surface be designed for the case of tight adhesion, still 

allowing to detach? 

The Gecko foot “knows” to do it in perfection! The trick will be 

seen to consist in a combination of the proper interaction – the vander-Waals 

interaction – with a nanoscopic structure: tiny protein 

filaments provide van-der-Waals contact sites with the wall. Thus 

the Gecko can nicely stick to a wall at whatsoever height, and still 

lift its feet and continue to run its way up or down. 


information gathering (contact and adhesion, van-der-Waals interaction; change of interaction 

area by filament bending deformation), 

preparing Gecko foot skin for the scanning electron microscope (SEM), 

studying the Gecko foot using the SEM, 

exploit the conditions of designing artificial surfaces capable of the “Gecko effect” 


the information required using the local library and electronic data bases. They will prepare their 

own samples and learn how to characterize them by SEM (and possibly by force measurements). 

Minikurser 




Handout material will be offered from week 1; literature search. 

72 

from: Geim et al., Microfabricated 

adhesive mimicking Gecko foot-hair, 

Natuer Materials, 2, 461-463 (2003)


Projekt 71. Smågnavere i Svanninge Bjerge 



Praktisk del: Svanninge Bjerge 


Gruppestørrelse: 3-5. Der kan oprettes 2 grupper, som med fordel kan samarbejde om feltarbejdet 

Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 studerende. Ingen mulighed for vejledning i 

uge 16 og 17. 

Keywords: Smågnavere, artskendskab, fangst-genfangst, bestandsestimater 

Abstract 

Smågnavere kan inddeles i studsmus og ægte mus. Til studsmusene hører bl.a. markmus, rødmus 

og mosegris mens fx halsbåndmus og skovmus hører til de ægte mus. De to grupper har vidt forskellige 

levevis og tilpasninger til føde. Smågnavere spiller en helt central rolle i økosystemet, og 

betegnes i visse sammenhænge som nøglearter. Deres antal og bestandsfluktuationer har dermed 

stor indflydelse på andre trofiske niveauer i økosystemet. Kendskab til populationsstørrelser og 

trofiske interaktioner omkring en given art, er grundlaget for udarbejdelse af matematiske modeller, 

der kan anskueliggøre, hvilke parametre der bedst forklarer de variationer man registrerer i 

naturen. 

Svanninge Bjerge rummer en mosaik af forskellige skovtyper. 

Projektet vil fokusere på hvorvidt der er forskel på 

smågnavernes artssammensætning og bestandstæthed i de 

forskellige skovhabitater. 

Metoder: Fangst-genfangst. 

Minikurser 


Anbefalede: Matematiske metoder for fysikere og kemiker. 


Sinclair Anthony. R.E., John M. Fryxell., and Graeme Caughley 2006. Chapter 13. Counting animals 

In: Wildlife Ecology, Conservation, and Management (Second edition), Blackwell Publishing. 

Pp. 217-244 

Jensen, T. S., 1982 Seed Production and Outbreaks of Non-Cyclic Rodent Populations in Deciduous 

Forests. Oecologia (Berl) 54: 184-192. 

Boonstra, R et al. 2001. Voles and Mice. In: Krebs, C.J., S. Boutin & R. Boonstra (eds.) Ecosystem 

Dynamics of the Boreal Forest – The Kluane Project. Oxford University Press. Pp.: 215-239 

73


Projekt 72. Struktur af G-quadrupleksen i de humane 

telomerer 

Vejleder: Michael Petersen, mip@sdu.dk 


Praktisk del: Udføres på Institut for Fysik, Kemi og Farmaci 

Gruppeplacering: Institut 


Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 og NAT507 studerende. Projektet er et teoretisk 

projekt 

Keywords: telomer, G-quadrupleks, beregningskemi, molekyldynamik, struktur 

Abstract 

Den genetiske kode findes som en DNA dobbelthelix i chromosomerne. I enderne af chromosomerne 

sidder der nogle DNA sekvenser, der ikke koder for proteiner. Disse DNA sekvenser 

kaldes for telomerer. Hver gang en celle deles, og chromosomerne kopieres, bliver telomererne 

afkortet en lille smule. Dette skyldes, at chromosomerne ikke kan kopieres fuldstændigt af DNA 

polymerasen. Udover at beskytte kopieringen af genomet spiller telomererne også en vigtig rolle 

i at kontrollere cellernes levetid: For hver celledeling forkortes telomererne en smule, og når telomerene 

bliver for korte, vil cellen dø. Telomererne består dels af et stykke dobbeltstrenget 

DNA og et enkeltstrenget stykke. Det er det enkeltstrengede stykke, der er basis for dette projekt. 

DNA sekvensen af denne er bygget op af hundredevis af gentagelser af sekvensen TTAGGG. 

Sådan en DNA sekvens, der indeholder mange guaniner, G-baser, kan danne en struktur, der kaldes 

en G-quadrupleks (Figur 1), hvor fire DNA strenge binder til hinanden via en G-tetrade (Figur 

1). 

Det er stadigvæk et åbent spørgsmål, hvordan den præcise struktur af den humane telomer er i 

celler, da forskellige eksperimentelle teknikker giver forskellige strukturer af modelsystemer. I 

dette projekt vil vi undersøge de forskellige strukturer ved brug af beregningskemi. Mere specifikt 

vil projektet starte med en introduktion til forskellige beregningskemiske teknikker bl.a. molekyldynamik. 

Disse teknikker er I også til en hvis grad stødt på i den teoretiske øvelse i KE501. 

Dernæst skal forskellige mulige G-quadrupleks strukturer, opbygget af korte DNA strenge, studeres 

med molekyldynamik. Vi kan undersøge, om det er muligt at invadere såkaldte t-loops med 

DNA-strenge opbygget af kemisk-modificeret DNA. Afsluttende kan man tænke sig, at der bygges 

modeller af, hvordan strukturen af et længere stykke telomer kunne se ud. 

Minikurser 


Anbefalede: Matematiske metoder for fysikere og kemikere 

Figur 1. En G-tetrade opbygget af fire 

guaninbaser og et eksempel på en foldet 

G-quadrupleks. 


Relevant litteratur udleveres og diskuteres med de studerende 

74


Projekt 73. Støv og bakterier i lægemidler 

Vejleder: Alexander Treusch, atreusch@biology.sdu.dk 

Martin Brandl, mmb@sdu.dk 

Institutter: Biologisk Institut (BI), 

Institut for Fysik, Kemi og Farmaci (FKF), 

Praktisk del: Opsamling af prøver fra renrum, FKF; 

U19, GMO-laboratorium; Biologisk Institut 




Keywords: Bakterier, mikrobiologi, renrum, hygiejne, sterile lægemidler 

Abstract 

Myndighederne stiller krav om renhed af lægemidler. Særligt sterile lægemidler, som injektioner, 

infusioner og øjendråber, skal være fri for mikroorganismer og derfor kræver fremstilling af lægemidlerne 

høje standarder med hensyn til renhed. Brug af renrum reducerer risikoen for kontaminering 

af et lægemiddel. Formålet er først og fremmest at beskytte produktet (lægemidlet) fra 

potentiel kontaminering. Kontaminering kan være alt fra støv til mikroorganismer. Et renrum kan 

aldrig være helt sterilt eller støvfrit. Renrummene designes og arbejdsrutiner oparbejdes for at 

reducere forureningerne. Normerne sætter grænserne for både den partikulære og mikrobielle 

forurening der er acceptabel i de forskellige renhedsniveauer, 

der er beregnet til forskellige fremstillingsprocesser for lægemidler. 

Formålet med dette projekt er at måle forureningsniveauet i 

det farmaceutiske renrum på FKF samt at forsøge at differentiere 

om de observerede partikler er af mikrobiel oprindelse 

eller støv. Eksperimentelle forsøg kunne inkludere (men er 

ikke begrænset til): partikeltælling under forskellige forhold, 

omklædningsrutiner der udføres af personalet, mikrobiel 

vækst vha. agar plader, ”wipe tests” af overflader og sammenligning 

af de forskellige renrumsklassifikationer. Metoder 

der kan bruges er: in situ partikel tælling, mikrobiel opsamling 

og optælling, mikroskopi samt molekylærbiologiske 

metoder. 

Minikurser 




Bog: Pharmaceutical Practice, 2nd ed., A.J. Winfields, R.M.E. Richards, chapter 24 ”Clean 

rooms for the production of pharmaceutical products”. Bogen er ikke tilgængelig på SDU-UB 

udlån; der kan dog fås en elektronisk kopi af kap 24 af Martin Brandl ved henvendelse. 

Bog: “Mikrobiologi” Herluf Thougaard, Verner Varlund & Rene Møller Madsen 

EU GMP Annex 1: http://ec.europa.eu/health/files/eudralex/vol-4/pdfsen/2008_02_12_gmp_annex1_en.pdf 

75


Projekt 74. Supermodel med Parkinson 

Vejleder: Nils Færgeman, nils.f@bmb.sdu.dk 


Praktiske del: Lipid gruppens laboratorium 


Gruppestørrelse: Min. 3 og max. 5 deltagere pr. hold, 1 gruppe kan arbejde med projektet 


Keywords: Parkinson, Plantemedicin, lægemidler, C. elegans, fluorescens mikroskopi 

Abstract 

Flere neurodegenerative sygdomme skyldes at bestemte proteiner ændrer form og aggregerer i 

små – men synlige – aggregater i nervecellerne. Det er ofte sygdomsspecifikke proteiner, der 

ændrer form og aggregerer: α-synuklein ved Parkinsons sygdom, amyloid-β og tau ved 

Alzheimers sygdom, superoxid dismutase ved Amyotrofisk lateral sklerose (ALS) og huntingtin 

ved Huntingtons Chorea. Trods deres simplicitet har både bananfluen Drosophila melanogaster 

og rundormen Caenorhabditis elegans været brugt som modelorganismer til at undersøge de 

mekanismer, der ligger bag disse lidelser. Disse organismer er yderst velegnede til sådanne 

studier, idet deres genomer indeholder adskillige gener, som også findes i mennesker. 

Visse stoffer, f. eks. epigallocatechingallat (EGCG) der findes i grøn te, menes at mindske 

dannelsen af nogle af disse aggregater. I projektet vil vi anvende nematoden C. elegans som 

modelorganisme for Parkinsons sygdom og forsøge at identificere nye forbindelser fra 

planteekstrakter, som kan reducere dannelsen af -synuclein aggregater og dermed nedsætte 

udviklingen af Parkinson. De studerende opnår kendskab til neurologiske lidelser, dyrkning af C. 

elegans i kultur, basal og fluorescens mikroskopi teknikker. 

Minikurser 




http://www.wormbase.org/ 

http://www.wormatlas.org/ 

76


Projekt 75. ”Thrombin-bindende aptamerer” 

Vejleder: Jesper Wengel, jwe@sdu.dk 






Keywords: Lægemiddeludvikling, molekylær biomedicin, DNA, aptamerer, proteiner 

Abstract 

Aptamerer er enkeltstrengede nucleinsyrer, der via binding til proteiner og andre biomolekyler 

kan fungere som lægemidler. TBA er en aptamer, der binder til proteinet thrombin. TBA, der er 

en forkortelse for thrombin-bindende-aptamer, er en 15 nukleotider lang DNA streng, der folder 

til en såkaldt quadruplex-struktur (se nedenfor til venstre). Det er denne quadruplex-form af 

TBA, der binder til thrombin. Da thrombin er det vigtigste enzym i blodkoaguleringen, har TBA 

en anti-koagulerende effekt og derved en række spændende farmaceutiske anvendelsesmuligheder. 

Under projektet vil bl.a. aptamerer (specielt TBA), kemisk modificeret TBA, thrombin og betydningen 

af antikoagulanter skulle beskrives – specielt med fokus på medicinske muligheder. Den 

praktiske del af projektet vil indeholde design af en ny kemiske variant af TBA, syntese af denne 

samt bestemmelse af den evne til at danne quadruplex. Ved at indbygge UNA (”Unlocked 

Nucleic Aicd”; struktur nedenfor til højre) nucleotider i stedet for DNA nucleotider vil det således 

blive forsøgt at øge TBA‟s tendens til quadruplex-dannelse. Hvis dette lykkes, vil den nye 

kemiske TBA-variant være en ny lægemiddel-kandidat. 

. 

G 

8 T T 

7 

G G 

6 

10 

G G 

1 

G G 

5 

11 

G G 

2 T T 

4 

12 

T T 

Minikurser 



3 

9 

15 

14 

13 

77 

O 

O 

O 

OH 

Base 


O. Dahl, ”Kemisk DNA-syntese”, Dansk Kemi, 1987. 

J. Wengel, ”Syntetisk DNA”, Aktuel Naturvidenskab, 2000. 

J. K. Watts, G. F. Deleavey, M. J. Damha, Drug Discovery Today 2008, 13, 842.


Projekt 76. Trafikken over faunabroen på Odense- 

Svendborgmotorvejen 



Praktisk del: Faunapassage ved Svendborg 

Gruppeplacering: Biologisk Institut eller biblioteket 

Gruppestørrelse: 3-5. Én gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Ingen mulighed for vejledning i uge 16 og 17 

Projektet tilbydes til NAT501 studerende. 

Keywords: Faunaovervågning, videoovervågning, fældefangst og mærkning af smågnavere, 

sporfælder 

Abstract 

Mange vildtbestande er, i det moderne fragmenterede landskab, sårbare over for at genetisk drift 

forårsaget af isolering fra nærliggende subpopulationer af artsfæller. Etablering af store motorvejsprojekter 

er en af de mest markante spredningsbarrierer for pattedyr. Faunapassager etableres 

derfor langs motorvejsstrækningen for at sikre en udveksling af arternes genetiske materiale på 

tværs af spredningsbarrierer. Udformningen af faunapassagerne tager hensyn til arternes forskellige 

spredningsmønstre. 

Projektet søger at belyse hvilke arter der benytter faunapassagen 

på Odense-Svendborgmotorvejen. 

I projektet anvendes videoovervågning for at detektere 

større pattedyrs færden over faunabroen. Mindre pattedyr 

overvåges gennem fældefangst og sporfælder. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat), 

Anbefalede: Matematiske metoder for fysikere og kemiker. 


Christensen, E. et al. 2007. Biologisk vurdering og effektundersøgelser af faunapassager langs 

motorvejsstrækninger i Vendsyssel. Faglig rapport fra DMU nr. 631, 2007 

Fauna – og menneskepassager. ISBN : 87-7060-504-1 

Madsen, A.B. et al. 2002. Barrierer i landskabet – betyder de noget for de vilde dyr? TEMArapport 

fra DMU, 40/2002, 

Salvig, J.C. 1991. Faunapassager i forbindelse med større vejanlæg. En udredningsopgave udført 

i samarbejde med Skov- og Naturstyrelsen. Danmarks Miljøundersøgelser. 67 sider. - Faglig 

rapport fra DMU, nr. 28. 

Vilhelmsen, H. 2004. Konsekvensvurdering i forhold til påvirkning af hasselmusen i forbindelse 

med motorvejsafslutning i Svendborg. Naturama. Pp. 23 

78


Projekt 77. Udvikling af knogle- og fedtceller fra 

humane stamceller 

Vejleder: Anders Haakonsson akh@bmb.sdu.dk, Susanne Mandrup s.mandrup@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Mandrup laboratoriet (BMB) 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere, 1 gruppe kan arbejde med projektet 


Keywords: Stamceller, genmanipulation, celledifferentiering, PPARγ 

Abstract 

Knogler er et dynamisk væv som gennemgår en konstant remodellering ved, at osteoclaster nedbryder 

gammel knoglematrix og osteoblaster danner ny. Når processen er korrekt reguleret, dannes 

der ligeså meget knoglemasse, som der nedbrydes. Forstyrres denne regulering, således at der resorberes 

mere knoglematrix, end der dannes, kan det få dramatiske konsekvenser og føre til sygdommen 

osteoporose. Det anslås, at der er mere end 500.000 danskere, som har osteoporose, og 

at sygdommen er den underliggende årsag til op mod 20.000 knoglebrud hvert år. 

Osteoblaster udvikler sig (differentierer) fra mesenkymale stamceller, som findes i knoglemarven. 

De mesenkymale stamceller kan foruden osteoblaster differentiere til mange andre celletyper, bl.a. 

til adipocyter (fedtceller). Specielt interessant er det, at man har fundet ud af, at der er en balance 

mellem udviklingen af osteoblaster og adipocyter. PPARγ er en transskriptionsfaktor, som er vigtig 

for adipocyt-differentieringen. PPARγ og andre adipogene transskriptionsfaktorer har vist sig 

at forhindre stamcellerne i at danne transskriptionsfaktorer, som er vigtige for osteoblastudviklingen. 

Man ved på nuværende tidspunkt ikke, hvad der sker, hvis man tvinger en celle, som 

er i gang med at udvikle sig til en osteoblast, til at producere PPARγ. Måske vil PPARγ hæmme 

cellernes egen evne til at danne osteogene faktorer og dermed stoppe differentieringen, måske indeholder 

cellen allerede så meget af de osterogene faktorer, at den uhindret fortsætter med at udvikle 

sig til osteoblaster, måske skifter cellerne kurs og begynder at udvikle sig til adipocyter, eller 

også sker der noget helt fjerde. 

Vi kan tvinge mesenkymale stamceller til at producere proteiner så som PPARγ ved at udsætte 

dem for genmanipulerede viruspartikler. Virusset har vi designet således, at det virale DNA indeholder 

PPARγ genet og en kraftig promotor. Når celler inficeres med dette virus, vil de begynde at 

afkode det virale DNA og derved også begynde at udtrykke PPARγ. 

I dette projekt vil I komme til at udtrykke PPARγ i nogle stamceller, som er i gang med at differentiere 

til osteoblaster. I skal undersøge effekten af denne dramatiske indgriben i udviklingen ved 

at kigge på cellerne i et mikroskop. Forinden farves cellerne med farvestoffer, som binder sig til 

knoglematrix eller eventuelle fedtdråber i cellerne. I skal også undersøge, om cellerne ændrer på 

udtrykket af osteoblast og adipocyt specifikke gener, ved at måle på indholdet af specifikke 

mRNA molekyler i cellerne. 

Minikurser 



Litteraturliste over metode artikler som udleveres til de studerende 

M. Kawai, K.M. Sousa, O.A. MacDougald, C.J. Rosen, AJP Endocrinol Metab 299:E3-E9, 2010 

P. Tontonoz, B.M. Spiegelman, Annu Rev Biochem 77:289-312, 2008 

79


Projekt 78. Uniform sampling of RNA secondary 

structure 

Vejleder: Christian Reidys, duck@santafe.edu. 

Institut: Institut for Matematik og Datalogi (IMADA). 

Praktisk del: IMADA, programming 

Gruppeplacering: IMADA or Library 

Gruppestørrelse: Minimum 3 and maximum of 5 participants. Two groups can work with the 

project. The project, including report and exam, will be in English. 


Keywords: Uniform sampling, sequence-structure relationship 

Abstract 

The folding of RNA sequences constitutes a mapping from sequences to structures. While it is 

easy to sample in sequence space by assigning independent probabilities to individual nucleotides, 

the sampling in structure space is more difficult. The key objective here is an ad hoc uniform 

sampling of RNA structures in linear time. 

Tasks: 

Study the method to generate the secondary structures (without crossing arcs) uniformly using 

the recursion for secondary structures. 

Implement such a sampling process. 

Extend the above sampling method to be able to sample structures with particular properties. 

For instance, sample structures having a certain minimum stack size (number of consecutively, 

parallel arcs) grater than s. 

Minikurser 




Combinatorial Computational Biology of RNA: Pseudoknots and Neutral Networks, Christian M. 

Reidys, November 2010. 

80


Projekt 79. Vand: biologiens ideelle opløsningsmiddel 

Vejleder: Per Lyngs Hansen, lyngs@memphys.sdu.dk og relevante medarbejdere fra 

forskningsgruppen MEMPHYS 

Institut: Institut for Fysik, Kemi og Farmaci evt. sammen med andre institutter efter 

aftale 




Keywords: Vand i fysik, kemi, biofysik, biologi 

Abstract 

Vand er et helt usædvanligt stof, fordi vandmolekylet har nogle egenskaber, som ingen andre 

molekyler har. Der kan opregnes mange fysisk-kemiske egenskaber, som gør vand til noget ganske 

særligt. Disse særegne egenskaber er grundlag for vands store betydning i biologi, hvor det 

er af betydning hvordan vand blander med helt eller delvist upolære væsker og medier (som olie 

og alkohol); at indlejring af upolære makromolekyler i vandigt miljø reguleres af en entropisk 

effekt, den såkaldte hydrofobe effekt; samt at vand udviser speciel ordning ved biologiske grænse- 

og overflader. Disse egenskaber betinger de effekter, som udgør projektets tema: 

Hvordan selvorganiserer biologisk relevante makromolekyler (f.eks. proteiner eller lægemidler) i vand? 

Hvad gør vand til et ideelt biologisk òpløsningsmiddel’? 

Projektet, som i detaljer udformes efter individuel aftale mellem studerende og vejlederne, gennemføres 

af 3-5 studerende. Det er tanken, at projektet skal indeholde relevante eksperimentelle 

undersøgelser, som understøttes af teoretiske overvejelser såvel som studier af litteraturen. Der 

stilles ved den detaljerede udformning af projektindhold betydelige krav til 

gruppens engagement og initiativrigdom. 

Minikurser 



Litteratur 

Life’s Matrix. A Biography of Water (P. Ball) UC Press, Berkeley (2000) 

81


Projekt 80. Vej dine egne molekyler 

Vejleder: Thomas J.D. Jørgensen, tjdj@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi (BMB) 



Kommentarer: Projektet tilbydes til NAT501 og NAT507 studerende 

Keywords: Massespektrometri 

Abstract 

EESI (ekstraktiv elektrosprayionisering) er en ny teknik, der har fundet anvendelse til analyse af 

mange slags forskellige forbindelse. Den har bl.a. været brugt til identifikation af flygtige stoffer 

i udåndingsluft, frugtmodning, parfumeforfalskninger, friske og fordærvede fødevarer, tilstedeværelse 

af stimulerende stoffer (nikotin og koffein) i kroppen ved hudanalyse (se Fig.1 nedenfor). 

Dette projekt går ud på at konstruere en simpel ionkilde og derefter anvende teknikken til at 

undersøge en selvvalgt prøve. Laboratoriet råder over en almindelig elektrosprayionkilde samt et 

massespektrometer, der kan bruges som udgangspunkt til konstruktionen. 

Fig.1 Skematisk illustration af EESI analyse af hud. Nitrogen gas blæses henover huden og gassen 

føres videre til ionkilden, hvor de forskellige frigjorte stoffer ioniseres og efterfølgende detekteres 

vha. massespektrometri. 

Minikurser 




Chen, H.; Zenobi, R. Neutral desorption sampling of biological surfaces for rapid chemical characterization 

by extractive electrospray ionization mass spectrometry Nature Protocols 3, 2008, 

1467-1475 

82


Projekt 81. Watching proteins on the move 

Vejleder: Daniel Wüstner, wuestner@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Forskningsgruppens laboratorium 

Gruppeplacering: Biblioteket eller BMB. 



Keywords: Proteiner, Fluorescensmikroskopi, Diffusion, Cellekultur 

Abstract 

Proteins never stop moving in a living cell. There is a continuous exchange of proteins between 

various intracellular organelles. This dynamics is very important for the function of cells and 

their ability to adapt to changing environments. Some proteins tend to aggregate which can lead 

to neurodegenerative disorders, like Parkinson or Huntington disease. The discovery of green 

fluorescent protein (GFP) from the jellyfish Aequorea Victoria has sparked a revolution in cell 

biology. GFP shines green light when illuminated with blue light, and this ability in combination 

with molecular biological techniques allows one to link GFP to almost any protein of interest and 

to follow transport of this fluorescent protein complex in the cell. In fact, this discovery is so important 

that it won the Nobelprize in Chemistry in 2008 (see 

http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2008/index.html). 

In this project, we will transfect mammalian cells with GFP-tagged proteins. We will learn about 

mammalian cell lines and how to culture them in an incubator. Students will transfect the cells 

transiently and observe the GFP-tagged proteins under a fluorescence microscope. We will 

record time-lapse video sequences of protein transport in cells and measure their dynamics using 

particle tracking and related methods. For analysis of protein mobility we will use diffusion 

models and simulations. The course is suitable for students with experimental and theoretical interests. 

Minikurser 




Green fluorescent protein: http://en.wikipedia.org/wiki/Green_fluorescent_protein 

83 

Left panel shows the jellyfish 

emitting green light. Right 

panel shows an artistic cartoon 

of the barrel-like structure 

of GFP and of the chromophore 

inside the barrel.

Projektkatalog - Institut for Matematik og Datalogi - Syddansk ...

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?